胡藍黨案"的過程中還有一些悲劇人物，比如劉基。劉基在朱元璋面前講了胡惟庸壞話的事被胡惟庸刺探到後，胡惟庸對他懷恨在心。劉基這個人非常有政治智慧，他知道共同打天下可以，但是共同坐天下有很多的危險，所以明朝建立之初他就向朱元璋提出了辭職，想"急流勇退"。"急流勇退"之中國歷史上有政治智慧的人物的一種選擇，就是可以一起打天下，但是打下來以後要趕快退下去，保全自身。劉基也是這麼考慮的，他仿效漢朝的謀士張良，功成名以後急流勇退，他也想這麼做來逃避政治的漩渦，使他的後半生能夠太平一些。但是急流勇退沒有成為他躲避政治災禍的一個手段，他回到了家鄉青田以後，不再過問政治，但是胡惟庸要找他茬，要報復他。
胡惟庸在朱元璋面前說，劉基在他的家鄉為自己建造了一個壽墳，說他選的這個地方是有"王氣"的土地的，就是說他將來也可以做帝王，胡惟庸很顯然是在挑撥朱元璋和劉基的關係。本來朱元璋對劉基是言聽計從的，很尊重他，所以會和他討論取代李善長的人選這樣機密的問題，可以說是"知無不言，言無不盡"的這樣一種關係。但是胡惟庸這麼一挑撥，朱元璋的態度馬上就變了，胡惟庸就利用這個機會來打擊劉基。於是劉基不得不從自己的家鄉青田趕到首都南京，他的意思很明白，要皇帝身邊表明自己的心態，我沒有任何企圖。但是畢竟心中鬱悶也講不清楚，所以後來就肚子裡面長了一個腫瘤，病情很重了，朱元璋感覺到有點過意不去，就讓他回家養病去。
回家之後，胡惟庸派人去送藥，表面上是好意，但是劉基服了藥以後，本來發脹的肚子癟下去了，但是不久就死掉了，可見是吃了胡惟庸的藥後，慢性中毒而死。表面上看是胡惟庸把劉基給害死了，但明史專家吳晗考證說，劉基之所以被胡惟庸害死，完全是朱元璋的陰謀，朱元璋利用胡惟庸對劉基的仇恨，借他的手除掉劉基，這就令人感到不解了，因為劉基已經退休了，他已經無對朱元璋的皇權構不成威脅了，但是朱元璋看來這可能是一個潛在的威脅，所以他也不能容忍，那他自己不動手就利用胡惟庸，實際上胡惟庸成了朱元璋要除掉劉基的一個手段而已。
開國元勳裡面還有一個很有名的人物叫朱升，朱升是一個非常有名的一個謀士，朱元璋在打天下的時候，朱升向他提出九個字，"高築牆、廣積糧、緩稱王"，就是說先要打下一個地方作為根據地，然後囤積大量的糧食、軍餉，分享，要緩慢稱王，不要急於稱王，因為過早稱王會成為眾矢之的，因為群雄割據，大家都想取代元朝。朱元璋要從裡面脫穎而出，必須要有適當的時機，這是朱升給他的建議，朱元璋採納了，事實證明是有效的。
朱升也明白可以共同打天下，不可以共同坐天下，所以他也是急流勇退，同時向朱元璋提出一個要求，請求皇帝發給他們父子二人一個免死券，就是無論任何情況下犯什麼罪都可以免除死刑，朱元璋果然發給他了，但是並不能夠兌現，真正免死。朱升是在"胡藍黨案"發生之前，已經老病而死了。但是他的兒子朱同也沒能免死，朱同在"胡藍黨案"中受到了牽連，朱元璋並沒有放過他，雖然曾經給過他免死券。朱元璋並沒有直接發佈命令殺掉他，而是讓他自殺，這是又一個悲劇。
第三個悲劇人物就是開國元勳大將軍徐達，徐達是從小和朱元璋一起放牛的小夥伴，為朱元璋打天下立下豐功偉績。徐達為人很正派，他也看不慣胡惟庸，多次向朱元璋指出說胡惟庸這個人不能信用，這件事也被胡惟庸知道了，所以胡惟庸也想加害於徐達，但是並沒有成功。後來在洪武十八年，胡惟庸已經被處死，李善長還沒被處死，"藍玉案"還沒有發生的時候，
徐達背上生了一個大的瘡，叫做"背疽"，現在的話也並不是什麼要命的病，做個手術就可以了，但是在古代"背疽"是一種非常兇險的病，在當時的醫療水平下很難治好，只能用保守的療法延長壽命。
