《南詔野史》載：“祿勸為羈糜宗州地，蠻名洪農碌券”。元代，賽典赤主滇，嫌“夷名不雅訓”改碌券為祿勸，祿勸一名由此而來，並延用至今。洪農碌券系彝語“羅洪魯者”的諧音，意為羅婆部族統治下的平民百姓之地。此外，一說“祿勸”為彝語“羅好知”的譯音，意為有堅硬大石頭的地方；一說境內過去曾是少數民族統治的部落，後來封建王朝以官祿誘勸其歸附，故名祿勸。西晉、南北朝屬晉寧郡。隋屬昆州。唐為求州地。宋（大理）時為羅婺部。元置祿勸州，轄易籠、石舊2縣，屬武定路。明置祿勸縣。1985年6月11日，經國務院批准，設立祿勸彝族苗族自治縣，同年11月25日自治縣正式成立，仍隸昆明市。
1983年冬到1984年上半年，設區建鄉，原屏山公社更名秀屏區，雲龍區幸丘鄉劃歸撒營盤區。全縣設18個區、1個鎮，下轄191個鄉、3個鄉級辦事處。1986年10月，中屏區的劉家村（兩個隊）、落土刀（兩個隊）、昔那期村劃歸撒營盤區的康榮鄉。1988年1月，團街區的麗山、鬥烏、至租、娜擁鄉劃歸茂山區；4月，區鄉體制改革（改區為鄉，改鄉為辦事處），撤銷秀屏區並屏山鎮，改撒營盤區和轉龍區為鎮，原來的撒營盤、轉龍區轄鎮改為辦事處。1990年，全縣轄15個鄉、3個鎮，194個辦事處，共有2512個村民委員會，2970個村民小組、90646戶。
1996年，祿勸彝族苗族自治縣面積4249平方千米，人口約43.9萬人。轄3個鎮、15個鄉：屏山鎮、撒營盤鎮、轉龍鎮、崇德鄉、茂山鄉、翠華鄉、團街鄉、雲龍鄉、雙化鄉、皎西鄉、中屏鄉、湯郎鄉、馬鹿塘鄉、大松樹鄉、九龍鄉、則黑鄉、烏蒙鄉、雪山鄉。
2000年第五次人口普查，祿勸彝族苗族自治縣常住總人口429355人，其中：屏山鎮42814人，撒營盤鎮27521人，轉龍鎮30297人，崇德鄉17699人，茂山鄉34363人，翠華鄉34701人，團街鄉23898人，雲龍鄉21682人，中屏鄉19019人，雙化鄉16601人，皎西鄉21328人，湯郎鄉14046人，馬鹿塘鄉18177人，大松樹鄉14676人，九龍鄉40927人，則黑鄉25203人，烏蒙鄉15979人，雪山鄉10424人。
2004年7月20日，《雲南省政府關於祿勸縣雲龍鄉政府駐地遷移的批覆》（雲政復[2004]74號）同意祿勸彝族苗族自治縣雲龍鄉政府駐地由雲龍村遷移至本長村楊梅山。2006年1月20日，省政府批准同意撤銷崇德鄉，其行政區域併入屏山鎮，屏山鎮政府駐地不變；撤銷雙化鄉，其行政區域併入撒營盤鎮，撒營盤鎮政府駐地不變。
2007年12月17日，雲南省政府下發2個文件：《關於祿勸彝族苗族自治縣大松樹鄉更名為烏東德鄉的批覆雲政復》（雲政復[2007]72號）同意將祿勸彝族苗族自治縣大松樹鄉更名為烏東德鄉，管轄的行政區域、隸屬關係不變；《關於祿勸彝族苗族自治縣皎西鄉更名為皎平渡鄉的批覆》（雲政復[2007]73號）同意將祿勸彝族苗族自治縣皎西鄉更名為皎平渡鄉，管轄的行政區域、隸屬關係不變。
全縣轄1個街道、9個鎮、6個鄉：屏山街道、撒營盤鎮、轉龍鎮、茂山鎮、團街鎮、中屏鎮、皎平渡鎮、烏東德鎮、翠華鎮、九龍鎮、雲龍鄉、湯郎鄉、馬鹿塘鄉、則黑鄉、烏蒙鄉、雪山鄉。縣政府駐屏山街道。
2010年第六次人口普查，祿勸彝族苗族自治縣常住總人口396404人，其中：屏山鎮76405人，撒營盤鎮38043人，轉龍鎮28472人，茂山鎮30514人，團街鎮22056人，中屏鎮16769人，皎平渡鎮18894人，烏東德鎮13005人，翠華鎮32597人，九龍鎮35444人，雲龍鄉12162人，湯郎鄉13642人，馬鹿塘鄉14329人，則黑鄉22431人，烏蒙鄉12991人，雪山鄉8650人。
2014年，撒營盤鎮、中屏鎮被列為全國重點鎮。
祿勸在戰國及秦時屬滇國地。漢元封二年（公元前109年）屬越嶲郡。蜀漢建興三年（225）改屬建寧郡。晉及南北朝時屬寧州。隋屬南寧州總管府昆州地。唐初屬南寧州總督府地。貞觀六年（632）改屬戎州都督府。貞觀二十三年（649）為戎州都督府求州地。南詔時期的東霎37部中，祿勸佔3部，即羅婺部、掌鳩法塊部、洪農碌券部。公元937年，段思平建立大理國，各部依舊，羅婺部以強大的政治實力和經濟實力“雄冠三十七部”。宋淳熙年間（1174～1189）羅婆部長阿而築易龍城（今雲龍鄉政府駐地），為境內興建最早的城池。
