中日甲午战争后，清廷在无能力、无财源、无兵备的情况下，决心建立一支新式军队。但建立新军不是一件简单的事情，除了需要金钱购置械弹装备，需要大量经常维持费用、筹措兵源外
更需有受过新式军事教育的干部，对军事科学、械弹知识、战略战术思想，以及战斗技巧的认识与运用，给新兵革命性的基本训练。受限于清朝传统重文轻武的传统，新军除了江南自强军与小站新建陆军较有成就之外，各地成效不彰。
武卫军是19世纪末清廷直接掌握的拱卫京畿的武装部队。1898年慈禧为首的顽固派在镇压戊戌变法以后，为加强京师和近畿防务，威内御外，命军机大臣荣禄为统帅，编组北洋各军为武卫军。至1899年6月正式成军。
1900年春，荣禄奏准将驻扎江苏徐州等地的武卫先锋左右军各扩编为10营，袁世凯指挥的武卫右军先锋队扩编为20营，全军扩充到8万余人。除袁世凯部右军为新建陆军、聂士成部前军接近新建陆军外，其余各军均仍旧制，装备则大多为新式武器。
在1900年抗击八国联军入侵战争中，前、后、中军伤亡、溃散甚多，旋被取消番号。左军也受创削弱，民国后纳入北洋军系统。右军和右军先锋队在山东镇压义和团，未与八国联军作战，保存了实力，成为1905年改编新军第5镇的基础。武卫军仅两年即瓦解，慈禧集中军权、拱卫京畿的努力失败。
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