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萬曆不被嘉靖所喜歡，其實是被他的父親朱載垕所牽連的。眾所周知，嘉靖皇帝生前特別的信奉道教，有道士告訴他國不可有二主，二龍不能相見，他聽信了道士所言，所以一直不願見朱載垕，以至於萬曆朱翊鈞出生的時候嘉靖也不高興
嘉靖四十一年八月十七日，朱翊鈞呱呱墜地，降臨到這個人世之中。當時他的父親朱載垕已經是大明的儲君，按理說眾人對於朱翊鈞的到來應該高興才是，卻不曾想大家都在看嘉靖帝的臉色，惴惴難安，甚至都沒有人敢給他取名字，嘉靖帝似乎並不歡迎自己這個小皇孫的到來。
嘉靖一直迷信道教。他的皇長子和皇次子在設為皇儲之後先後去世，倖存下來的第三子朱載垕，第四子朱載圳，而朱載垕也順理成章成了大明的皇儲。可是當時有個道士給嘉靖算了一卦，說二龍不能相見，否則會有災難，所以嘉靖一直謹遵道士所言，除非是死，否則絕對不見自己這個兒子一面，加上朱載垕少年時因其母親杜康妃失寵，又非長子，所以很少得到父愛。嘉靖本來就不太喜歡這個兒子，所以相對疏遠，也就順帶著不待見這個孫子。
歷史即故事
明世宗朱厚熜，不喜歡自己的孫子，即後來的明神宗朱翊鈞，源自於其對長生的追求和玄修的迷信。圖：雙龍戲珠
其一，朱厚熜一立太子，兒子就死於非命，“二龍不相見”
嘉靖十二年，長子出生。朱厚熜興奮之餘馬上立其為太子，誰知不到兩月便夭折。
嘉靖十五年，第二個兒子出生。嘉靖十九年，立為太子。嘉靖三十一年，病逝。
於是朱厚熜身邊的道士告訴他，“二龍不相見”，大龍和小龍走的太近，會互相剋損。朱厚熜對此深信不疑，之後長期不立太子。而這個舉動，使得本該按序成為儲君的裕王朱載垕，即後來的明穆宗，變得非常被動。
而朱厚熜對兒子的態度越發冷漠，能不見就不見，甚至不想聽到兒子的消息，連孫子朱翊鈞出生的消息，都是別人趁著朱厚熜心情好，婉轉地告知。
圖：朱厚熜 像
其二，孫子朱翊鈞的出現，預示著新老交替，陰陽輪迴
對於一心修道，追求長生的朱翊鈞來說，除了所謂的“二龍不相見”的理論，孫子朱翊鈞的出生，也預示著自己長生之道的無望。
自己還是老了，孫子都出生了。這就使得朱厚熜變得更加敏感，甚至反感朱翊鈞的降世。在朱翊鈞五歲之前，朱厚熜甚至都沒給他取過名字，也不許別人提起此事。
這種心理也好理解，對皇權的無限留戀，對長生之道的逐漸懷疑，最後遷怒到朱翊鈞的出生上。
基於以上兩點，所以朱厚熜並不喜歡自己的孫子朱翊鈞。
圖：朱翊鈞 像
朝史暮想，希望我的回答對你有所幫助。
朝史暮想
嘉靖皇帝駕崩於1566年，萬曆皇帝朱翊鈞生於1563年。個人感覺，如果是不喜歡，可能是看到第一眼就不喜歡，應該不是經歷過什麼事情才不喜歡。
而且嘉靖信奉“兩龍不可相見”的道教理論，他一般連自己的兒子都不見，更不要說是自己的孫子了。
我在偷吃松果
明神宗曾經有過一段“悲慘”的童年。由於他的奶奶失寵於他的爺爺嘉靖皇帝，他的老爸裕王朱載垕就很不受嘉靖帝喜歡。當朱翊鈞在裕王府出生的時候，他的皇帝爺爺居然很不高興，結果朱翊鈞長到好幾歲了都沒人敢給他取個名子。但嘉靖皇帝的三個兒子中前二個早早夭折，只有第三子朱載垕倖存下來，所以當嘉靖皇帝死了之後，朱載垕毫無爭議地成為大明王朝的新任繼承者。老爸成了皇帝，兒子自然沒人再敢輕視了，朱翊鈞的地位也才算徹底得到了改變。但朱載垕似乎也遺傳了嘉慶皇帝的某些傳統：幾個兒子中老大老二早早夭拆，位列第三位的朱翊鈞也成了皇位的當然繼承人。
