这个故事要追溯到几十年前，尼克弗瑞还在CIA当探员的时候。他招募了同机构的理查德和玛丽，也就是蜘蛛侠的爸妈。他们参与的任务有：救出金刚狼，以及多次阻挠名为“绅士”的神秘反派，之后卧底在二代红骷髅（红骷髅代理）组织，却因此被识破了身份而惨遭杀害。
尼克弗瑞处于愧疚，私底下照顾理查德和玛丽的一对子女，首先，彼得的叔叔本.帕克就经常受到一些匿名的资金，借此得以更好的照顾彼得。至于理查德的女儿特蕾莎则由尼克照顾，长大成人后就加入了CIA，之后因为协助蜘蛛侠，让兄妹两人正式团聚。但当时特蕾莎以为自己身为彼得妹妹的身份，是前神盾局变种人心灵部门特工，也就是现在的那个恶棍Mentallo造假来的，为此并不认为自己是帕克家的人。
特蕾莎离开CIA之后，加入神盾局的独立部门Gray Blade，而Gray Blade一直在进行一个可以消除所有超能力者的项目，协助者就是菲尼亚斯·梅森，就是那个经常为各种超级罪犯制造武器装备的天才，被称为修补匠的人。特瑞莎发现了这个档案，但此时神盾局已经解散，于是只好自己用纳米科技将资料备份在血液中。而Gray Blade就给各大政府机构和媒体发布消息，称特蕾莎是卖国贼。
特蕾莎找彼得帮忙，蜘蛛侠则透过最好的朋友霹雳火协助，甚至是媒体记者JJ詹姆斯也为了追求真相协助他们，这让彼得在这时对他说出了自己是蜘蛛侠的秘密身份，让两人的关系缓和许多。
接着，事情发展到一群名为Vedomi的外星种族舰队入侵地球，修补匠说到自己十几年前就知道它们要来，但他制定好了能够击败这群外星人的计划已经不见，所以蜘蛛侠决定跟毁灭博士借他发明的时空平台回到过去找寻原始资料。而特蕾莎也决定一同前往，回到过去，特蕾莎就联络还在CIA的尼克，希望能得到自己身世的准确答案。借此，也终于确定自己真的是帕克家的女儿。
这个故事线拉出了另外一个重要的地方，就是如果在漫威宇宙用时空旅行回到过去改变历史，多元宇宙会保持平衡来分叉处一个新的世界，比方说在正史世界做了A选择，却透过时空旅行回到过去改做了B选择，就会额外诞生出B选择的世界。
但毁灭博士的时空平台有特殊装置，就算回去改变历史也不会分叉新的平行世界，而是直接影响同一个时间轴。不过经过奥创纪元的时空破裂，进而引发秘密战争时间，让毁灭博士决定取消时空平台的特殊性……
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