作為一個學者，啟功和其他在文博界和書畫鑑定界尚有盛譽的書畫鑑定家樣，不僅有著豐富的實踐經驗，遍覽全國各地博物館、美術館、文物商店等文博機構所藏古代書面，還有著一套自己的鑑定理論。他的書畫鑑定學體系，成為20世紀中國書畫鑑定界的一筆寶貴精神財富。自古以來，有關書畫鑑定與收藏的學者代有才人”。他們或者以書畫著錄的形式留下鑑定心得(如高士奇、吳榮光)，或者以書畫題跋留名後世( 如項元作、梁清標)，也有少量的鑑藏家留下關於書畫鑑藏的論著(如米苦、阮元)，但真正在書畫鑑定方面構建完整的理論體系的學者，則是在20世紀以後才開始出現的。啟功和張珩、徐邦達、謝雅柳、劉九庵、傅熹年、史樹青、楊仁愷、蘇庚春等書畫鑑定名家一起，為現代中國書畫鑑定學的形成、發展與理論體系的構建，作出了傑出貢獻。
啟功大師
在指導性的理論建樹之外， 啟功在書畫鑑定方面的主要貢獻還在於個案的研究。這些個案研究，涉及書畫家代筆人、名跡斷代、碑帖考證、戾家考等各個方面。主要體現在以下幾個重要的成就：
董其昌代筆人考。啟功認為，”書畫的偽作與代筆不同。偽作是他人偽造某人之作，某人完全不知，也沒有責任可負；代筆是請別人代作，而自己承名，責任應由承名的人自負”。書畫家出現代筆人，不外乎兩種原因：其一是書畫家自有本領，而酬應過多，一人的力量不足供求素的眾多，其二是書畫家原無實詣，或為名，或為利，僱傭別人為幕後提刀。董其昌的代筆人的情況，是兩種情況都有的。
董其昌畫像
啟功通過文獻梳理與作品對比、考證，認為董其昌的書法代筆人有吳易(楚侯)、楊繼鵬(彥衝)，一些比較精湛的代筆畫作則是趙左(文度)、沈士充(子居)所為，其他的繪畫代筆人則有葉有年(君山)、趙洞(行之)、常瑩(珂雪)、吳振(元振)、楊繼鵬(彥衝)等。但這些僅僅是已知的，正如啟功所說：“其未經發現者，尚不知凡幾”。啟功還認為，董其昌“以功力言，書深、畫淺。所以他平生的作品中，書之非親筆的，別人偽造為多，董氏的責任較輕；畫之非親筆的，代筆為多，董氏的責任較重”。此外，還有一些作品既非作偽，又非代筆，而是董其昌坐享其名的，即把別人的作品加款或加題跋而改為自己的作品。這類作品雖然不多，但在鑑定董其昌作品時是不能不引起重視的。
董其昌書畫作品
啟功對於董其昌書畫的代筆人考，在董其昌研究史上，無疑是具有開創之功的。長期以來，關於董其昌作品的鑑定，一直是古代書畫鑑定的一個疑點、難點。對傳世作品極多的董氏作品進行科學鑑定，是我們研究董其昌的關鍵一步， 而其代筆人的釐清，則又是鑑定的第一步。因此，當我們在考察董其昌書畫風格時，是不能忽視那些曾為董氏捉刀的代筆人的。當我們遇見董氏半真半假、亦真亦假的作品時，便不會一概而論地將其定為贗品或真跡，而是要考慮其代筆人因素。啟功所考察的問題雖然很小，卻為書畫鑑定解決了一個如何對待代筆人的問題，這無疑為我們提供了一個極好的範例。
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