幼年時代的諸葛亮，同那個時代的絕大多數歷史人物一樣，沒留下什麼記載。
能確定的，只是他的童年很不幸。在很小的時候，母親去世，隨後沒幾年父親也病死了。諸葛亮和他的大哥諸葛瑾、三弟諸葛均以及兩位姐姐，就成為相依為命的孤兒。
好在琅琊諸葛氏本是名門望族，親戚不少，諸葛亮他們幾個就投靠叔父諸葛玄，混口飯吃。諸葛玄後來被任命為豫章郡的太守（豫章在今天江西南昌一帶），南下上任，把諸葛亮、諸葛均他們姐弟幾個也一起帶去了。再後來，諸葛玄被免官後病逝，諸葛亮、諸葛均又搬家到荊州一帶居住。
其居住地，有人認為在今天南陽的臥龍崗，有人認為在今天襄陽附近的隆中，也有人認為先在南陽，再在襄陽。
他們的大哥諸葛瑾則留在故鄉琅琊侍奉繼母，後來為了躲避戰亂，輾轉到江東，被孫權錄用，成為孫吳政權的重要大臣。
諸葛玄之死
據史書記載，諸葛玄被免官後，因為和荊州牧劉表有交情，就去投奔他，諸葛亮兄弟也被帶去。後來諸葛玄病故，諸葛亮只好自立門戶。另一種說法，諸葛玄是在軍閥混戰中被殺，之後諸葛亮兄弟自己去的荊州。諸葛亮躬耕地“臥龍崗”的具體地點，襄陽、南陽兩家爭得頭破血流，至今未能完全平息。
短短十多年中，年少的諸葛亮已經吃盡了世間的辛苦。與他一同吃苦的，則是整個大漢帝國屬下的千百萬子民。
就在諸葛亮四歲時，爆發了席捲半個中國的黃巾大起義，上百萬農民揭竿而起，向欺凌壓榨他們的貪官汙吏發動血拼，不惜同歸於盡。
起義被鎮壓之後，朝廷更加腐敗，外戚和宦官又玩了一輪同歸於盡的鬥爭，最終造成西涼土霸王董卓入朝，武力把持朝政。隨後，袁紹為首的各地諸侯起兵，打著討伐董卓的旗號，趁機割據州郡，正式揭開了亂世混戰的序幕。
伴隨著“英雄”們的征戰，是下層民眾的受苦受難。曹操曾有詩作“白骨露於野，千里無雞鳴。生民百遺一，念之斷人腸”，憐憫那個時代軍民的慘景。當然，憐憫是停留在文學作品層面上的。到實際操作的時候，屠城，坑降，一個也不能少。
諸葛亮的故鄉琅琊郡屬徐州，原本遭受戰禍相對較少，是中原民眾避難的安樂窩。曹操的父親曹嵩也曾在琅琊避禍。但到公元193年，這一切改變了。
這一年，曹操的父親曹嵩被徐州牧陶謙的部將殺害。曹操化悲痛為力量，出兵徐州復仇，所到之處屠戮十餘城。次年，曹軍再入徐州，一路殺到琅琊、東海。曾經的避難桃源，成為新的修羅血海。諸葛亮的故鄉，也被淹沒在死亡恐怖之中。
諸葛亮此時是否還在琅琊，史料缺乏記載，不得而知。但至少他哥哥諸葛瑾應該經歷了這慘禍。諸葛瑾最終離家避難，遠走江東，這次戰禍即使不是全部原因，也起到了重要的推動。
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