出於防控新型肺炎的需要，國家三部委緊急發佈公告，各地農集貿市場、超市、餐飲單位、電商平臺等經營場所，嚴禁任何形式的野生動物交易活動。多地也緊急通知，全面禁止市場銷售活禽，“關閉活禽市場是特殊時期的特殊手段。”
這導致畜禽養殖業受到巨大沖擊。這主要集中在三個方面，第一、傳播源不明，殃及養殖業；第二、出於防控疫情的需要，春節期間聚餐減少，對肉類需求減少；第三、國內幾乎所有省份都採取疫情一級響應，直接影響到飼料運輸，或者畜禽出欄。
對於第一重衝擊，在華南海鮮市場環境中，存在著大量新型冠狀病毒2019-nCoV，本報也進行過報道，“中國疾控證實，這證明有可能病毒也在海鮮上，商戶在用水沖洗海鮮時，病毒會進入環境。這個病毒在海水裡可能存活3個月。”也有聲音稱，這些病毒源於隱匿華南海鮮市場的野味，這也是國家緊急禁止活禽和野生動物交易的重要原因。當然，也不乏一些影視作品對人們心理造成的影響。
雖然新型冠狀病毒的源頭及傳播中介，仍需進一步的科學研究，但防控措施對畜禽、海鮮業的影響卻是切實存在的。
布瑞克·農產品集購網研究總監林國發對第一財經記者稱，養殖一般有較好的隔離，養殖的豬、禽類應該不是病毒攜帶者，當前更多是為了防範病毒傳播，部分地區取消了活禽交易。
謀易諮詢首席顧問官、中加融達投資公司董事長王中對第一財經表示，防控措施對豬、雞、海鮮會產生一定的影響，對豬的影響最小，對肉雞的影響很大。因為肉雞在2019年產能增長較快，而且雞苗成本高，去年末價格大跌，導致大面積虧損。“現在很多地區關閉了活禽市場，加上鄉村封路導致流通不暢，已經有人直接掩埋活雞，尤其是雞苗和小雞。”
對於第二重衝擊，林國發稱，根據往年春節期間的情況來看，禽肉、豬肉和水產消費，主要集中在走親訪友，而今年春節出於防控的需要，聚餐消費需求大降，整個禽類、豬肉、水產消費下降了5成，甚至更高，消費主要以家庭庫存消費為主。王中也提到，春節期間聚餐減少是事實，消費量一定會下降。
對於第三重衝擊，有農戶對記者反映“養的雞不讓賣，只能挖坑埋掉”，還有說，“如果是肉雞帶來的疫情可以理解，否則沒道理不讓運飼料和雞正常出欄。要確保市場肉品供應。”
王中認為，對飼料等物資，目前的影響尚在可承受範圍內，因為養殖場有春節備貨的傳統，一般備貨到正月十五，超過這個時間點，矛盾就會非常突出。對豬影響不大，因為多養10天、半個月，沒多大問題，但肉禽不一樣，受生長週期限制，不讓出欄，多養就會多虧。
他認為，由於前期虧損和本次疫情的影響，肉禽的存欄數會驟降，下一步將會帶來供應緊張，或導致價格上漲。因此建議有關部門儘快採取措施，比如，儘快列出畜牧業必須的物資清單，清單內所列物資，不能限制運輸，保障通行，疫區應當發放通行證，限車牌、限時、限貨品有效。另外，對肉雞、肉鴨採取1個月的保護價收購，作為國家儲備，由屠宰場執行。
林國發也提到，目前，影響最大的主要是禽類。禽類生產具有持續性，出欄不順，且經歷2019年11月末至今的虧損，中小養殖戶現金相對緊張，而部分農村封路，飼料無法進入，加上飼料廠延後開工，缺乏飼料可能導致雞鴨餓死的情況，造成新的環境汙染。
“疫情要防控，但生產、生活也要繼續，過度使用防控措施，不僅不利於疫情防控，也會增大疫情過後整個生活物資供應的問題。如果整個行業受損，在當前生豬存欄減少的背景下，可能會加重2020年第二季度肉類供應緊張的局面。”他說。
他建議，在控制活禽市場交易的同時，政府還要積極引導屠宰加工企業開工，解決當前的“銷售難”問題，甚至適當啟動禽肉收儲政策，以保證疫情過後的肉類供應。飼料企業開工也不宜延後過長時間，要儘量保證飼料市場供應。當然，行業各環節也要積極做好防護，養殖場做好消毒和隔離，有情況及時上報。
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