近代以來，各國艦船懸掛國旗或特定旗幟作為識別標誌已是國際慣例，在海軍中還有識別指揮官銜級的專用旗幟，海軍旗幟是近代海軍制度的重要組成部分。然而，這些慣例和制度卻是伴隨著國門洞開、列強入侵的屈辱進入中國的。
在鴉片戰爭之前，中國尚無“國旗”的概念。鴉片戰爭後，中國與外國的官方聯繫和貿易往來日趨頻繁，因為沒有國旗表明身份而導致不少爭端，比如導致第二次鴉片戰爭的亞羅號事件就是因為中國商船懸掛英國國旗而致。1862年，清朝水師兵船在長江上與英國海軍艦船發生衝突，英方以中方船隻未懸掛國旗為由，拒絕承認其為官船。
■ 兩位晚清洋務派領袖奕訢（左）和曾國藩（右）出於外交需要，擬定了清朝的官方旗幟。
有鑑於此，時任總理衙門大臣的恭親王奕訢奏請朝廷，建議中國艦船一律懸掛黃色龍旗以辨身份。他還徵求了湘軍首領曾國藩的意見，後者表示贊同並擬定了旗幟樣式：擬用三角尖旗，黃色畫龍，龍頭向上。曾國藩考慮方形龍旗與八旗中的正黃旗旗號相似，於是改為三角旗以免僭越之嫌。奕訢等人的建議得到清廷批准，總理衙門於1862年10月照會各國，以黃龍旗作為中國艦船的官方旗幟，並在1872年進一步明確了黃龍旗的使用範圍和形制，在官方場合作為代國旗使用。
■ 同治年間採用的三角黃龍旗，也是近代中國海軍的第一面官方旗幟。
1862年之後，中國艦船均懸掛黃龍旗作為船旗，但它還不是真正意義上的海軍旗，而中國近代第一面專門設計的海軍旗出自一位英國人之手，即海關總稅務司李泰國。1862年，清廷委託李泰國向英國購買軍艦，創建近代海軍，這就是著名的“阿思本艦隊”。李泰國還在自己設計的綠底黃十字海關旗基礎上為這支艦隊設計了軍旗，這是中國歷史上第一面海軍旗，未被清政府採納。
■ 英籍海關總稅務司李泰國為阿思本艦隊設計的軍旗。
1881年，中國向英國訂購的“超勇”、“揚威”號巡洋艦回國。當時各國軍艦懸掛旗幟皆為方形，唯獨中國軍艦為三角旗，為了與國際接軌，北洋大臣李鴻章上奏朝廷，建議將三角黃龍旗改為長方形黃龍旗，獲得批准。在1888年頒佈《北洋水師章程》中將方形黃龍旗確定為正式軍旗。次年，方形黃龍旗又被慈禧太后欽定為大清國旗，一直使用到清朝滅亡。
■ 光緒年間採用的方形黃龍旗，官方名稱為黃底藍龍戲紅珠圖，即是北洋水師的軍旗，也是大清國旗，長寬比為8∶5。
隨著北洋水師的創立，海軍銜別旗也被引入近代中國海軍。在鴉片戰爭之前，清朝水師多用代表東西南北中的五方旗（五色橫條旗）作為高級官員旗，提督、總兵等高級將領使用帥字旗。1874年北洋水師成立時，在傳統的五方旗基礎上設立了兩種海軍銜別旗：提督旗和諸將旗。前者沿用五方旗樣式，在旗面左上角增加一個方形白底，內置紅色船錨，用於提督銜水師武官；後者為三色旗，旗面左上角同樣為白底紅錨，用於總兵以下諸將武官。
■ 北洋水師初建時期設立的提督旗。
■ 北洋水師初建時期設立的諸將旗。
關於提督旗的五色橫條含義還有另外的說法：黃色代表皇權，白色代表滿清貴族，黑綠紅三色代表當時清朝建立的北洋、福建、南洋三支水師。此外，還有說法稱五色源於傳統的五行學說，即金木水火土。
■ 北洋水師初建時採用的高級官員旗，用於非海軍高級官員乘艦時使用。
提督旗和諸將旗在《北洋海軍章程》中繼續沿用。同時，五方旗也依然作為高級官員旗使用，只是五色橫條的排列順序與提督旗不同，在四品以上非海軍官員乘艦時懸掛。
相比西方海軍與軍銜體系相對應海軍銜別旗，北洋水師的兩級銜別旗顯得過於簡單。1890年3月，北洋水師駐泊香港期間，水師提督丁汝昌因公務離艦登岸，代理職權的右翼總兵劉步蟾於是降下提督旗，改掛諸將旗，引起英籍總監督琅威理的不滿，後者被清廷授予副提督銜，認為應該繼續懸掛提督旗，但劉步蟾拒不讓步，李鴻章也對劉的舉動表示支持，導致琅威理辭職回國。
■ 北洋艦隊主力艦“鎮遠”號鐵甲艦。
撤旗風波後，英國皇家海軍通過外交部門向中方提出增設銜別旗的建議，還“熱心”地仿效英國海軍軍銜為中方設計了旗面樣式，包括一等水師提督旗、二等水師提督旗、三等水師提督旗、總兵旗、二等總兵旗等。
■ 英方設計的一等水師提督旗（草案）。
■ 英方設計的二等水師提督旗（草案）。
■ 英方設計的三等水師提督旗（草案）。
■ 英方設計的總兵旗（草案）。
■ 英方設計的二等總兵旗（草案）。
但是，清政府並未直接採用英方設計的銜別旗，而是在之前銜別旗的基礎上進行了修改，將旗面左上角的船錨改為團龍圖案，旗面橫條的色彩和排序也所有變化，此外新設了魚雷艇統領旗、隊長旗等新旗幟。
■ 經過修改後的北洋艦隊提督旗。
■ 修改後的高級官員旗。
■ 新設的魚雷艇統領旗。
■ 新設的隊長旗。
1894年甲午戰爭後，北洋艦隊全軍覆滅。之後，中國又經歷了八國聯軍侵華、日俄戰爭等一系列戰禍，海軍重建舉步維艱，直到1907年清廷迫於內外壓力開始推行所謂“新政”後，海軍重建才略見起色，在陸軍部下設立海軍處，任命載洵為海軍大臣，引入西式海軍軍銜，參照八旗銜級設立了新的海軍軍銜體系，分為三級九等。與之相對應，全新設計了海軍銜別旗，於1909年開始啟用，分為海軍大臣旗、海軍正都統旗、海軍副都統旗、海軍協都統旗、統帶旗和隊長旗等。
■ 1909年採用的海軍大臣旗。
■ 1909年採用的海軍正都統旗，相當於海軍上將旗。
■ 1909年採用的海軍副都統旗，相當於海軍中將旗。
■ 1909年採用的海軍協都統旗，相當於海軍少將旗。
■ 1909年採用的海軍統帶旗，相當於海軍准將旗。
■ 1909年採用的海軍隊長旗。
上述旗面均將方形黃龍旗至於左上角，除海軍大臣旗外均為藍底，同時以不同數量的白星區分銜級，並使用了燕尾旗樣式，無論是級別設置，還是樣式設計，都已經相當西方化。不過，這套旗幟的使用時間很短暫，隨著1911年辛亥革命爆發，清朝覆滅而被棄用。
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