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東晉是中國歷史上一個君弱臣強的朝代，權臣壓主的現象一再重演，地方軍閥與朝廷爭戰不休，其中最大的一次內亂，便是桓玄篡位奪權。
桓玄是權臣桓溫的兒子，憑藉老爹留下的政治資本，一步步崛起成為地方軍政巨頭，都督荊、江、司、雍、秦、梁、益、寧八州諸軍事，兼荊、江二州刺史。桓玄與執掌朝政的司馬道子、司馬元顯父子結怨甚深，父子倆弄權既久，把搞得烏煙瘴氣，朝野皆憤，民變迭起，這為桓玄挑戰朝廷提供了藉口。
年輕氣盛的司馬元顯打算先下手為強，幹掉桓玄。公元402年正月初一，朝廷發佈詔令，宣佈桓玄之罪狀，並以司馬元顯為征討大都督，主持討伐事宜。司馬元顯敢發動戰爭，主要是手中握有一張王牌：能征善戰、馳名天下的北府軍。然而，北府軍統帥劉牢之消極怠工，打著自己的小算盤。
桓玄雖然實力強大，然對北府軍一直有畏懼之心。由於劉牢之持觀望態度，桓玄得以長驅直入，兵抵歷陽，豫州刺史司馬尚之一戰而潰，兵敗被俘。
當時北府軍駐紮於溧州，參軍劉裕見大帥遲遲不動，主動請戰，劉牢之不同意。在他看來，無論是桓玄還是司馬元顯，都不是善茬。相比之下，他更討厭司馬元顯，因為此時這位小爺只有二十一歲，但為人目空一切，喜歡耍小聰明。劉牢之認為如果自己打敗桓玄，只會讓司馬元顯在朝廷之上更加無法無天。
這時，桓玄派人前來策反，劉牢之怦然心動。其子劉敬宣反對道：“如今國家衰危，天下之重心在於父親大人與桓玄兩人之手。桓玄憑藉桓溫、桓衝留下的政治資本，據有荊楚之地，晉國三分之二的土地在其控制。若是縱容他凌駕朝廷之上，等他威望高漲之後，就無法制服了，我擔心他就是今日之董卓。”
劉牢之怒斥道：“今天若要取桓玄性命，易如反掌；只是消滅桓玄後，司馬元顯勢必坐大，到時我就對他無可奈何了。”在劉牢之看來，自己與桓玄無甚仇怨，以北府軍這張王牌，足以制衡桓玄。
由於劉牢之突然倒戈，桓玄順利打到建康城下。朝廷軍一戰即潰，司馬元顯束手就擒。大獲全勝的桓玄出任丞相，都督中外諸軍事，清洗司馬道子、司馬元顯父子一黨，完全把持朝政。
對桓玄來說，劉牢之的北府軍是一大威脅。他一紙令下，任命劉牢之為會稽內史，實則欲削奪其兵權。劉牢之大驚失色，想要起兵對抗桓玄。然而，形勢的發展與他的預料完全不同。
首先，司馬氏父子弄權日久，朝野共憤，故而桓玄把持朝政後，大家對他還是有所期盼的。戰亂剛定，你又要開戰，不得人心。其次，劉牢之在朝廷與地方的三場戰爭中，反反覆覆，一會出賣上司，投靠朝廷，一會出賣朝廷，投靠桓玄。這種反覆背叛的行徑令他在軍隊中的名望一落千丈，眾將士紛起抵制他的第三次背叛，劉裕、劉襲等人先後離去。眾叛親離的劉牢之情知大勢已去，選擇自殺。
桓玄執政後，朝野上下希望這位鐵腕人物能扭轉朝廷的歪風邪氣。然而，不久後大家便失望了。桓玄心裡盤計的只是自己的權勢，北府軍勢力不除，他內心不安。於是，一場針對北府軍高層的血洗開始了。北府軍舊將高素、竺謙之、竺朗之、劉襲、劉季武等皆被誅殺。劉襲的哥哥劉軌與司馬休之、劉敬宣、高雅之等人起兵，戰敗逃遁至西秦或南燕。
