學校創建於1956年，由上海第一醫學院（現復旦大學上海醫學院）分遷來渝組建，原名重慶醫學院，1985年更名為重慶醫科大學。學校是首批具有博士和碩士學位授予權的單位，是教育部批准的首批來華留學示範基地。學校2015年成為重慶市人民政府、國家衛生健康委員會（原國家衛生計生委）和教育部共建高校，2016年成為“高等學校學科創新引智計劃”（“111計劃”）首批立項
的地方高校之一。
第四輪學科評估結果為：基礎醫學B-、臨床醫學B+、口腔醫學C+、公共衛生與預防醫學C、藥學B-、護理學B-。
學校由位於渝中區的袁家崗校區和位於重慶大學城的縉雲校區組成，校園總面積2650畝。其中，縉雲校區佔地2100畝，校園環境優美，風景如畫。
現有全日制在校學生25760人，其中研究生5740人，本科生19310人，留學生710人。學校具有招收博士後研究人員，港澳臺學生和外國留學生資格。學校現有7個一級學科博士學位授權點、12個一級學科碩士學位授權點，3個博士專業學位授權點、11個碩士專業學位授權點；4個國家重點學科，4個進入ESI全球前1%的學科（2018年3月，科睿唯安發佈），4個重慶市一流學科，12個重慶市“十三五”市級重點學科。在教育部學位中心第四輪學科評估中，臨床醫學等學科排名全國前列。
學校設有21個學院（系），並設立研究生院。開設34個本科專業。有12個重慶市“三特行動計劃”特色專業，6個重慶市“三特行動計劃”特色學科專業群。臨床醫學專業已通過臨床醫學國際專業認證，口腔醫學、護理學專業已通過教育部專業認證。現擁有4個國家級實驗教學示範中心，4門國家級精品資源共享課、3門國家級精品視頻公開課。學校現有“973”首席科學家2人、 國家“千人計劃”專家7人、“長江學者”6人、國家“百千萬人才工程”人選9人，以及國務院“政府特殊津貼”獲得者、“衛生部突出貢獻中青年專家”、“國家傑出青年科學基金”獲得者、“國家優秀青年科學基金”獲得者、教育部“新世紀優秀人才支持計劃”人選、重慶市“兩江學者”、“首席專家工作室領銜專家”、學術技術帶頭人等高層次人才逾百人。教師總數2220人，其中高級專業技術人員1340人。博士生導師239人。現有5個博士後科研流動站。
學校獨立研製的高強度聚焦超聲腫瘤治療系統（海扶刀）屬世界首創，是我國第一臺具有完全自主知識產權的大型醫療設備。
學校現有國家級、省部級研究機構44個，其中國家工程研究中心1個、國家生物產業基地實驗動物中心1個、國家級國際科技合作基地1個、教育部重點實驗室3個、教育部國際合作聯合實驗室1個、省部共建國家重點實驗室培育基地1個、省級工程研究中心5個，省級重點實驗室23個，重慶市國際科技合作基地1個、重慶市臨床醫學研究中心6個、省級人文社科基地1個。另設有省級“海外高層次人才創新創業基地”和“院士專家工作站”。
學校積極開展國內外交流合作。與復旦大學、華中科技大學等“雙一流”建設高校開展長學制醫學生的聯合培養。
學校現有直屬附屬醫院9所（綜合性醫院5所，兒童醫院、口腔醫院、康復醫院、中醫院各1所）。附屬第一醫院、附屬兒童醫院、附屬第二醫院連續6年入選“中國最佳醫院排行榜”百強（復旦大學醫院管理研究所發佈），2016年分別排名第52位、第58位、第93位。各直屬附屬醫院共擁有國家臨床重點專科28個，編制床位11000餘張，年門診量1035萬人次，年收治住院病人40萬人次。此外，學校還有20所非直屬附屬醫院和30所教學醫院，分佈在重慶、四川及深圳等地。
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