事業單位改革已明確：經營性事業單位轉為企業，這一改革舉措是適應國家發展趨勢的，但不可避免會出現一些問題：
1、職工內心不平衡問題
事業單位，其工作的穩定程度遠遠大於企業。另外，由於大多數經營性事業單位不以效益論薪酬，參照全額事業單位工資和福利待遇標準發放報酬，從而在給職工以更大的事業單位優越感。
因此，轉企改革使事業單位的名稱不復存在，職工頭上的光環也隨之失去，榮耀感自然消失，而且今後還要面臨更為激烈的市場競爭，職工從心理上很難接受。
2、盈利能力問題
事業單位從成立初期就是各單位根據行政管理的需要而設立的，對於經營性事業單位來說，經營範圍或管理項目比較單一，從事的服務對象很明確，協調機制也主要是在政府範圍內形成，規模小、產品技術含量不高、附加值較低等劣勢凸顯。
一旦失去公共資源的支撐，行業內的競爭將會使其風險加大，經營成本也會增加，市場所帶來的風險特別是全行業的風險有可能會使其一躍不振。
3、職工利益保障問題
在事業單位改革之前，大多數經營性事業單位都是依據行政事業單位的工資標準發放職工工資和福利，一旦轉為企業，即使轉企後可以獨立經營，一旦公共資源的利用渠道隔斷，還有多少可以在市場中生存?這些都會影響到轉企後職工的未來利益。
經營性事業單位退休職工大多是按照企業標準退休的，這些單位為退休職工根據事業退休工資標準給以補差，甚至有的還享有事業單位退休職工的各項福利待遇，轉企後這些利益如何保障?這些問題的解決都會影響轉企改革的實施。
事業單位轉企改革還有很長的路要走，國家要扶持此類企業，更要扶持企業職工。
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