但是按照當時的醫學常識，得了"背疽"的人要忌口，不能吃蒸鵝。朱元璋知道後，專門派人送了一隻蒸鵝給他吃，徐達自然是心知肚明，意識到了皇上拿不到我什麼把柄來處死我，但是他不希望我活著，要趁這個機會讓我自己吃一個蒸鵝，讓背疽發作自己死掉。徐達當然明白，於是當著來人的面把蒸鵝吃了，沒幾天就死了。《明史》中雖然記載徐達是背疽發作而死，但是並沒有記載朱元璋給徐達送過蒸鵝，這件事在野史中有過記載，流傳到現在。
開國元勳裡面唯一僥倖不死的就是湯和，湯河比朱元璋早一點參加農民起義，是他寫信給在廟裡當和尚的朱元璋，動員他去投奔農民起義軍，所以兩個人的關係非常密切。湯河的頭腦非常清醒，明朝一建立，他就把兵權交給了朱元璋，朱元璋很高興，給他在鳳陽老家蓋了房子讓他去養老，湯和之所以沒被處死，是因為他一開始就從權力鬥爭裡面站了出來。從整個過程來看，可以看出來朱元璋是一個權勢很強的皇帝，他不願意大權旁落，誰能威脅到他的皇權，他就要除掉誰。
如果僅此而已，我們還可以理解，但是朱元璋還有一個問題，那就是他活著的時候這些開國元勳很難犯上作亂，他可以震懾得住，如果他死了以後傳到他的兒子或者孫子，他感覺兒子孫子很難對付那些開國元勳。所以他搞出"胡惟庸案"和"藍玉案"，把45000個開國元勳和他們的家屬全部除掉，這一點在吳晗的《胡惟庸黨案考》中也講到了。
那麼事情是不是就到此就為止了呢？當然沒有，因為朱元璋認為僅僅從人事角度來解決皇權和相權的矛盾，並不能夠達成他的目的，必須從制度上下手。明朝建立以後，繼承了元朝的制度，中央政府是中書省，中書省的首長叫做丞相，一把手是左丞相，二把手是右丞相。他感覺到問題不僅僅出現在某一個人身上，而是制度和機構有問題，所以在洪武十三年處死了胡惟庸以後馬上下了一道聖旨，宣佈取消中書省，取消丞相，從此不再設置丞相，也沒有丞相的辦事機構。
宰相制度在中國歷史上存在了1000年，到洪武十三年就被取消了。朱元璋在聖旨裡面說了取消中書省和丞相的理由，先秦時代沒有丞相，秦始皇開始實施丞相制度，但是秦朝很快二世而亡，可見丞相制度不是個好東西。雖然漢朝和唐朝也有宰相，但宰相里面有好多都是小人，因此我決定把中書省和丞相徹底取消。所以明朝兩百多年的歷史中，只有十三年是有丞相的，朱元璋因此也成了歷史上最繁忙，最辛苦的皇帝了，他成了皇帝兼丞相來處理日常事務，非常繁忙。
等到他的兒子明成祖朱棣上臺以後，他覺得皇帝兼任丞相是不可能的，必須要有一個幫助皇帝處理日常國家大事的這樣一個機構和這樣一些人，但是朱元璋已經講過了，他的繼承人不得再重新提出設置中書省和丞相，如果有大臣敢於提出建議設置中書省和丞相的，嚴懲不殆。所以後來繼承的皇帝也不敢提出要恢復丞相制度，後來的大臣也不敢提出來恢復它。但是明成祖朱棣做了一個變通，搞了個內閣，請一些大學士來幫助皇帝處理公務，協助皇帝來協調中央政府各個部門的運作，到後來內閣制度逐步的完善，內閣的第一把手叫做內閣的首輔，第二把手叫做次輔，以下叫做群輔，內閣首輔相當於丞相，但是有相權而無相位。他認為這樣一來，解決了相權和皇權的矛盾，也解決了將權和相權的矛盾。
因為朱元璋出身非常卑賤，所以缺乏足夠的自信，總是疑神疑鬼，除了廢除丞相和他的辦事機構中書省這個措施以外，他又搞了特務組織，當時叫做檢校和錦衣衛兩個。檢校是幹什麼的呢？朱元璋明文規定，就是專門用來察在京城裡面的大小衙門的官吏，做的不公不法的事情，還有風聞之事，專門監視那些在南京的大小衙門裡的官員們的一言一行，並及時向他報告。錦衣衛是一個軍事組織，負責宮廷的警衛，同時也還帶有特殊的使命，就是受到皇帝的旨意逮捕人犯，並且進行審訊關押，裡面有監獄還有法庭。目的就是為了實現他自己的想法，"以重典馭臣下"就是用嚴刑峻法來駕馭他的大臣，使他們不敢胡言亂語違法亂紀，都謹小慎微戰戰兢兢地在他的崗位上為他效勞。
