民國時期，軍閥混戰，大小軍閥幾乎個個擁兵自重。倘若在真正的民主憲政下，黎元洪也許是一位有德行的政治家，但在唯憑武力加鐵腕手段才能“擺平天下”的時代，黎元洪再有品德也只能淪為滑稽的政治配角。他三任副總統，兩任大總統，終歸“位至尊而無權，人至微而言輕”。
在北京沒有軍權，也沒有嫡系軍隊的大總統黎元洪，與“武昌首義”被逼出來當鄂軍都督時一個窩囊樣兒，什麼事情都做不了主。在同段祺瑞的一系列紛爭接連失敗後，於1917年5月23日，終於挺起了腰桿子，一改往日唯唯諾諾的柔弱作風，果斷下令免除了段祺瑞國務總理與陸軍總長的職務。依據是，段祺瑞秘密與日本簽訂1億元軍事借款，其在國會所做“中日之間絕無秘密外交”的證詞被揭穿。
是什麼讓黎元洪有這麼大膽子撤了段祺瑞的國務總理與陸軍總長的職務？
原來，黎元洪背後有了一位北洋軍的實力派給他撐腰，此人就是大名鼎鼎的“辮子大帥”、駐紮徐州的長江巡閱使張勳。民國已經走到第六個年頭了，張勳依然統領著58個營，共計兩萬多名辮子軍將士。張勳看到黎元洪屢受段祺瑞的欺壓，便向他伸出橄欖枝，借進京“調停”之名，竊行復闢之實。張勳親率5000精銳辮子兵開赴京城。
1917年6月30日晚，張勳潛入清宮召開“御前會議”。當夜，辮子軍佔領了交通要道以及媒介通訊部門。7月1日凌晨，在康有為、王士珍等保皇派的簇擁下，張勳穿上清代的藍紗袍、黃馬褂，戴上紅頂花翎，扶12歲的溥儀登基。張勳自任議政大臣、直隸總督兼北洋大臣。
黎元洪做夢也沒想到搬來的救星原來是災星，他急忙簽署了由副總統馮國璋代理大總統職務的手諭以示罪己，並以大局為重，重新任命段祺瑞為國務總理並令他調遣軍隊討伐張勳。
段祺瑞未雨綢繆，駐紮天津的北洋軍嫡系部隊早已枕戈待旦。此時，他立即組成“討逆軍”，並自任總司令，於天津馬廠誓師，公佈張勳八大罪狀，帶兵5萬餘人進軍北京，討伐張勳。
7月8日，段祺瑞通過外交使節轉致張勳，提出停戰條件四項：（一）取消帝制；（二）解除辮子軍武裝；（三）保全張勳生命；（四）維持清室優待條件。19日雙方談判破裂。段祺瑞決心討伐張勳，戰火重燃。
張勳擁清帝復辟之前，段祺瑞已有所聞。張勳召集第四次徐州會議時，下野在天津的段祺瑞派親信曾毓雋去參加會議。曾和張勳的謀士說，讓張勳慎重考慮，如果做了違背共和的事，段祺瑞會第一個站出來抵抗。當時張勳的謀士“一再否認”，以哄騙段祺瑞。
12日，討逆軍攻入北京。據說全北京城的百姓都爬上城牆觀看雙方打仗，而這場戰鬥創下了世界軍事史的奇觀，“辮子軍”一觸即潰，整個戰鬥只死了幾個人。得知大勢已去，張勳倉皇逃入荷蘭使館。重做皇帝沒幾天的溥儀，得知復辟失敗嚇得放聲大哭，急忙頒佈了退位詔書，為時12天的復辟鬧劇就這樣結束了。
段祺瑞趕走張勳後，恢復共和政府，以“三造共和國”元勳的身份重掌政權。黎元洪自知理虧辭去大總統職務，馮國璋代理總統，段祺瑞自為國務總理兼陸軍總長。
清末民初，中國社會正處於一個動盪的時期，上層統治階級人物思想逐步分化，段祺瑞的思想也在這個歷史時期發生了轉變，他主張共和，堅決反對帝制，並勇敢地付諸於行動。袁世凱恢復帝制和張勳擁清復辟的失敗，主要是全國強烈反對的結果。但作為北洋軍閥集團中地位僅次於袁世凱的重要人物，段祺瑞能夠首先站出來主張共和，能夠對其主子袁世凱恢復帝制採取不合作行動，能夠起兵討伐擁清帝復辟的張勳，在當時的影響是不可忽視的。
段祺瑞為人嚴肅刻板，不苟言笑，生活樸素，清廉如水，一生無積蓄、房產，不抽、不喝、不嫖、不賭、不貪、不佔，人稱“六不總理”。他一生注重立德立品，是民國初眾多具有德行的官員裡的佼佼者。同時，他還具有非凡的組織才能，善於利用政治和軍事手腕維護自己的統治。
在“三一八”慘案後，段祺瑞趕到事發現場面對死者長跪不起，發誓終生吃素，並將吃素功德迴向給這些死者。在他病重時，醫生建議他開葷以增強體質，他表示：“人可死，但葷絕不可開。”終於，他為堅守自己的信仰而從容離世。
段祺瑞一生與共和聯繫最為密切，為了中國走向共和付出了艱辛的努力，他曾四次發電逼迫清帝退位，三番五次奉勸袁世凱放棄稱帝打算並以行動抵抗，後以武力趕走張勳。段祺瑞以實際行動倡導共和、維護共和，這一點足以使他名存中華民族青史。
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