在辣椒種植中，爛果還是挺嚴重的，辣椒爛果的原因倒也不復雜，主要是由各種病害造成的，不同季節導致辣椒爛果的病害不同。
夏季高溫多雨，天氣悶熱，露地辣椒的爛果特別嚴重，主要是軟腐病和疫病引起的；夏末秋茬天氣炎熱、乾燥而無雨，棚內的辣椒爛果，主要是日灼病引起的；冬季大棚內溫度低溼度高，放風少，主要是灰黴病導致辣椒爛果。在辣椒的栽培管理中，基本上把這四種病害解決了，辣椒的爛果會少很多。
1、軟腐病
軟腐病是細菌性病害，土壤中的病菌容易通過雨水或者灌溉水傳播到果實，田間溼度大，易發生軟腐病。辣椒軟腐病主要表現在果實上，其他部位不怎麼感病，病果初期呈水浸狀病變，後期全果腐爛，果皮變白，有惡臭味。
防治方法：在發病前，預防是關鍵，露地辣椒雨季來臨前可選用新植黴素4000倍液或72%的農用鏈黴素可溶性粉劑3000倍液噴霧，7-10天1次，連續噴藥2-3次。發病後也可以噴施農用鏈黴素，用法同上；同時也要注意防治煙青蟲，其可以傳染病害，用10%吡蟲啉1000倍液噴施。
2、疫病
疫病是辣椒中常發生的一種土傳病害。在辣椒的整個生長過程中都可能發生疫病，可危害全株。近幾年棚室辣椒盛果期疫病的發病率越來越高，表現為果實先發病，最初在果蒂出現水浸狀斑點，後來病部擴大，變褐腐爛。溼度大時病部有白色黴層，溼度小時，長成僵果。
防治方法：首先要放好預防工作，夏季高溫高溼悶棚可有效殺死病菌，選用抗疫病的辣椒品種，培育壯苗。栽培管理中，最好不要大水漫灌，採用滴灌灌溉。發病後可以噴施72％克露1000倍液、69％安克錳鋅1000倍液 、64％殺毒礬1000倍液，7-10天噴施1次，連續噴施3次。
3、日灼病
日灼是一種生理性病害，夏季光照特別強烈時發生，多是青果受害。發病初期局部表面變薄，壞死發硬，後期受其他病菌侵染，變軟腐爛。
防治方法：高溫季節一定要覆蓋遮陽網，棚內溫度本來就高，如果光照又強，那麼肯定會日灼嚴重。同時在管理中也不要過度整枝，避免果實曝露在強日照下。
4、灰黴病
灰黴病是一種低溫高溼真菌性病害，多是發生於秋冬茬大棚辣椒的種植中，主要為害葉片，也危害果實，初期在果實上呈白色橢圓形或近圓形斑點，隨著病情的發展病斑逐漸凹陷腐爛。溼度大時，病斑出現大量的灰色黴層。
防治方法：應以選用抗病品種，增施有機肥，合理增施磷鉀肥，墒大時及時中耕散墒降溼，保證其健壯生長。田間發病初期用50%多菌靈每桶水35克或70% 甲基託布津可溼性粉劑15-20克或50%速克靈10毫升。5-7天噴一次，交替使用，連噴2~3次。
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