自2016年6月國家科技部、財政部、稅務總局聯合頒佈新政《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火字2016（32號）文）以來，國內各省份高新技術企業數出現激增。
1.檢查部門
高企認定主管部門：科技、財政、稅務部門，其他相關部門：環保、質量/安監、審計等部門。
2.檢查要點
科技部門
1.技術領域是否屬於管理辦法或工作指引中的領域
2.專利權屬及專利時效確認
3.主要產品（服務）收入佔高新收入比例是否超過50％
4.申報前後各期數據對比及與高新年報數據對比
5.申報材料各項指標核對
財政部門
1.每年定期對承擔高企審計的事務所進行底稿等風險檢查，並抽選部分企業進行延伸檢查
2.會計師事務所行業協會自律檢查。
稅務部門
1.申報材料與稅務申報數據是否有衝突
2.高企認定稅收優惠備案檢查
3.研發費用加計扣除備案檢查
4.其他相關稅務檢查
環保部門
1.是否存在環評風險
2.是否存在嚴重環境違法行為
質量/安監部門
是否存在重大質量、重大安全事故
審計部門
1.針對行政公職人員瀆職、受賄等違法行為的延伸檢查
2.國有企業自身的定期審計檢查
企業備查資料
（1）知識產權證書
（2）科技成果轉化證明材料
（3）研發活動證明材料
（4）研發費用明細賬及相關憑證
（5）高新收入證明材料
（6）科技人員證明材料
（7）產學研合作證明材料
（8）檢查部門要求的其他資料
高新技術企業稅收優惠資格有效期為三年，許多企業重視申報，忽視資格維持，從而帶來潛在的稅務風險。根據《高新技術企業認定管理辦法》要求，“科技部、財政部、稅務總局應建立隨機抽查和重點檢查機制，加強對各地高新技術企業認定管理工作的監督檢查。”因此，企業不僅要重視認定時資料的準備，更應當注重資格維持，為期滿後重新認定及後續可能面臨的檢查做好充分準備。
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