建文元年，建文帝朱允炆推行削藩政策，燕王朱棣公開反叛，以“清君側”的名義，率軍南下，號稱“靖難”之師，發生了一場明王朝統治階級內部的皇位爭奪戰。歷史上稱為“靖難之變”。
朱棣，是朱元璋的第四個兒子。洪武三年，封為燕王。洪武十三年，遷到封地北平。燕地與蒙古接壤，朱棣經常奉命出塞巡邊，築城屯田，多有建樹。後來，又屢次率領諸將出徵，威名大振。
洪武二十五年，皇太子朱標病死，朱元璋反覆思考之後，立朱允炆為皇太孫，這使得朱棣心中不滿。有一次，朱元璋命令朱允炆賦詩，詩的最後兩句是：“雖然隱落江湖裡，也有清光照九州。”朱元璋看了後認為詩意衰颯，很不高興。然後又令朱允炆作對，朱元璋上聯是：“風吹馬尾千條線”，朱允炆以“雨打羊毛一片氈”對，朱元璋聽了後覺得這個調子低沉，毫無抱負跟氣度可言，臉色頓時就不好看了。
這時，朱棣恰好就在身旁，見此情狀，當即上前奏對說：“日照龍鱗萬點金”。朱元璋一反怒容，不禁連聲叫絕。於是，朱元璋就對朱棣大加寵愛，有更換皇儲之念。後來因為大臣的阻撓，朱元璋並沒有換人，但是這卻滋長了朱棣接替皇位的慾念和野心。
洪武三十一年，朱元璋去世，朱允炆即皇帝位。朱棣本想去南京奔喪，因有“諸王臨國中，勿至京師”的遺詔被阻，心中十分不快。他認為這時朱允炆的寵臣齊泰、黃子澄兩人矯詔製造的一個陰謀。與此同時，朱允炆為了解除諸王“尾大不掉”所帶來的威脅，廢了幾個內地王為庶人，又下令諸王不得節制文武官吏，進一步限制了諸王的權力。
第二年，朱允炆改元建文，朱棣面對諸王被廢、自己權力被削的的局面，便借朝賀改元之機，帶領世子朱高熾等人，親往南京，查探虛實，以謀對策。朱棣回北平時，為使朱允炆放心，把世子朱高熾等人留在京師，作為人質。
朱棣回北平後，暗中加緊練兵，為篡奪皇位作準備，表面上卻偽裝成重病在身，臥床不起。他上書乞求朝廷讓朱高熾等歸省，朱允炆假裝不知內情，遣還朱高熾等人，使朱棣不對他有所懷疑。雙方都在設計，互相欺騙，勾心鬥角。
正當朱棣訓練將士，即將起兵的時候，朱允炆也在調兵遣將，加強了對朱棣的防備活動。建文元年六月，燕王府護衛百戶倪諒到南京告發燕王謀反。朱允炆當即下詔嚴斥燕王罪過，逮捕燕府官屬，並密令北京駐軍圍燕王府第。由於事情洩露，朱棣便迅速乘機起事，一場封建統治階級內部爭奪皇位的武裝鬥爭展開了。
這次明朝的內戰，前後共持續了四年。朱棣久居北平，苦心經營，藩國附近的郡縣衛所，先後受其管轄節制，所以“靖難”師起，一呼百應，士氣十分飽滿。在戰爭過程中，朱棣又得到韃靼軍的助戰，戰鬥力十分強悍。
在南京方面，不少太監因對朱允炆對太監進行的懲處心懷怨恨，而紛紛投靠了朱棣。朱棣也極力拉攏收買，因而獲得了大量有關防務虛實的軍事機密。而朱允炆雖然處於正統的有利地位，但處處表現的迂闊懦弱，完全不是朱棣的對手。
在指揮軍事、用人等方面，朱允炆也是優柔寡斷，聽信讒言。建文四年，燕軍攻打靈璧，遇到南軍將帥徐輝祖，燕軍畏懼，躊躇不前。恰好在這個時候，朱允炆偏聽偏信，臨陣易將，把徐輝祖調回，結果南軍士氣隨之瓦解，降者數萬人，燕軍大勝。這是一場很重要的戰役。燕軍經此戰後，再沒遇到太大的阻撓，一路南下，勢如破竹。當年六月，便攻入南京。朱允炆在宮中自焚而死，這場內戰以朱棣的勝利宣告結束。
朱棣進入南京後，大肆殺戮，進行報復。齊泰、黃子澄、方孝孺等都被殺害並滅族，受到株連的人達到數萬人，可見鎮壓的殘酷。在血腥的屠殺之中，朱棣登上了皇帝的寶座，第二年便改元永樂，定都北京，史稱永樂大帝。
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