2006年，浙江省文物考古研究所在瓶窯葡萄畈遺址高地西側挖掘宅外遷安置點的基建項目時，發現了一條良渚時期的南北向河溝。考古人員非常興奮，繼續深入挖掘。在4米多深的地方，鏟頭碰到了石塊，換個地方再挖，在差不多深度的地方再次碰到了石塊。隨著泥土被逐漸挖去，一大片石塊露出來。經局部解剖發現，這一高地是由人工堆築而成，寬60多米，深近4米。
另外，考古人員還發現這塊土地的土質不同於良渚一帶的灰黑色淤泥，而是黃土，這說明該塊土地是人工夯築而成，並且是從外面搬運過來的。在黃土下面，鋪著一層比較圓滑的石塊。後來的挖掘證明，該地就是良渚古城的西城牆，稻田下的那條溝渠是護城河。
之後，剩餘的三面城牆依次被發現。考古專家論證得出這是良渚遺址。
據史料記載，良渚文化主要分佈在長江下游、太湖流域，東至東海，西北至江蘇鎮江、常州一代，甚至山東南部和山西南部都曾受到過它的影響。良渚勢力如此之大，佔據了半個中國，如果沒有較高的經濟文化水平，是絕不可能做到的。
該古城面積290萬平方米，與北京顧和園差不多大，其城牆比西安城牆還寬2－4倍。在目前發現的代表中國早期文明的遺址中，良渚遺址的規模最大，水平最高，是證實中華五千年文明史的最具規模和水平的地區之一，被譽為“中華第一城”。
有的考古學家認為良渚古城其實就是“良渚古國”。良渚古城的發現，使一些學者認為中國朝代的斷代應該從此改寫一一把現在認為的最早朝代夏改為良渚。
不僅僅是這座面積巨大的古城震驚了世界，良清出土的玉器也可謂是“驚天地泣鬼神”。有學者甚至認為“中華文明的曙光是從良渚升起的”，提出了“玉器時代”一說。
那麼，良渚文化究竟是如何消失的呢？
目前主要有四種說法。
第一種說法：洪澇說。
有專家認為在良渚文化晚期，太湖地區氣候由寒冷變得溫暖溼潤，平均氣溫比現在高出2℃，年降水量多出200－300毫米，加之當時的海平面比之前高出2米左右，留於內陸的水宣洩不通，造成很大的水患，尤其是長江三角洲地區，頃刻被洪水淹沒。以農業為主要生產活動的良渚人無法再繼續維持生活，只好被迫舉行大規模的遷徙活動，最終在流亡的過程中被其他地區的民族消滅或同化。
第二種說法：戰爭說。
良渚社會時期，在黃河、長江流域，有不少類似良渚的部落小國。隨著經濟的發展，各國的政治也慢慢向奴隸制靠近，逐漸產生了集王權、軍權、神權於一體的統治者。他們不滿足於已有的土地和財高，開始擴大地盤和人口，同鄰周部落古國之間發生激烈的掠奪性戰爭。而盛極必衰的“良清國”的首領日益奢靡，造成激烈的社會矛盾，國家內亂時有發生，其他部落古國趁此擊敗良清。內憂外患的社會狀況最終導致良渚文化走向了消亡。
第三種說法：瘟疫說。
有史學家認為，雖然地震火山爆發、饑荒、戰爭、洪水等災害都會造成悲劇，但卻沒有哪一種能像瘟疫那樣慘烈。由此推斷，良渚文化末期，當洪水退去之後，太湖流域可能出現某種疫情，人們對此束手無策，只能背井離鄉。然而，躲避瘟疫的良渚人無論遷徙遠近，他們都會在某些方面發揮良清文化的傳承作用，這也是良渚文化之所以傳佈廣闊的原因之一。
第四種說法：海侵說。
良清文明所處是屬於溼氣候期，地球氣溫升高，冰川融化，海平面上升，太湖平原除了少數高地和丘陵外全部淪入汪洋之中，出現了繼前4300年之後最高的海平面，比現今海平面高出6米左右，被稱為鍾家堍海侵。正是這次海侵使良清文化毀於一旦。如今，在大量良渚文化遺址的文化層上，普遍存在著一層厚約0．5米以上的黑色水相沉積物，這是長期處於淺海底和湖沼底部的證據。這種說法如今被越來越多的人所接受。
當然，對於良渚文明消失的原因，至今還未有定論。
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