雖然這種措施可以達到他的目的，但是也會適得其反。朱元璋自己就很坦率的說自己為什麼這麼做，他說就好像家裡養了一條惡狗，人家進來害怕，我的檢校和錦衣衛就起這個作用。
所以官員們每天早上五更天去上朝之前，都要和家裡面的妻子兒女訣別，就是今天早上去上朝，晚上能不能回來很難說，因為皇上一旦龍顏大怒，當場就要廷杖，就是打屁股，很可能就被打死了。如此一來，官員們每天上朝都是膽戰心驚，如履薄冰。有些官員想辭職不幹，但是朱元璋會認為你不想幹了是不是對我有什麼意見，不願意為我效勞嗎？所以要嚴懲。
其中有一個官員實在幹不下去了，就藉口說自己生病了，身體不行，實在是沒法幹下去了。朱元璋雖然同意他辭職了，但是他馬上派人去跟蹤偵查，要了解這個人是真病還是假病？如果是裝病，抓回來肯定是嚴懲不貸。這個官員得到消息以後，知道有人要來查看，他就裝瘋賣傻，用南瓜做成糞便的樣子放在地上，看見來人來了，他就趴在門口的籬笆邊上吃提前做好的南瓜狀的糞便，來的人遠遠看到這個情景以後，就認為他是真的有病了，這才逃過一劫。
還有一個官員被朱元璋找去編《孟子節文》，因為《孟子》這本書朱元璋很重視，希望各級官員都要好好讀，但是它的全文太長，所以就弄了一個刪減版的《孟子》。編書的這個官員習慣於睡懶覺，每天都要起這麼早上床，不免要發幾句牢騷。有一天回來以後寫了一首打油詩，"四鼓咚咚起著衣，午門朝見尚嫌遲。何時得遂田園樂，睡到人間飯熟時"意思就是說每天都要這樣早起，還擔心遲到，什麼時候能夠擺脫，讓我睡一個懶覺，睡到人間中午飯燒好了以後再起來。
第二天一上朝，朱元璋就提到了這件事，他說："昨天你作的好詩。"這個官員當場就驚呆了，我昨天晚上作的詩，你怎麼知道呢？朱元璋說："你說"午門朝見尚嫌遲"我沒有嫌你遲呀，我幫你這個詩改一個字，把這個"嫌"字改成"憂"怎麼樣？是你擔心遲到，不是我嫌你遲到。"不僅這個人渾身冒冷汗，邊上的官員都感受到了，因為朱元璋明顯是殺雞給猴看。嗯，他在跟這個人講的時候，旁邊都聽見了，你們不要胡作非為，你們的一舉一動我都知道。
朱元璋還搞了很有名的一種刑法叫做廷杖，就是在宮廷裡面打官員的屁股，有粗棍子杖責，這種刑罰被他後來的繼承人繼承下來，所以整個明朝200多年時間，皇帝經常要廷杖那些官員，一旦做法不和皇帝的心意，就要把褲子扒下來打屁股。所以廷杖給官員造成一種恐懼心理，以謹小慎微的心態為朝廷工作。但是這絕對不是一個能夠解決問題的辦法，所以等到朱元璋晚年的時候也意識到了，用重典來駕馭臣下，過分地依賴於威懾力量，他告誡後來的繼承人，這不是守成之君所用常法，意思說我是開國之君，我可以用這個特殊的手段，你們是守成之君不要用這個辦法，他自己意識到自己做的有些過頭，所以他還是要告誡後來的繼承人，不許法外用刑，不要做過頭。
其實朱元璋有很多方面，到晚年才意識到，比如他為了懲治貪汙，規定貪汙六十兩銀子以上，就要處死刑，而且還有剝皮，在皮裡面裝上草吊起來掛在衙門口的旗杆上，來警告其他的官員。短期內這種做飯是起到了一定的作用，但是長期來看，貪汙的問題並沒有解決，這種做法也不可能持續的發揮作用，後來的朱元璋的繼承者，還是意識到真正管用的辦法還是寬嚴相濟，德治和法治兩手交替運用才能有效。
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