95版《神鵰俠侶》，楊過和小龍女再次相見，是在十六年之後，當楊過從黃藥師口中得知世上沒有南海神尼這個人之後，楊過再次陷入絕望。
黃蓉騙楊過說南海神尼帶走了小龍女，十六年後再在斷腸崖相見，楊過信以為真，留在絕情穀食用斷腸草解毒，程英和陸無雙留下來陪楊過，過了一個月，楊過突發奇想要和程英、陸無雙結拜為兄妹，一時間讓程英和陸無雙無所適從，但是最終還是將內心的愛慕之意掩藏心底，和楊過結拜了兄妹。
楊過在此之後便離開了，留下了手寫本的玉女心經給陸無雙，楊過則回到了神鵰所在的山谷裡。
十六年後，郭芙和耶律齊已經結婚，郭襄已經長大。只是郭襄太過調皮，在一翁的遊說下，郭襄跟著一翁前去見到了已經聲名鵲起的神鵰大俠楊過。一翁原本是絕情谷公孫止的手下，楊過重其忠義，在絕情谷沒殺一翁，一翁在之後郭襄被金輪法王騙去北上蒙古途中，為阻擋金輪法王被殺。
在尋找九尾銀狐的劇情中，瑛姑出現，一燈大師帶著裘千仞前來，想了卻裘千仞的一個心病，請求瑛姑原諒當年裘千仞重傷瑛姑孩子而致死的罪孽，瑛姑遲遲不答應。楊過為了救人要得到九尾銀狐，又想了卻裘千仞的臨終心願，便和瑛姑商議，瑛姑說只要周伯通肯來見她，一切問題都可以解決。
楊過和郭襄找到周伯通，楊過舞了一套自創的黯然銷魂掌給周伯通，周伯通思來想去還是決定去見瑛姑。幾十年不見的兩個人人終於見面了，瑛姑原諒了裘千仞，裘千仞心事已了卻，斷氣身亡。
從此，周伯通、瑛姑和一燈大師三個人恩怨化解，並且互為鄰居安定了下來。
丐幫大會即將召開，而這一天同時是郭襄的生日。魯有腳被假冒何師我的霍都殺死，打狗棒不知所蹤。假冒何師我的霍都想搶奪丐幫幫主的職位，打敗了耶律齊，卻被前來的達爾巴糾纏不止，受控的達爾巴是楊過送給郭襄的第三份禮物，第一份是五百隻蒙古韃子的耳朵，第二份是以煙花為信號火燒蒙古南陽糧草，也是因為達爾巴是楊過送給郭襄的第三份禮物，才致使霍都的計謀破產，最終被彈指神通斃命。
打狗棒重新回到黃蓉手中，耶律齊成為新任丐幫幫主。
黃蓉和郭襄說起楊過的生父楊康之死，小龍女的十六年之約，郭襄擔心楊過自殺，前去找楊過想要勸導楊過不要自殺，但是卻在途中遇到了金輪法王，脅迫郭襄跟著他北上。還要郭襄拜其為師，郭襄只有一個條件就答應，就是要金輪法王打贏楊過。
楊過到了楊康死去的鐵槍廟，偷聽到了前來的柯鎮惡和沙通天等人的對話，最終終於得知楊康之死是咎由自取，不再糾結和郭靖夫婦的恩怨。
黃蓉得知了郭襄的事情，去找了周伯通等人相助，也在周伯通養的蜂翅膀上發現了“我在絕情谷底”幾個字，猜測小龍女還在人世，幾個人便去了絕情谷。
楊過到了絕情谷，祭拜了公孫綠萼，十六年之約，小龍女沒有出現，絕望的楊過跳崖，前來的郭襄也跟著跳了下去，金輪法王沒有抓住郭襄。只是跳下去之後兩個人都沒死。郭襄用楊過給的最後一根銀針懇求楊過不要再死，楊過答應了郭襄不再隨便去死。
金輪法王的龍象波若功很厲害，周伯通、黃藥師和一燈大師幾個人合力才將金輪法王控制。黃蓉的一對大雕，其中之一被金輪法王打死，另外一隻在救了郭襄飛上崖頂之後，也撞死自殺了。
除了郭襄之外，其他人下谷底尋找楊過，郭襄卻被金輪法王使計解了自己的穴，郭襄又被金輪法王抓了。
黃蓉等人沒有找到楊過，上來之後發現郭襄和金輪法王都不見了。途中聽聞襄陽出事，郭靖受傷，急急忙忙趕回了襄陽。
楊過在谷底一路尋找，發現了蜂翅膀上的刻字，終於找到了一處和古墓擺設一模一樣的小屋，一聲“是過兒嗎？”楊過和小龍女再次相見。久別重逢的兩個人哭成了淚人，十六年時間，一個困在谷底，一個靠著信念活了下來，何其不容易。
當年小龍女之所以要跳崖，是因為想忘記楊過，讓楊過好好活下去，但是跳下去之後不但沒死，後來養蜂，吃蜂蜜，吃白魚，反而身上的毒慢慢解了。
金輪法王抓了郭襄要挾郭靖棄城投降，不然就燒死郭襄，郭靖、郭襄都以大義為重，不肯投降，一場混戰就此展開，楊過小龍女前來助陣，在楊過救出郭襄之後，楊過使用黯然銷魂掌先後斃了金輪法王和蒙古主帥，蒙古撤兵。
新的五絕產生，東邪黃藥師，西狂楊過，南帝一燈大師，北俠郭靖，中頑童周伯通。
楊過和小龍女在襄陽一切事情穩妥之後，兩個許多年未見的人，再次離開人們的視野，再也不分開了。
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