在培育魚類和水生植物的同時，我們也該重視其生存環境。水質不只受魚類及飼料成分的影響，同時也會因植物的生長或死亡而改變；這些影響水質的因素或物質，有的份量較輕。有的卻舉足輕重。
魚類改變水族箱中的水質
加入水中的人工飼料，對魚類及水質都有絕大的影響。魚類會消耗氧氣並釋放(排洩)大量的化學物質，如：尿酸、氮化合物(氨、亞硝酸鹽)等。水中的細菌會分解這些物質的大部分，並將之轉化為礦物質。當然，在分解的過程中亦得消耗大量氧氣。慢慢地，水中的硝酸鹽和磷酸鹽含量就會升高，而碳酸鹽硬度及酸鹼值(pH值)就會下降。
水草改變水族箱中的水質
蔓生的綠色植物，尤其是莖狀植物在白天會消耗二氧化碳，而全天都會消耗氧氣以及有機礦物質。光合作用白天會釋放氧氣並吸收二氧化碳而導致水中pH值的升高，葉面上也會出現碳酸鈣的沉澱。水中餌料過多的話，有時會導致植物生長停滯，待植物死亡後，其中貯藏的養分如澱粉等會釋放於水中，致使水中養分增高，氧氣含量則銳減。
何謂水族箱中的生態平衡
很多人深信。只要在水族箱中放養一定的魚和植物。水族箱內的生態便可永保平衡穩定。其實並非如此。如果照那種方法來做的話。水族箱裡的生態絕對是一種傾斜--面倒的現象。第一種可能是：魚類佔據了整個水族生態的優勢。它們藉著充分的養料(如：硝酸鹽和磷酸鹽)而大量繁殖，所排洩的過多廢物和毒素卻阻礙了植物的生長。混濁的水質更促成了藍藻、菌類及鞭毛藻類的過度繁衍，最後，這些藻菌會壓倒植物而和魚類稱霸整個水族箱。 第二種可能是：植物佔了優勢。它們消耗掉大部分的二氧化碳，造成碳酸化合物增加，而魚類及細菌的養分都大量減少，最後整個水族箱生態均被迫停止生長。
為什麼一開始妥善的安排，竟會演變出令人意想不到的結果呢?那是因為我們根本就不該奢望能一勞永逸地保持水中生態的平衡。
如果水中的生態失衡而呈一面倒的現象，用肉眼是很容易辨識出來的，問題是那時已回天乏術了，所以，一有失衡的傾向時，就應該密切注意。若要測知目前水中的優勢是魚類、藻菌或植物，可用滴定檢驗法。當水中磷酸鹽含量高於0.1ppm且硝酸鹽含量大於30ppm時，表示魚類佔了優勢；反之則表示植物佔了優勢。
水中缺氧時，最明顯的現象是早上發現魚缸裡飄浮著死魚，或是魚兒們在水面痛苦地掙扎呼吸。水中若是缺乏二氧化碳，則會在植物葉面或底部發現白色的碳酸鈣沉澱，同時水的pH值也會升高。
氧氣的需求
在植物佔優勢的水族箱內，要加裝水流循環裝置，促使植物形成的氧氣完全溶解於水中，讓魚類及菌類都能得到供應，並可保持水質的清澈。而在魚類佔優勢的水族箱中，則要加裝流通式濾水設備、噴水裝置以及滲透（或迴轉）式裝置，一方面可過濾水中過多的排洩物及毒素，一方面則可增加水和空氣接觸的機會。
二氧化碳的需求
如果水中栽培的植物不多，而照明設備微弱，那麼水中的二氧化碳倒是不虞匱乏；但若種了太多生長快速的綠色植物或色彩鮮麗的植物，最好定期在水中放置少量的乾冰（固態二氧化碳），以防二氧化碳之不足。
植物所需之有機肥
在魚類佔優勢的水族箱中，含有大量主要的有機礦物性養分，此時植物需要一些稀有微量元素肥料，如鐵化物等，以促進其生長。反之，在植物佔優勢的水族箱中，幾乎沒有硝酸鹽和磷酸鹽的存在，因此必須小心施放餌料（切勿過量），以促進魚類之生長。但是不要使用含氮、磷質的飼料，因為這些成份太強，會殺死水生植物。
水族箱中的過濾工程
裝置過濾設備有幾個好處，其一是它能清除水中汙濁的成分，使水質看起來美觀清澈；再者它可以防止汙泥或細砂粒沉積在植物表面；此外，它還能促進水的持續流動，使魚類及植物所需的養分，均可充分地散佈水中；負責分解排洩物和毒素的細菌，也會寄居在過濾設備上（若無過濾設備，它們極不易在漂動的水中繁隨），而不致散佈水中，對魚類產生威脅。
