一．凍存的細胞樣本
凍存樣本有利於長期項目或多樣本流行病學研究。凍存減緩代謝，防止由於化學反應的自毀。也會防止細胞系的遺傳飄移、轉化和分化。凍存樣本實現了長時間多個樣本的積攢統一檢測，減少儀器調試次數、樣本分析時間和費用，實現長期或大型研究項目的實現。
提醒注意，再小心的凍存後，樣本在免疫學、活力、可培養性等各方面的屬性不可能保持和新鮮細胞或組織完全一樣。為保持細胞儘可能高的活性，凍存液裡常加入5–10% DMSO。
通過逐步緩慢的冷凍過程，即每分鐘將細胞溫度降低1~2°C，防止細胞因冰晶的形成而破裂，可以實現最佳的回收率。高濃度DMSO（最高10％）的溶液可以更快地冷凍。已測試10％DMSO冷凍溶液可提供超過85％的解凍後活力，不同樣本之間存在一定差異。
解凍過程和冷凍過程同樣重要，必須要快速進行。不同來源的樣本解凍後的表現不同。報道的髓系白血病樣本比淋系白血病樣本有更好的回收率。對於臨床實驗室，免疫表型很重要，常用於風險評估以及治療後的跟蹤。應進行解凍細胞活力檢查，確定活細胞比例。
二．細胞活力檢查
活力鑑定的“金標準”是臺盼藍染色技術，在常規顯微鏡下用血細胞計數器通過目視檢查進行。無論是新鮮還是凍存樣本，流式都可以便捷區分死活細胞，確保後續參與進一步分析的細胞都是活細胞。
可以用如EB、PI和7-AAD等染料進入死細胞內和核酸結合，鑑定出死細胞。這些染料和其他標記物組合使用，可以活動樣本更豐富的信息，如和Annexin V組合可以區分活、早凋、晚凋和壞死的細胞群。
有一類染料如熒光素二乙酸酯fluorescein-diacetate，在胞外不發光，滲透進入活細胞後會被活細胞裡的酯酶處理後發綠光，能夠用流式檢測。
還有一類氨基結合染料可用於死活鑑定，同時在後續固定破膜後信號不會發生改變，因此同樣適用於後續胞內染色應用。如BD的FVS，eBioscienc的FVD，Biolegend的Zombie染料。
對於沒有染色死活染料的樣本，也可以藉助FSC/SSC的信號改變來區分死活細胞，雖然沒有染色結果精準。死或狀態改變的細胞通常FSC信號減小、SSC升高，具體的形態改變情況和不同型號儀器光路設計有關。
死活染料的使用有可能導致細胞活力喪失，有可能有細胞毒性，某些條件下可能引起細胞凋亡或嚴重破壞。同時需注意，鑑定為活細胞的群體也不確保後續一定可培養可生長。微生物領域更普遍，有大量活的但不可培養的細菌。不同的檢測方法組合使用可以幫助鑑定出真正有活力的樣本。
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