皇姑屯事件發生時的奉天東北軍處於群龍無首局面，只能等待張學良或張作相等要員返回後定奪；遠在北京前線的張學良身邊還有楊宇霆、胡蘭春等人監視，害怕楊宇霆趁機奪取三軍團軍權，更怕日本得知張大帥死後、堵死北京前線奉軍精銳返回奉天的路，被蔣介石的北伐軍圍殲。因此，皇姑屯事變發生後幾天，東北軍處於“往常局面”；張學良到達奉天后，開始秘密或半公開大範圍的調查事宜。
當然。要想準確理解有沒有發生報復性行動，有沒有追查兇手，必須瞭解皇姑屯事件的簡單過程、理清奉系軍閥內部勢力派別、東北亞格局中各方紛爭，然後才能給出合理的答案。
一、理清皇姑屯被炸一事，是為了找清誰是作案嫌疑人？誰負責出面徹查？1928年6月3日，面對蔣介石領導的北伐軍不斷向北開進和日本咄咄逼迫張作霖簽署、旅行之前答應的“滿蒙五路密約”，張作霖專列從北京秘密發出。4日凌晨5時23分，專列行至皇屯附近京奉線與滿鐵紅交叉的旱橋下，突然一聲巨響，張作霖所乘的藍色鐵甲車被炸燬。
張作霖身受重傷，奄奄待斃，同車的黑龍江督辦吳俊升登時氣絕身亡。血肉模糊的張作霖被扶入汽車送回帥府，數小時之後，不治身死。事件發生在日本鐵路警備區內部，鮮豔日軍脫不了直接干係。因此， 日本林總領事迅速向奉天交涉署長高清和通告：日方承擔受害現場警備力量，並且負責雙方通訊業務，避免出現誤會。
日軍退役中將貴志彌次郎輔佐張作霖的次子張學銘，曾親往現場視察。他在給田中的報告中指出:根據炸藥數量和火藥質量看，不是南方便衣隊所能攜帶得了的;此外，電線一直敷設到起爆器處，這般費盡苦心的手段，也證明與日本軍人大有干係。
日本民政黨6名議員到現場調查，發現殘留火藥是“中國軍隊不具備的、日本軍用的高級黃色火藥”，“連接火藥和爆破裝置的電線尚未撤去，其電線一直連接到日軍的鐵路監視所”。因此，當時各方輿論的焦點對準日本，尤其是駐在奉天的關東軍和鐵路警備隊。大家普遍認為日軍有意為之。德國總領館直接向高清和致電，認為是日方警備負責，日方應該負有完全責任；並派遣伍禮士博士和本館翻譯白君可一同前往治療受傷人員。
面對德國領事館的一片好意，奉天交涉署長高清和好言拒絕，認為傷員在醫院正在搶救中，無暇顧及。實際上，此時的張學良並不在奉天，無法全權主持奉天大局。與此同時，駐紮在奉天的軍隊和在鄉軍人已經戒嚴起來，隨時準備作戰。面臨這樣緊張的局面，奉天大本營能做的就是維持奉天的日常鏡像，營造張大帥並未死去的假象，以便等待張學良返回奉天接管大權，以待徹查。
二、奉系軍閥的內部派系鬥爭。1928年的奉系軍閥存在三種主要力量，一是以張作相、湯玉麟、吳俊升等代表的“老輩”土匪出身的老炮；二是楊宇霆、胡蘭生為首的留日派或者士官派；三是張學良戰敗郭松齡後提拔的黃顯聲、王以哲等新派勢力。張作霖身邊待著的和奉天守家的更多是老派的人馬，靠著江湖道義守著奉天。但是，此時的奉天缺乏實力派人員統籌全局。因此，只能維持現狀、等待張學良主持大局。
遠在北京前線的奉系軍隊以張學良、楊宇霆為首，二者之間相互猜忌、缺乏信任。尤其是，楊宇霆的才幹和身邊的人脈（曾與白崇禧商討，取代張學良而代之）被張學良忌憚。張學良害怕張大帥去世的消息傳開後，楊宇霆聯合北伐軍的先鋒力量白崇禧直接將其架空。二是日本在華北至東北鐵路沿線都有警備隊，更為重要的是日軍在奉天城內有駐軍。一旦得知，張作霖被炸死，奉天日本駐軍會立即武力奪取奉天；隨即配合華北駐軍和沿線警備隊對張學良等奉軍進行關門打狗。因此，奉天在北京前線，並未將張作霖死訊傳開，也就無法展開調查和報復工作。
三、錯綜複雜的東北亞格局使得調查更加撲朔迷離。張學良秘密返回奉天后，才開始對外宣稱張大帥去世的消息。英德等國立即對此表示遺憾。英國總領事在6月6日，對於奉天交涉署致電：張大元帥受傷感惋惜，希望能夠脫離危險、安全無恙。德國總領事致電：張作霖等受傷倍感無限傷感。特派德國領事館伍禮士博士和本館翻譯白君可一同前往治療受傷人員。德國總領事電報認為是日方警備負責，日方應該負有完全責任。一旦中國憲兵加入警戒、調查任務，有礙觀瞻。日本林總領事，日方承擔受害現場警備力量，並且負責雙方通訊業務，避免出現誤會。
奉天交涉署長高清和向日本駐奉天總領事林久治郎通告 ，受傷人員正在醫院接受治療，無暇顧及。日軍派遣內田領事、八代副領事、憲兵隊長三谷、守備隊長三島、及奉鐵路技師山嶺前往現場勘查情形。皇姑屯事件發生當日，日本民政黨6名議員到現場調查，發現殘留火藥是“中國軍隊不具備的、日本軍用的高級黃色火藥”，“連接火藥和爆破裝置的電線尚未撤去，其電線一直連接到日軍的鐵路監視所”。
日軍退役中將貴志彌次郎也將現場調查情況直接報告給田中首相，“認定與日本軍人有關聯”。為徹底查清事件的真相，9月22日，田中在外務省內秘密成立了“張作霖炸死事件特別調查委員會”，命名外務省、陸軍省、關東廳三家共同進行調查並指示陸相白川義則派峰幸松憲兵司令官前往現場調查。到10月底，各方的調查報告先後呈送上來，關東軍的犯罪行為已勿容置疑。
面對日軍大規模的調查行動，張學良一方面對日本虛以委蛇、拒絕日本所謂的“滿蒙獨立”；另一方面對奉天進行全面戒嚴，嚴肅日本浪人的“放蕩行為”。與此同時，張學良派兵對蘇聯領事館進行大範圍的搜索活動。企圖找到皇姑屯事件是否與蘇聯有關。（史學界十重存在皇姑屯事件究竟是日本人做的還是蘇聯人做的。蒙古學者脫脫經過蘇方檔案梳理，得出此事件是蘇聯所為。）甚至有學者認為，張學良發動中東路事件也是和“自己父親可能是被蘇聯作為有關”。但是無論如何，日本就皇姑屯事件做出了“極其輕微的處罰”。
1929年7月1日，日本當局以“警備責任”為由對河本大作予以停職處分，關東軍司令官村岡長太郎、關東軍參謀長齋藤恆以及鐵道守備隊司令官水盯竹三同時轉為預備役。1930年7月1日，河本的停職處分撤消，轉為預備役，1932年10月又被任命為“滿鐵”理事。
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