但有一個北府軍重要將領並沒在桓玄清洗的名單之中，此人便是劉裕。為什麼桓玄偏偏放過劉裕呢？兩個原因：第一，當初劉牢之想起兵反桓玄，劉裕是第一個開溜的；第二，沿海的海盜勢力捲土重來，打擊海盜，還得倚賴作戰經驗豐富的劉裕。
不過，桓玄沒有想到，自己最後還是栽在劉裕手中。在桓玄自立為帝后，劉裕集合北府舊部，發動起義，顛覆桓楚政權。北府軍的實力，還確實不是吹出來的。
君山話史
關鍵在於劉牢之政治眼光太差，又是一個軍事才能優秀，政治水平低分的人物，偏偏還自以為是。
淝水之戰劉牢之一戰成名，一度追擊到鄴城，謝玄隱退，劉牢之是北府軍的頂梁，但目光短淺，當桓玄衝進建康，樹倒獼猴散的北府軍，被桓玄以朝廷名義逐一清洗。
桓玄能輕易的清洗北府高層，最主要的原因在於劉牢之自己挖坑，把自己埋了。
桓玄起兵，劉牢之為何按兵不動？自以為才智了得加上手握強兵
桓玄起兵後，司馬元顯任命劉牢之討伐桓玄，但是桓玄派人一通勸說之後，劉牢之就按兵不動。
桓玄給的理由是
第一司馬父子無容人之量，桓玄之後，下一個就是劉牢之自己；第二劉牢之立下大功，功高震主，難免出現兔死狗烹的情況。
這兩點倒也的確說中了劉牢之的心病，不過劉牢之考慮的還不止這些，難道劉牢之就不怕桓玄成功後會除掉他麼？
劉牢之打了那麼多仗，自然也考慮到這一塊了，晉書記載：
假手於玄，誅除執政，然後乘（桓）玄之隙，可以得志於天下，將許（桓）玄降劉牢之覺得自己手握強兵，才能算略足以經綸江表，所以劉牢之就勢下坡，按兵不動。
結果沒有阻礙的桓玄一路衝進建康，把持了朝政。
桓玄清理北府兵為何沒有遇到抵抗？
桓玄把持朝政之後，就著手清晰北府高層，這一段時間劉牢之敗的非常迅速。
第一個重要的原因就是劉牢之政治品格不行，三次背叛，手下已經人心盡失。再加上關鍵時刻又猶豫不決，最終眾叛親離。
劉敬宣勸劉牢之襲擊桓玄，結果劉牢之猶豫不決，召集眾人，得到的卻是一頓訓斥
參軍劉襲曰：“事不可者莫大於反，而將軍往年反王兗州，近日反司馬郎君，今復欲反桓公。一人而三反，豈得立也。”語畢，趨出，佐吏多散走。三次背反，說明劉牢之沒有自己的堅定立場，品格是一回事，更關鍵的是手下將領得不到安全感。
第二個原因便是，桓玄此時入主朝廷，但是還未暴露野心，佔據朝廷大義奪劉牢之兵權，劉牢之從名分上無力反抗。
戰亂剛定，人心思安，這個時候劉牢之再起兵禍，根本得不到世人支持，況且局勢已經平定，劉牢之再起兵討伐也師出無名。一切如同劉敬宣先前預料的“威望既成，則難圖也”
所以劉牢之因為自己的短淺目光，錯過了機會，只能認輸。沒有了劉牢之，這個時候北府軍已經四散，桓玄對於這支自己無法掌控的軍隊，下手也非常迅速，不到一年，高素、竺謙之、竺朗之、劉襲、劉季武、孫無終等都被桓玄所殺。
可以說北府軍在桓玄之亂前期之所以敗的那麼迅速，主要是因為劉牢之的問題。
妖鬼雜談錄
因為劉牢之本身能力就不行，膽量更是一般，加上當時他自己也居心不良，最終投降了桓玄，最後任人宰割。
雖然劉牢之號稱名將，在淝水之戰中居功至偉，但那一場大戰本身就是烏龍，東晉能勝利，只是運氣好，正好符堅自己找死，他手下那些歸附勢力巴不得他完蛋。可惜了王猛大才英年早逝，要不然歷史完全改寫。
