南京國民政府成之初，當時的衛生部除了薛篤弼、胡毓威之外，清一色的處長，司長以及所長等，都是由留洋經歷的西醫醫師來擔任的。這些西醫醫師認為中醫沒有科學的規範，完全憑藉偶然因素，因此聲稱要廢止中醫，於是就誕生了民國時期著名的廢止中醫案。
1929年2月23日至26日，南京國民政府衛生部召開了第一屆的衛生會議。會議由當時的劉瑞恆主持，參加會議的也大都是學過西醫的官員。當時會上提出了廢止中醫的相關問題，提出了《規定舊醫登記案原則》。
當時對中醫採取了全面否定的態度，不少人拿《內經》、《千金》、《外臺》舉例，認為這些古代醫術是“自古妄說”，毫無科學依據，應該付之一炬。
在褚民誼的授意下，第二天會議上，餘雲岫、汪企張等人提出了“廢止舊醫案”，自封西醫為“新醫”，把中醫貶為“舊醫”。認為“舊醫”遏制了科學進步，如果舊醫一天不除，新的醫學事業就不能夠進步。
當時提出了：停止辦中醫學校；禁止刊印中醫相關的廣告；而且禁止招收中醫學徒；停售中藥等政策。這個法案在會上通過，並且公佈在報刊上，當時衛生部長薛篤弼在西北考察，還矇在鼓裡。
考慮到當時提出的廢止中醫提案過於激進，在隨後的中央衛生會議上，最後決定《規定舊醫登記案原則》實施辦法中，緩和了很多。 舊醫登記截止到民國十九年，禁止舊醫學校暫緩實行，刊登醫學廣告，限定在非醫學雜誌不得刊登醫學廣告。
即使如此，在議案公佈之後，立即遭到中醫學界的強烈反對，也引起社會各界的強烈反對。
以陳存仁、張贊臣為代表之上海中醫界青年一代決定奮起抗爭，並邀請了上海中醫界前輩丁仲英、謝利恆等人牽頭，領導此次抗爭。
中醫界的這次抗議活動得到上海各大報館的同情，此後《申報》《時事新報》等，發表了社評，跟蹤報道中醫學界的動向，並給予支持。
上海醫學界的抗議活動的得到全國中醫學會的聲援支持，同時也引起了社會各界的關注。天津、杭州、南京等地中醫界人士紛紛派人參加全國醫學團體大會，並且致電國民政府，要求取消議案。
此時國民政府剛剛成立，薛篤弼為了化解與中醫的地位衝突，平息這場風波，於是公開表示並沒有廢止中醫的意思，並且保證，只要他當部長，就不允許這個提案通過。
3月17日，全國中醫團體大會在上海召開，並且推舉了5位執行董事，陸仲安、隋翰英等都是有名的中醫位列其中，其中陸仲安還曾為孫中山先生開過方子。
3月21日，以孔伯華為首上千人的請願團，抵達南京，請願團先後向國民黨三全大會，行政院等處請願。同時他們請求面見蔣介石，遍訪了五院院長，希望通過上層廢止中醫議案。
當時國民黨內部對於廢止中醫意見並不統一，汪精衛、褚民誼主張廢止中醫，而於右任、林森、陳果夫、等主張保留中醫。
中醫界掀起的全國性抗議活動持續高漲，引起了國民黨高層的關注，剛剛統一全國的南京國民政府，不願意因為無關緊要的事情引起社會動盪。
最後請願團如願見到蔣介石，雖然整個接見只有5分鐘，但是蔣介石的一番話，讓請願團吃了定心丸。
蔣介石表示：“我對中醫中藥絕對擁護，你們放心好了。你們的要求，我已從報章見過，下面人也對我講過，我都曉得了。兄弟本人對中醫藥是絕對相信的，我小時候身體瘦弱，生了病都是請郎中先生看的，倒是蠻有療效的。”
一場來勢洶洶的“廢止舊醫”案，便隨之煙消雲散了。此後不久，國民政府又下令建立中央國醫館，委任焦易堂為館長，並在全國各地籌建支館等，使中醫得以延續發展。
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