金稅三期的總體目標為建立“一個平臺、兩級處理、三個覆蓋、四個系統”。一個平臺指包含網絡硬件和基礎軟件的統一的技術基礎平臺。兩級處理指依託統一的技術基礎平臺，逐步實現數據信息在總局和省局集中處理。三個覆蓋指應用內容逐步覆蓋所有稅種，覆蓋所有工作環節，覆蓋國地稅並與相關部門聯網。四個系統指通過業務重組、優化和規範，逐步形成一個以徵管業務系統為主，包括行政管理、外部信息和決策支持在內的四個應用系統軟件。
金稅三期的功能更加強大，運行更加順暢，內容更加完備，流程更加合理。其中，最重要的就是實現國地稅和其他部門的聯網。簡單來說，金稅三期全國統一了稅收徵管及相關稅務系統軟件，不再是各省各自為政，減少數據利用的難度。
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