相傳《神農本草經》起源於神農氏，代代口耳相傳，於東漢時期集結整理成書，成書非一時，作者亦非一人，秦漢時期眾多醫學家蒐集、總結、整理當時藥物學經驗成果的專著，是對中國中醫藥的第一次系統總結。其中規定的大部分中藥學理論和配伍規則以及提出的“七情和合”原則在幾千年的用藥實踐中發揮了巨大作用，是中醫藥藥物學理論發展的源頭。
《神農本草經》系統地總結了古代醫家等各方面的用藥經驗，對已經掌握的藥物知識進行了一次全面而系統的整理。全書共計收錄了365種藥物，正好與一年365日相合，這倒並非巧合，而是作者有意為之的結果。事實上，當時掌握的藥物數量已經遠超此數，但由於受到術數思想的影響，所以從中選取了365種藥物，“法三百六十五度，一度應一日，以成一歲”。
《神農本草經》不止進行了藥物的蒐集工作，還有意識地對所收藥物進行了分門別類工作，將365種藥物按照上、中、下分為三類，這被稱為“三品分類法”。分類的依據主要是藥物的性能功效。《神農本草經》所載藥品，包括高低等動植物。高等植物如人參、當歸；低等植物如茯苓、靈芝；而牡蠣、水蛭、白殭蠶等屬於低等動物，鹿茸、羚羊角等為高等動物藥材。礦物藥包括金屬如代赭石、磁石和非金屬鹽如朴硝、滑石等。從其使用部位來看，植物藥有根、莖、花、葉、果實、種子、全草的不同；動物藥則有皮毛、骨角、肉、膽、卵、脂、分泌物之異，由此可見其品種來源極為豐富。
該書最早著錄於《隋書·經籍志》，載“神農本草，四卷，雷公集註”；《舊唐書·經籍志》《唐書·藝文志》均錄：“神農本草，三卷”；宋《通志·藝文略》：錄“神農本草，八卷，陶隱居集註。”；明《國史·經籍志》錄：“神農本草經，三卷”；《清史稿·藝文志》錄：“神農本草經，三卷”。歷代有多種傳本和注本，現存最早的輯本為明盧復輯《神農本經》（1616年），流傳較廣的是清孫星衍、孫馮翼輯《神農本草經》（1799年），以及清顧觀光輯《神農本草經》（1844年）、日本森立之輯《神農本草經》（1854年）。
2015年8月，由外文出版社出版了《全圖神農本草經》英法譯本。本書的譯註者安德烈夫婦是對漢學頗有研究心得的專家，翻譯出版過多部有關中國傳統文化的書籍。著名花鳥畫家劉景曾先生在本書中創作了許多前人未曾涉足的物種形象，使傳統花鳥畫的物種大為增加，對新物種繪畫實踐具有重要參考價值。
《神農本草經》對中國中醫藥學的發展，產生了深遠的影響，為中藥學的發展奠定了基礎。他的價值也不是一兩句話就可以體現出來的，有些東西是無價的、無形的。
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