清朝在東北地區施行有別於關內“行省制”的“軍府制”，共設立了盛京將軍、吉林將軍、黑龍江將軍等三大將軍管轄東北地區。
1、盛京將軍
清兵入關後，以盛京（今遼寧省瀋陽）為留都，先以內大臣一人為留守，順治三年（1646）改為昂邦章京。康熙元年（1662）徙遼東，改統轄今遼寧地區的“昂邦章京”為漢稱“鎮守遼東等處將軍”。康熙四年（1665），又改稱“鎮守奉天等處將軍”，即“奉天將軍”。乾隆十二年（1747）移駐盛京後，定稱“鎮守盛京等處將軍”，即“盛京將軍”；光緒三十三年（1907）裁撤。
2、吉林將軍
早在順治十年（1653），清廷始置“寧古塔昂邦章京”一人。康熙元年（1662）改稱為“鎮守寧古塔等處將軍”，簡稱“寧古塔將軍”。康熙十五年（1676），奉旨移駐吉林烏拉。乾隆二十二年（1757），正式更名為“鎮守吉林烏拉等處將軍”，簡稱“吉林將軍”。光緒三十三年（1907），吉林將軍裁撤。
3、黑龍江將軍
清康熙二十二年(1683) 析寧古塔將軍地置，設立鎮守黑龍江等處地方將軍，簡稱“黑龍江將軍”。治所在舊璦琿城 (今俄羅斯布拉戈維申斯克東南黑龍江東岸)，次年移治新璦琿城 (今黑龍江省黑河市南愛輝鎮)。二十九年(1690) 移治墨爾根城 (今黑龍江省嫩江縣)，三十八年 (1699) 移治齊齊哈爾城 (今黑龍江齊齊哈爾市)。轄境包括今黑龍江省龍江、齊齊哈爾、呼蘭、巴彥以北及內蒙古的呼倫貝爾盟，北至外興安嶺(今俄羅斯斯塔諾夫山) 以南。咸豐八年，《璦琿條約》 割讓黑龍江以北地區。黑龍江將軍轄境大大縮小。光緒三十三年（1907），裁撤黑龍江將軍。
光緒三十三年（1907年），光緒皇帝嘗試通過政治改革挽回清朝內憂外患的局面，推動“東北新政”：裁撤東北三將軍，設立奉天（今遼寧）、吉林、黑龍江三省；改盛京將軍為東三省總督。
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