一般認為，病毒主要存在於感染動物的糞便、腸內容物、腸上皮細胞和呼吸道上皮細胞內，並引起腹瀉和呼吸道感染等症狀。人群中大約10%-30%的上呼吸道感染，是由冠狀病毒引起的，是普通感冒中居第2位的病因。
冠狀病毒對溫度變化較為敏感，主要發生於冬季和初春，傳播方式可分為兩種：
一、呼吸道傳播
主要通過直接接觸和飛沫傳播，患者呼氣、咳嗽、打噴嚏的時候，噴出的飛沫降落在其他人身上，然後通過眼睛、口腔、鼻腔的黏膜進入到身體內。
二、接觸傳播
還有就是呼吸道分泌物或者排洩物的傳播，就是因為接觸到被患者分泌物或排洩物所汙染的日常生活用品，比如毛巾、餐具、電話等，然後病毒通過眼睛、口腔、鼻腔的黏膜進入到被傳染者身體內，引起感染。
但是呼吸道傳播只侷限在傳染源周圍，對於人與人之間在公共場所的短暫接觸，其傳染能力是有限的，所以只有傳染源周圍的密切接觸者才可能被傳染，如家庭成員、患者和醫護人員之間的感染性較高。
此外，在2020年1月30日bioRxiv 發表的一項研究認為新型冠狀病毒有可能會通過消化道傳播，這方面還需要更多的流行病學調查研究來重視，預防消化道傳播最好的辦法就是勤洗手，養成飯前便後洗手的習慣，儘量不吃、少吃生冷食物。
冠狀病毒是如何感染的
病毒通過呼吸道或接觸傳播感染人體，首先破壞機體的天然免疫系統第一道防線，緊接著在肺部大量的複製，直接引起肺組織的炎症和壞死，同時機體的免疫系統淋巴細胞浸潤、炎症細胞聚集，釋放大量炎症細胞因子，進一步加重了肺組織病理學改變（包括肺泡細胞壞死、脫落、肺泡毛細血管充血、透明樣變等）。
病毒不斷進行復制，使患者病情不斷變化，病情呈進行性加劇。在發病期以及進展過程中，患者從呼吸道中排出大量的病毒，具有很高的傳染性。同時出現呼吸困難和肺部損傷等一系列的表現。
王福生, 徐東平. SARS冠狀病毒的特點和致病機制的研究[J]. 傳染病信息, 2003(2):67-68.
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