為什麼要換水
相信很多人認為，為水族箱換水是一件麻煩而不愉快的工作；但是，不做的代價卻是換來水族箱內一切生物的癱瘓。首先，水生植物會因魚類餌料過量或不足而死亡，於是水的鹼度增高、硬度變大，乃造成魚類的病變而難以活存。
換水是十分重要的工作。但是，如果久久突然換一次水，而且是換掉大部分的水，再加上忽然把淨水設備洗得很潔淨的話，那麼您將看到一場整個水族生態完全崩潰的精彩好戲。由於pH值、硬度和溫度的急劇改變，以及水生細菌數量銳減種種因素，促使魚兒們因休克或氮化物中毒而死亡。且水中的物質濃度一下子大量降低，會使植物被迫釋放出它的養分，植物本身則因衰竭而死！那麼強烈的突變改變，叫水族生態如何去承受？請不要忘記，人工的水族箱可不比大自然界的水域！自然界的水域下幾場豪雨也改變不了其本質，但小小的水族箱裡，只要倒一杯水下去，卻也得叫魚兒和植物適應好幾天的呢！
如何換水
有不少水族專書推薦一個辦法：每兩週一次，換掉水族箱中10～20%的水。這對一個植物佔優勢的水族箱來說是很合適，但對魚類佔優勢的水族箱而言卻不太恰當。專家曾經同時檢測過好幾個大小不同的水族箱，並發現其中硝酸鹽成長率每週增加約10～50ppm不等。換言之，每星期硝酸鹽含量都比前一星期增加約30％。您當然可以削減水族箱中的魚類來降低硝酸鹽的生成量，那就省事多了；但您可能不會那做，如果您養的魚樣都是精選品種的話，只有多花點心思來照顧水中的魚兒和植物嘍！
某些地區的自來水中，含有高量的碳酸鹽或硝酸鹽沉澱，硬度非常大，用之於水族箱前非得先行處理不可。此時可放一片酸蘋果在此類硬水中，設法將這種硬度高達7°dH的自來水降到1°dH的硬度；更重要的是，換進水族箱的新水，其硝酸鹽含量不應高於1ppm。
應用計算例
如果水中硝酸鹽含量為每週增加10ppm（1ppm＝1毫克／公升），那麼每週應該換掉30％的水，幾星期以後便會達到一個新的平衡點。事實上，每週清除的硝酸鹽含量，最好等於每週新生成的硝酸鹽量。假設換水前水中硝酸鹽量為33ppm，換水後則為23ppm（倒入的新水中不得含有硝酸鹽成分）；兩週以內，水中的硝酸鹽含量會在23～33ppm間上下起伏，平均為28ppm，這種穩定的含量有助於較敏感的植物生長。
若每四周換掉20％的水量，而每週水中硝酸鹽增加量仍設定為10ppm。通常一個月內被清掉的硝酸鹽和新生成的量是相當的，假設換水前水中硝酸鹽含量為200ppm，換水後為160ppm（換掉了20％），二者的中間值為180ppm，此時的水質便不利較敏感脆弱的植物生存。
快速生長的水生植物會吸收大部分的硝酸鹽，一些當做本身的養分，一些則原狀再排出，雖然使硝酸鹽含量不升反降，但是換水的工作仍須進行不輟，否則水中還會缺乏許多物質（如鈣、鎂等），而且魚類餌料所產生的氮化物（超過5ppm時），也會對整個生態造成威脅。
什麼是最重要的
水族養殖工作中，最重要的就是兼顧其全體生態。而謀求的共同目標，便在於安定、健全的互動關係，亦即在魚類和植物間謀求一個平衡點。所以，換水便成為一件意義重大的工作。不論使用生物式或化學式的硝酸鹽過濾裝置，都可達到一部分的目的；然而，縱使讓硝酸鹽含量達到理想值是件極重要的工作，卻也不是唯一的要務。水中其他礦物質，以及動植物的養分之溶解量等，其增減消長的情形都是應該注意的。
如果我們願意多花點心思，我們可以在水族養殖工作中得到更多的樂趣與成就。
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