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主要是碼頭裝卸、倉儲區域，包括樟木嶺作業區、勒溝作業區、果子山作業區、勒溝內灣作業區、鷹嶺作業區等10個作業區。
1、勒溝作業區
勒溝作業區欽州港區西南部，面積3.1平方公里，水深在-8米—-13米的深水岸線長約2000米，可佈置5000—50000噸位泊位12個，該作業區規劃為散雜貨、集裝箱作業區。由於該區開發條件較好，所以作為公用碼頭先期開發建設。
目前，已有1#、2#兩個萬噸級泊位建成投產，年設計吞吐能力為90萬噸，實際貨物吞吐量連年突破100萬噸。庫容共10萬立方米的植物液料、瀝青、食糖、糧食等倉儲群已在該作業區建成，直達碼頭的鐵路專用線已經建成投入營運，利用科威特政府貸款的二期工程二個五萬噸碼頭的建設順利推進，三期工程前期工作也正在有條不紊地進行。該作業區將逐步成為欽州港的物流中心。
2、果子山作業區
果子山作業區位於勒溝作業區與鷹嶺作業區之間，處於東西航道結合處附近，船舶進出十分便利。該區面積約110.826公頃，該段岸線水深條件較好，-12米—-16米岸線長1186米，可規劃50000噸級泊位4個，主要為散貨碼頭作業區。目前已有中房集團的糧油碼頭、廣西地礦的礦石碼頭佈局在此，同時預留有一個碼頭岸線作為中期開發岸線。在靠近勒溝橋下游東側還可以規劃建設2000-3000噸級泊位8個，現已建成中山碼頭2000噸泊位2個。佈局在該區的漁業基礎（含碼頭）正在建設之中。
3、鷹嶺作業區
鷹嶺油氣、化學品作業區位於欽州港經濟開發區南部，處於東西航道結合處，船舶進港便捷。該區面積約7.6平方公里，-8米—-14米深水岸線長達2100米，由於其所在深槽受漲落潮流動力因素及鷹嶺與青菜頭島礁的鉗形控制，水深可保持長期穩定。整個作業區共規劃了5000—50000噸級泊位7個，主要作為石油、液化氣等危險品的儲運基地。
目前該作業區已建成3萬噸級油氣碼頭1個，萬噸級油氣碼頭1個，5000噸級液化氣碼頭1個，並形成成品油庫容12萬M3，液化氣庫容1.3萬M3。同時，鐵路專用線已開工建設，新引進的宏基公司油碼頭和天昌公司油氣碼頭及庫區兩個項目正在進行緊張的施工建設。該區已經成為了廣西乃至西南地區最大的油氣批發中轉基地，這是欽州港區實行“誰投資、誰所有、誰經營、誰受益”的貨主專用碼頭制所取得的顯著成果。
4、樟木嶺作業區
樟木嶺作業區位於內灣北端東岸，水深條件良好，-13米—-17米深水岸線長達2140米，可規劃佈置25000—35000噸級泊位8個。本次規劃樟木嶺作業區為大型集裝箱作業區，可結合高科技及進出口加工業進行開發。
5、觀音堂作業區
樟木嶺作業區的對岸為觀音堂作業區，該作業區水深條件良好，-13米—-17米深水岸線長1500米，規劃為油品作業區，可靠泊35000—50000噸級油輪6艘，可結合石化等工業碼頭開發。
6、大小冬作業區
觀音堂作業區以西為大小冬作業區，該作業區前為-10米深槽，沿深槽佈置35000噸級泊位4個。該作業區規劃為集裝箱作業區，可結合高科技工業開發。
7、小鴨石作業區
與果子山作業區隔海相望為小鴨石作業區，該作業區前沿水深在-7米左右，巖面較高，不宜建設大型泊位，規劃5000——10000噸級泊位14個，由於開發條件較差，規劃為遠景區。
8、金鼓江漁業區：
金鼓江漁業區岸線水深-3米左右，岸線總長度3250米，佈置100噸至300噸小船泊位40個，可結合漁品加工工業開發。
9、大欖坪作業區：
大欖坪作業區岸線總長度16540米（包括金鼓江東岸），因該作業區需圍海造地形成，規劃為遠景工業區。規劃佈置萬噸級泊位39個，可結合大型臨海工業開發。
10、三墩及其附近岸線（東港區）：
三墩岸線位於犀牛腳鎮，距欽州灣灣口距離最近，相應進港航道距離最短，故規劃考慮開挖為大型散貨泊位。
佈置10萬—20萬噸噸級散貨泊位11個，另佈置2萬—5萬噸級集裝箱泊位15個，20000噸級多用途及件雜散貨泊位20個
