在針灸臨床上，有時雖然使用同一個腧穴處方，但由於針灸的方法、施術的時間、針刺的深淺、補瀉的手法不同，因而所產生的療效也有所不同。所以說，影響針灸處方的因素很多，除了選穴、配穴兩個最直接的因素之外，還有針灸方法的選擇（針灸形式和工具）、補瀉的實施、施術時間和留針時間、針刺強度、艾灸的量（壯數）、三稜針刺血的出血量、電針刺激參數（波型、振幅、波寬、頻率等）的選擇等因素參與其中。這些都是影響針灸處方的基本因素。
（一）穴有主次，術有先後
針灸處方中，腧穴有主次之分，施術也有先後之別。主穴應每次必取，而且重點施術，配穴酌情選用。《靈樞·終始》說：病先起於陰者，先治其陰而後治其陽；病先起於陽者，先治其陽而後治其陰。”《素問·至真要大論》說：“從內之外者，調其內；從外之內者，調其外；從內之外而盛於外者，先調其內而後治其外；從外之內而盛於內者，先治其外而後調其內。”《靈樞·五色》也說：“病生於內者，先治其陰，後治其陽，反者益甚；其病生於陽者，先治其外，後治其內，反者益甚。”說明施術的先後不同，其治療作用也不相同。《靈樞·周痺》說：“痛從上下者，先刺其下以過之，後刺其上以脫之；痛從下上者，先刺其上以過之，後刺其下以脫之。”臨床上一般針灸施術的順序是先上後下、先陽後陰。特殊情況可靈活處理，不可膠柱鼓瑟，拘泥一是。
（二）知達常變，隨症增減
腧穴一個處方中的腧穴增加或減少，不僅關係到治療效果，而且還會改變處方的主治目標。一般來說，處方中的主穴是基本不變的，隨著病情的變化而加減腧穴。例如實證哮喘以膻中、列缺、肺俞、尺澤為基本方，若是風寒太盛，便減去尺澤，增加風門；若屬痰熱，則減去列缺，增加豐隆；若是哮喘急性發作，則減去肺俞，增加孔最。再如合谷乃手陽明大腸經原穴，其性能升能降，能開能合，為理氣之要穴。倘若將合谷與本經曲池相配，則能祛風清熱、活血止癢；如與足太陰脾經三陰交配用，則可理氣活血、調經催產，為婦科臨床所常用；若將足陽明胃經內庭穴與其配伍，則清熱瀉火、通調腑氣、和胃降逆、止嘔通便；而同足厥陰肝經原穴太沖配用，謂之“四關”，又具疏經通絡、行氣活血、平肝息風、鎮痙寧神等效應。正所謂“病有增減，穴有抽添，方隨症移，效從穴轉”。
（三）針所不為，灸之所宜
針灸刺激方式的選擇至關重要，針灸臨床上必須根據具體病證酌情施術。選擇用針、用灸，或者針灸並用，決定多針少灸或者少針多灸，方能取得應有的療效。針刺與艾灸雖然同屬於外治法，但它們的作用不盡相同，臨床上應有所區別。大凡急性病證和實證多用針刺法、瀉法、強刺激、三稜針刺血法、電針連續波，只針不灸；慢性病證和虛證多用艾灸法、補法、弱刺激、電針斷續波，虛寒證應少針多灸。
同一種病證、同一個（或一組）腧穴，如果針刺方向、深淺、刺激強弱、補瀉手法不同，治療效果也不盡相同。
1.針刺方向——針刺方向，即針尖所向。總起來說，“刺向病所”的針刺方向針感好，得氣後略加行針，往往會出現“氣至病所”的經絡感傳現象，有助於療效的提高。
2.針刺深淺——針刺深淺與處方作用的發揮有著密切的聯繫。針刺深淺不同，產生的療效就會有顯著差別。《素問·刺要論》說：“病有浮沉，刺有淺深。”《靈樞·官針》說：“疾淺針深，內傷良肉……疾深針淺，病氣不瀉。”因此，針灸臨床按方施術，要因人、因病、因時、因針刺部位的不同而靈活掌握針刺的深淺。《靈樞·終始》：“春氣在毫毛，夏氣在皮膚，秋氣在分肉冬氣在筋骨，刺此病者，各以其時為齊。故刺肥人者，以秋冬之齊，刺瘦人者，以春夏之齊。”“久病者，邪氣入深，刺此病者，深內而久留之。”“脈實者，深刺之……脈虛者，淺刺之。”《靈樞·本輸》：“甚者深取之，間者淺取之。”如外感輕證，取合谷、外關、曲池等穴針刺宜淺，而用於治療便秘和上肢癱瘓時應深刺。《靈樞·陰陽清濁》：“刺陰者，深而留之；刺陽者，淺而疾之。”《靈樞·邪氣臟腑病形》：“刺急者，深內而久留之；刺緩者，淺內而疾髮針。”以及金元·竇漢卿《針經指南·標幽賦》：“春夏瘦而刺淺，秋冬肥而刺深。”明·高武《針灸聚英·附辨》：“肌肉厚實處則可深，淺薄處則宜淺。”明·楊繼洲《針灸大成》：“前面深似井，後面薄似餅，用針前面宜深，後面宜淺。”都應作為臨床針刺深淺的依據。
3.刺激強弱——刺激強弱對針刺療效的影響很大，例如，明代醫學典籍《醫學入門》中就有“內關穴弱刺激止嘔、強刺激催吐”之說。一般認為，對身體虛弱者、慢性虛證針刺手法要輕，刺激量要小；對身強體壯者、急性實證針刺手法可強，刺激量要大，否則難以奏效。面癱初期宜毫針輕刺激，不宜電針強刺激；痢疾、闌尾炎等急性病證須強刺激。但是，鑑於針刺的手法輕重與補瀉的實際關係還不甚明瞭（有“輕刺激為補、重刺激為瀉”的說法，也有相反認識的），所以，對有些病證的輕重刺激問題上，目前針灸界的意見還不大統一。諸如對於胃下垂、肢體癱瘓，有主張用輕刺激者，也有主張用重刺激者。
4.補瀉手法——補瀉是針灸施治的基本法則，在同一個腧穴處方中，如果補瀉手法不同，其治療作用完全相反。例如補合谷、瀉三陰交有行氣活血、通絡化瘀之效，用以治療氣滯血瘀之經閉、痛經，並有墮胎作用；反之，瀉合谷、補三陰交則有調理氣血、固經養胎之效，用以治療月經過多、崩漏，且有保胎作用。又如汗證，先補合谷，次瀉復溜，可以發汗；反之，先瀉合谷，次補復溜，則可以止汗。這都是補瀉手法不同所產生的不同治療結果。
所以，《靈樞·邪氣臟腑病形》告誡我們：“補瀉反則病益篤。”有些腧穴雙向調節作用的實現，也與補瀉手法密切相關。例如《針灸集成》中記載：“多汗，先瀉合谷，後補復溜；少汗，先補合谷，後瀉復溜。”
5.留針和出針——留針方法有靜留針（針置於體內不動）和動留針（留針過程中經常行針）之分，靜留針是被動的，動留針是主動的。如果醫者能在留針中每隔一段時間，主動地行針，將有利於針感的持續存在或不斷增強，對於提高療效大有裨益。出針方法也有靜出針（出針前或出針過程中不行針）和動出針（出針前略加行針或出針過程中同時行針）之別，後者有利於針感的保持，值得提倡。
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