PPP+EPC模式下合同體系龐大且複雜，該模式下的合同管理是從PPP項目採購階段至PPP項目結束整個過程的系統管理，不僅需要建立一隻專業的合同管理團隊對其進行維護，還需要根據具體的PPP項目情況制定具體的合同管理辦法及配套制度。合同管理是項目管理的重要組成部分，高效的合同管理對PPP項目的順利實施起著事半功倍的作用，各PPP項目參與方均應當遵循其基本原則，使合同管理工作的開展儘早進入有章可循的狀態。
1、在遵守法律規定的前提下最大限度的尊重合同締約方的意思自治。政府和社會資本合作從採購方式、合同簽訂、合同履約到合同終止的整個過程均應當嚴格遵循法律規定，確保合同效力及權利義務的合法性，同時應充分發揮市場在資源配置中的決定性作用，充分尊重雙方在合同訂立和履行過程中的契約自由，依法保護PPP項目各參與方的合法權益，共同維護法律權威和公平正義。
2、參與各方應遵循平等合作原則。在政府與社會資本合作過程中，參與各方均是基於平等的法律地位、合同締約雙方權利義務對等，各方應在充分協商、互利互惠的基礎上訂立合同，並依法平等地主張合同權利、履行合同義務。在合同履約過程中產生爭議時應優先協商處理，確保非爭議部分正常履行，項目順利推進。
3、各方應優先維護公共利益。在政府與社會資本合作過程中應建立履約管理、行政監管和社會監督“三位一體”的監管架構，優先保障公共安全和公共利益。PPP項目合同中除應規定社會資本方的績效監測和質量控制等義務外，還應保證政府方合理的監督權和介入權，以加強對社會資本的履約管理。與此同時，政府還應依法嚴格履行行政管理職能，建立健全及時有效的項目信息公開和公眾監督機制。
4、各方應遵守誠實守信及公平效率原則。在PPP項目合同中應明確界定雙方在項目融資、建設、運營、移交等全生命週期內的權利義務，在EPC合同中對勘察、設計、設備採購、運輸、保險、土建、安裝、調試及試運行等全過程的權利義務進行明確約定，在合同管理中體現真實意思表示，認真恪守合同約定，妥善履行合同義務，依法承擔違約責任；在PPP項目合同中要始終貫徹物有所值原則，在風險分擔和利益分配方面兼顧公平與效率。在EPC合同管理中應集中企業技術和管理優勢，充分發揮設計在項目建設中的主導地位，實施全過程合理、交叉和動態連續的管理，提高了工程項目建設效率及水平。
5、兼顧靈活原則。鑑於PPP項目的生命週期通常較長，PPP建設期的EPC合同履行中的設計、施工、採購又常處於交叉實施狀態，在合同訂立時既要充分考慮項目的實際需求，保證合同內容的完整性和相對穩定性，也要合理設置一些關於期限變更(延期、提前終止)、內容變更(工程變更、價格調整等)、主體變更(股權轉讓)的靈活調整機制，為未來可能長達20-30年的合同執行期預留調整和變更空間。
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