清朝時，西藏的上層集團與和諸蒙古汗王之間存在著爭奪西藏執政權的矛盾。清朝面對西藏的問題，實際上不只是西藏一地的問題，它涉及到與蒙古各部之間的爭鬥。康熙多次直接處理西藏地方事務，是出於對準噶爾部覬覦西藏的客觀形勢而作出的。
康熙
和碩特蒙古拉藏汗處於危機時，準噶爾部的策旺•阿拉布坦感覺奪取西藏的時機已到。
在康熙四十五年初，桑結嘉措去世不久，策旺•阿拉布坦就試探性地派人入藏邀請倉央嘉措到準噶爾部開壇講經，但遭到拉藏汗的拒絕。之後，他改變了策略，企圖打消拉藏汗的疑慮，提議與之聯姻。
康熙五十三年，策旺•阿拉布坦邀拉藏汗的長子噶爾丹丹衷到伊犁，並讓自己的女兒博託洛克與之成婚。與此同時，策旺•阿拉布坦還秘密聯絡拉薩三大寺與格魯派上層人物，表示要廢除拉藏汗和其所立的“假活佛”，這讓西藏上層人物迅速與之結盟。他們秘密派出一批年輕僧侶到準噶爾，成為策旺•阿拉布坦進攻西藏的指路人。
噶爾丹丹衷
康熙五十四年，策旺•阿拉布坦擔心入侵西藏時被清廷抄後路，於是先帶兵到哈密北邊侵擾，以牽制朝廷。
康熙派富寧安帶兵前往，並召集外藩蒙古到歸化城集中，派費揚固總領軍務。因道路艱險，後勤難以保障，富寧安只能在哈密—巴里坤附近召兵屯田，暫時停止進攻。
富寧安
策旺•阿拉布坦感受到清軍對他的威脅越來越大，於是準備先下手為強。他先派其堂弟策零敦多布等人，以護送噶爾丹丹衷夫婦回藏探親的名義，率領一支六千人組成的遠征軍秘密向西藏開進。同時，策旺•阿拉布坦又派遣一支三百人組成的部隊突襲青海塔爾寺。
策零敦多布選擇了一條特別艱難的行軍路線，他們從和田出發，翻越崑崙山，再經阿里，抵達藏北的那曲。這條路線人煙稀少，雖行軍不便，卻非常隱蔽。所以，當他們遇見拉藏汗的部隊時，打了對方一個措手不及。
拉藏汗還抱有和談的希望，以至於貽誤戰機，此外，準噶爾部的宣傳戰很快就瓦解了拉藏汗軍隊的戰鬥意志。策零敦多布進駐拉薩，殺死拉藏汗，“擄其妻子，搜各廟重器送伊犁。”
當時，西藏距京城路途遙遠，交通不便，康熙沒能準確及時地把握到西藏發生的事情。康熙五十六年，富寧安首先向朝廷報告準噶爾部已經進攻西藏。
富寧安
於是，康熙派遣西安將軍額倫特、學士查禮渾等人率軍先後從西寧出發，去支援西藏。但清軍出發前準備不充分，加上將領不和，這支清軍到達藏北時就被準噶爾部圍困，糧草線被截斷，最後全軍覆沒。
康熙五十七年十月，康熙總結初戰失利的經驗教訓，決定增派軍隊前往甘肅，以備調遣。
接著，康熙任命十四皇子胤禵為大將軍王，坐鎮西北；提升年羹堯為總督，使其由“止理民事”，進而承擔“督兵重任”，這為開闢由四川入藏的新路線做好準備。
年羹堯
為了進一步孤立策旺•阿拉布坦的勢力，康熙還積極爭取青海蒙古王公。
康熙五十九年正月，康熙命胤禵從西寧移師穆普烏蘇，管理入藏的軍務糧餉，居中指揮；授延信為平逆將軍，出青海向喀喇烏蘇進軍，為中路軍；授噶爾弼為定西將軍，會同雲南都統武格所率部隊，從巴塘出發，為南路軍；派富寧安、傅爾丹，分別從巴里坤、阿爾泰出兵，為北路軍。
三月，胤禵寫信給班禪額爾德尼，轉達康熙的旨意，並詳細說明了出兵西藏的理由：
“策旺•阿拉布坦，無故授給策零敦多布一支兵隊，襲取招地，擾亂佛法，全藏民眾聞之俱不心服……著班禪留坐高床，以師禮教訓經典，俾使黃教廣敷，眾生安樂等大事，諭令本爵諮送等因——《衛藏通志》”
因此，清軍入藏便大受歡迎，民眾“紛紛歡悅，舉掌叩首”。當地反抗準噶爾的事件不斷，有力地支持了清軍的軍事行動。
胤禵
當年春夏之交，由噶爾弼率領的南路清軍，幾乎未遇抵抗的情況下，順利抵達拉薩。
延信統領的清軍，翻越當拉嶺，與策零敦多佈於土拉池附近交手三次，三戰全勝，九月進入拉薩。策零敦多布進退兩難，不敢留在西藏，率領手下向北逃竄。
接著，清軍在西藏重組行政機構。
首先建立了由清軍統帥延信為主的臨時領導機構，著手消除準噶爾部的影響，公開處決了與準噶爾部勾結的兩位噶倫（政務官）。
康熙六十年，清朝組建了新的西藏地方政府，廢除了大權獨攬的第巴職位，而設置了幾名噶倫共同負責西藏的行政事務。此舉克服了行政權力過於集中的弊端，從而有利於清朝對西藏的管轄。
康熙
起初任命的三位噶倫，即康濟鼐、阿爾布巴和隆布鼐。康濟鼐是拉藏汗的舊臣，被朝廷封為貝子，為首席噶倫；隆布鼐是拉薩東北的上層，原在拉藏汗軍中任職，清軍入藏後他主動歸順並當嚮導有功，因而被封為輔國公。
蒙古王、貝勒、貝子、公、臺吉等人，以西藏平定，請求立碑於拉薩，以昭後世。康熙批准，於康熙六十年御製碑文，回顧自皇太極以來，西藏與清朝密切關係，揭露了策旺•阿拉布坦“名為興法，而實滅之”的罪行，並表明清軍進兵西藏，是為了振興法教，安定生產。
此外，清廷在拉薩留下一支三千人的駐軍。為了保持與拉薩駐軍的聯繫，朝廷還在巴塘、裡塘、昌都等地舊駐軍隊，並將這些地方劃入四川總督管轄範圍。在西藏通往準噶爾的各道路，清軍設置關隘，組織軍隊巡邏防範。
至此，清朝終於平定西藏，平息了各教派的糾紛，保護了藏區民眾的利益，結束了自固始汗以來蒙古諸部對西藏的佔領，加強了朝廷對西藏的直接管轄。
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