元憲宗四年（1254），羅婆部歸附元朝，授矣格為羅婆萬戶候。憲宗七年（1257）立羅婆萬戶府，隸威楚路。元至元八年（1271）改南詔37部為南、北、中3路，並仁德（今尋甸）、於矢（今武定）2部入羅婆部為北路，設北路總管府。至元十二年（1275），割仁德、於矢2部置武定路。至元二十六年（1289）升和曲甸為和曲州，領元謀、南甸（今祿勸縣城北一帶）2縣；另設祿勸州，領易龍（今雲龍）、石舊（今舊縣村一帶）2縣。
明洪武十五年（1382）改武定路為武定軍民府，仍領二州四縣，府治在今屏山鎮魯溪辦事處南甸村。洪武十七年（1384），裁易龍縣入祿勸州。洪武二十二年（1389）築祿勸州城。正德二年（1507）裁石舊縣入祿勸州。嘉靖四十五年（1566）武定府治由境內南甸村遷至武定（今近城鎮舊城村後），府治駐南甸村前後歷184年。隆慶元年（1567）以武力革除鳳氏土知府職後，遂改設流官。萬曆初改武定軍民府為武定府（旋稱軍民府）。武定府領州二縣一，即和曲州、祿勸州、元謀縣。祿勸州北有普渡河巡檢司，南有撒墨巡檢司。萬曆中復改軍民府為武定府，旋再稱軍民府。萬曆九年（1581）冬遷州治於新城。萬曆四十五年（1617），廢南甸縣。
清初沿明制，仍隸武定軍民府。清康熙三十九年（1700）裁撤普渡河巡檢司巡檢。康熙五十五年（1716）改土歸流。乾隆三十年（1765）改稱武定府。三十五年（1770）改武定府為武定直隸州，裁和曲州，降祿勸州為縣。武定直隸州領元謀、祿勸2縣。民國元年（1912），祿勸縣隸武定直隸州。2年（1913）設滇中道，降武定直隸州為縣，祿勸縣隸滇中道，4年（1915）裁滇中道，祿勸縣改隸雲南省公署。
1949年12月13日祿勸解放，17日成立祿勸縣軍政委員會，隸武定專區。1950年1月12日撤銷軍政委員會，改設臨時人民政府。同年5月15日正式成立祿勸縣人民政府。1953年4月撤銷武定專區合併楚雄專區。1958年4月成立楚雄彝族自治州，祿勸隨之。1983年9月9日改隸昆明市。
康熙五十五年（1716）改土歸流，境內改馬設裡，分屬法卿、歸仁、向化、懷德、慕義五里。宣統三年（1911），境內區域劃定為6個區。民國18年（1929）全縣分設7個區團局。民國20年（1931）11月，全縣改設8個自治區，下轄6鎮47鄉。民國29年（1940）9月，撤區建鄉，全縣設1鎮13鄉。
1950年3月，設屏山、卓幹、永山、鎮康、狗街5個區和屏山鎮，下轄40個鄉。1953年改設屏山、麗山、團街、撒營盤、貴城、皎西、大松樹、九龍、轉龍9個區，下轄122個鄉。1956年改麗山區為茂山區（區址遷至法古），原會澤縣拖布卡區所轄的施寬、方建、書姑、基多、石城等地劃歸祿勸轉龍區管轄，全縣為9個區124個鄉。1957年12月撤銷茂山區並屏山區；茂山、歸脈兩鄉由縣直轄。
1958年8月，區改稱公社，鄉改稱管理區。10月，增設翠華、中屏、馬鹿塘、烏蒙4個公社。全縣有東風（屏山）、火箭（翠華）、團結（團街）、紅旗（中屏）、先鋒（撒營盤）、貴城、勝利（皎西）、躍進（馬鹿塘）、金江（大松樹）、和平（九龍）、轉龍、烏蒙12個公社，下轄175個管理區。
1961年，改12個公社為屏山、翠華、團街、中屏、撤營盤、則黑、皎西、大松樹、九龍、轉龍、烏蒙11個區，下轄64個公社、341個生產大隊。1963年1月增設茂山區，1964年4月併入屏山區。1965年7月，屏山鎮由區轄鎮改為縣轄鎮。1966年4月，祿勸縣皎西區志力公社所轄的長田、以機嘎、魯布穀、皎乃、志力新村、大地6個村劃歸武定縣己衣區；7月，武定縣的多力劃歸祿勸縣團街區的雲龍公社管轄。
1968年10月30日成立祿勸縣革命委員會後，改區為公社革命委員會。全縣有1鎮、11個公社，下轄155個生產大隊。1971年4月，屏山鎮並屏山公社以後，從屏山公社劃出崇德、茂山2個公社；8月，從皎西公社劃出湯郎，大松樹公社劃出馬鹿塘，烏蒙公社劃出雪山，團街公社劃出雲龍。全縣轄屏山、崇德、翠華、茂山、團街、雲龍、中屏、撒營盤、皎西、湯郎、馬鹿塘、大松樹、則黑、九龍、轉龍、烏蒙、雪山17個公社、189個生產大隊。
1972年12月增設屏山鎮。1980年12月從撒營盤公社劃出雙化，設雙化公社。全縣轄18個公社，1個鎮，209個生產大隊。1981年4月，公社革命委員會改稱公社管理委員會。
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