云丹嘉措是俺答汗的曾孙，父亲是苏密尔洪台吉。三世达赖喇嘛索南嘉措死后第二年，云丹嘉措诞生于宣府西北边外擦哈霖儿（今内蒙古商都察汗津）的一个蒙古包里。据说索南嘉措生前曾指着苏密尔夫妇居住的蒙古包说：“
这里几年后会诞生活佛。”相传苏密尔妻子夜梦白衣天神，醒后怀孕。怀孕期间，腹中婴儿常常振振有声地念诵六字真经，清晰可闻，众人纷纷议论说这是活佛降生的征兆。
公元1589年（万历十七年）正月初一，婴儿诞生了，传说在他诞生时，彩虹当空，花雨飘降，梵乐阵阵。婴儿自称“我是前世达赖喇嘛”，并能辨认出三世达赖喇嘛生前遗物，对于一些佛教仪式也无师自通。土默特僧俗都相信他是三世达赖喇嘛的转世灵童，虔诚敬奉。在他三岁时被送到青城（今内蒙古呼和浩特）居住学习。当三世达赖喇嘛转世灵童在蒙古草原诞生的消息传到西藏后，西藏三大寺（指著名的黄教三大寺院色拉寺、哲蚌寺和甘丹寺）派出以三世达赖喇嘛的管家、世称狮子管家的巴丹嘉措为首的高僧及其他一些政教首领前往蒙古认定灵童。
公元1592年（万历二十年）巴丹嘉措一行在青城见到了灵童，进行了一番细致的验证，回藏后又经过仔细研究讨论，最后正式确认灵童为三世达赖喇嘛的转世，取法名云丹嘉措。由于父母和土默特首领觉得孩子太小，不愿让他立即到西藏去，所以云丹嘉措仍然留在美丽的草原上生活，度过了童年。公元1602年（万历三十年），西藏三大寺再次派人前来迎请云丹嘉措入藏。八月，十三岁的云丹嘉措在蒙古军队的护送下启程前往西藏。云丹嘉描一行经过长城以北的路线到达青海，停留了三个月后，继续西行，到达藏北热振寺，在这里云丹嘉措正式坐床，成为四世达赖喇嘛。
之后，他前往甘丹寺，沿途受到各大小寺院的热烈欢迎，收到大量礼物。经过几个月跋涉，终于抵达雪域中心拉萨。前来迎接的僧俗仪仗马队宛如长龙，欢迎的群众漫山遍野。在众人的簇拥下，云丹嘉措进入大昭寺，在佛祖释迦牟尼像前，正式削发为僧，受沙弥戒。当时拉萨附近的色拉寺、哲蚌寺、甘丹寺等许多寺院举行了盛大集会，庆祝云丹嘉措的到来和受戒。集会上旗帽招展，法幢飘飘，梵乐响亮，鲜花遍地，盛况空前。短暂停留后，云丹嘉措一行离开大昭寺，来到最大的黄教寺院哲蚌寺。
在哲蚌寺，云丹嘉措拜另一黄教大师班禅四世为师，学习佛经，师徒相互尊重，相处融洽，感情深厚。公元1604年（万历三十二年）正月，云丹嘉措主持了每年一度在拉萨大昭寺举行的祈愿大法会。各地僧俗人众蜂涌而来参加大会。会上，云丹嘉措介绍了祈愿法会，讲解了佛祖释迦牟尼的《三十四本生传》。他用一口流畅的藏语讲演，铿锵有力，生动精彩，博得人们的交口称赞。祈愿大法会结束后，云丹嘉措离开大昭寺，巡行访问了一些寺院和地方首领，然后返回哲蚌寺。
公元1606年（万历三十四年）云丹嘉措前往前藏中心雅隆地区，他首先到达琼杰达孜（今西藏琼结县，该地有吐蕃王朝历代赞普的陵墓）。当地大小寺院僧众夹道相迎，当地百姓也载歌载舞表示欢迎。在这里云丹嘉措收到大量献礼，他也向当地贵族首领传授了长寿灌顶法。随后又应邀访问了前藏其他一些地方。翌年，云丹嘉措来到黄教另一重要寺院札什伦布寺。他的老师、札什伦布寺池巴（法台）班禅四世率领该寺大小僧众骑马远迎。当班禅四世看到云丹嘉措步行缓缓走来时，立即翻身下马迎上前去，师徒相互致敬，在近千名僧人的夹道迎接下，进入札什伦布寺。
他参观了经堂，瞻仰了一世达赖喇嘛建造的佛像，向广大僧众发放了布施，并向老师班禅四世赠送了丰厚的礼物表达敬意。云丹嘉措在该寺居住了一段时间，跟随班禅四世学习了许多灌顶法。后返回哲蚌寺，继续修习宣讲佛法。在这些年里，西藏南北各地和来自蒙古草原的客商纷纷涌集拉萨向云丹嘉措献礼，一些蒙古贵族也经常带着大量物品前来朝拜，云丹嘉措给他们传授教法，发放布施，从而促进了经济文化交流。
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