在人體胃腸道內寄居著多種微生物，這些微生物又稱為腸道菌群，這些菌群有400以上菌種，它們構成了一個巨大而複雜的生態系統。腸道菌群按一定比例組合，各菌之間相互制約、依存，在質和量上形成一種生態平衡。其生理學機能主要是：合成維生素、協助營養素的消化與吸收、產生糖皮質激素作用增強因子等，在機體感染防禦中起一定作用。
如果人體內外環境發生變化，特別是長期應用廣譜抗生素，敏感腸菌被抑制，未被抑制的細菌乘機繁殖，從而引起菌群失調。此外，長期食用無纖維食物，使腸道細菌易位，腸道菌群出現不平衡，也會導致菌群失調症的發生。菌群失調症往往出現結腸黏膜壞死與潰瘍，這與長期應用廣譜抗生素有關，有些抗生素可使某些細菌增殖，產生蛋白質毒素，因而破壞了腸黏膜，出現一系列腹瀉症狀。
一旦確診菌群失調後，必須立即停用原抗生素，根據菌群分析以及藥物敏感試驗，選擇合適的抗生素以抑制過度繁殖的細菌。並應用活菌製劑、菌群促進劑等進行治療。必要時運用中醫中藥辨證治療，以儘快消除症狀，恢復健康。
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