巧克力囊腫又叫做卵巢子宮內膜異位囊腫，是因為子宮內膜異位而產生的一種疾病，因子宮內膜異位，月經時子宮內膜碎片進入卵巢或盆腔，形成了囊腫。
正常情況下子宮內膜生長在子宮腔的內表面，以覆蓋宮腔，為受精卵提供著床。而子宮內膜異位，就是異常的子宮內膜生長到子宮腔內表面以外的地方去了，比如最常見的是卵巢、盆腔、腹膜、腸表面等。異位的子宮內膜也有正常子宮內膜一樣的功能特性，每次月經來潮就會剝脫出血。
生長在卵巢上的異位子宮內膜在卵巢上安營紮寨，每次月經來潮就剝脫出血，然後卵巢修復，周圍炎症粘連，逐漸就形成了囊，囊腔內就隨著出血越來越多，氧化機化形成巧克力樣粘稠物質。並且增大的囊腫壓迫了卵巢皮質，使其變薄，破壞卵泡的正常發育，干擾生殖內分泌，從而影響排卵。巧囊可能會破裂，導致囊內液漏出並與周圍輸卵管腸道緊密粘連，影響輸卵管的形態功能，干擾了輸卵管撿卵的功能。
藥物治療，藥物治療一般分為中藥治療和西藥治療。如果囊腫所在的地方在於卵巢，因卵巢跟肝經有關，囊腫的形成在中醫看來跟肝氣鬱結有關，一般採用外敷藥物治療，起到調節氣血、消散鬱結、活血止痛、治標治本的功效。西藥的主要做法是性激素治療，通過壓抑雌激素的生成，來讓巧克力囊腫形成的子宮內膜減少，從而達到治療巧克力囊腫的目的。
手術治療，手術治療往往適用於病情較為嚴重，用藥物治療沒有效果的患者。當巧克力囊腫的直徑達到了3釐米時，應該及時進行手術，避免囊腫發生破裂，儘可能的保留卵巢組織，術後還需要服藥避免囊腫的復發。
放射性療法。也稱為姑息治療，適用於手術後的輔助治療，或是無法手術的患者姑息治療，但有一定的副作用，須謹防對卵巢的額外威脅。
巧克力囊腫會影響卵泡的正常發育，還會干擾女性生殖系統的正常分泌，有數據顯示，巧囊患者不孕的可能性為40%左右。因此，答案是有可能。
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