太平天國之亂是中國歷史上規模最大的戰爭，總計傷亡7000萬人。太平軍的足跡先後到過廣西、湖南、湖北、江西、安徽、江蘇、河南、山西、直隸、山東、福建、浙江、貴州、四川、雲南、陝西、甘肅諸省，攻克過600餘座城市，勢力範圍遍及十八省。
因太平軍將士多起自兩粵（即兩廣的廣東、廣西），故清廷亦稱其為“粵匪”、“粵賊”。民國十八年（1929年），南京國民政府就《禁止誣衊太平天國案》，函請內政部、教育部參考酌辦，不久正式訂立規定，“嗣後如有記述太平史實者，禁止沿用‘粵賊’諸稱，而代以太平軍或相應之名稱”，從此將“太平天國”、“太平軍”等稱謂寫入正史。
中國在1840年（道光二十年）第一次鴉片戰爭失敗後的賠款，鴉片消費，導致白銀大量外流，再加上清廷各級官員的貪腐，這一切就造成了兩個後果：舊稅捐更重更難負擔，此外又加上了新稅捐。一般的貧窮到達了極點，人們正在鬻妻賣子，許多人靠樹皮為生。
1814年1月1日(清嘉慶十八年十二月初十)，洪秀全生於廣東花縣（今廣州市花都區）福源水村。父親洪鏡揚，是耕讀世家，屬於富農階層。
洪秀全7歲起，在村中私塾上學， 由於他是兄弟中唯一識字者，村中父老看好洪秀全可考取功名光宗耀祖，可是三次府試都失敗落選，第三次在廣州落選後已經是23歲（1837年）了，受此打擊回家以後重病一場，一度昏迷，醒後他說病中幻覺有一老人對他說：奉上天的旨意，命他到人間來斬妖除魔。從此洪秀全言語沉默，舉止怪異。
行為怪異的洪秀全並不甘心，在6年後 29歲（1843年春天）時再一次參加了廣州的府試，結果依然是名落孫山。
但命運總是神奇的，在廣州應試期間，被命運的重拳再次無情擊昏的洪秀全偶然間收到一本基督徒梁發的《勸世良言》一書，其把書中內容與自己以前大病時的幻覺進行對比，開始深信不疑自己就是耶穌的弟弟，並稱上帝耶和華為“天父”，稱耶穌為“天兄”。此時的洪秀全醍醐灌頂，渾身是勁，他徹底放棄孔孟之道，並把家裡的孔子牌位換成了上帝的牌位。
雖然此時的洪秀全還未曾讀過《聖經》，但洪秀全卻開始逢人便宣傳他所理解的基督教教義，創立了“拜上帝會”。洪秀全說：“人心太壞，政治腐敗，天下將有大災大難，唯信仰上帝入教者可以免難。入教之人，無論男女尊貴一律平等。”洪秀全的“拜上帝會”在教義上模仿基督教。
熱血青年洪秀全開始在廣州附近傳教，宣傳他的“拜上帝會”，但與他的科舉考試一樣，屢屢碰壁。無奈之下洪秀全只好回到花縣老家，開始文字創作他的“拜上帝會”宣傳作品：《原道醒世訓》、《原道覺世訓》、《百正歌》。
洪秀全所撰寫的《原道救世歌》、《原道醒世訓》和《原道覺世訓》，太平天國曆史博物館藏
只要有恆心，鐵杵磨成針。終於在道光二十三年（1843年）6月洪秀全在廣東花縣蓮花塘吸收了第一個拜上帝會員李敬芳，隨後少年時代的好友馮雲山與族弟洪仁玕也加入。洪秀全極受鼓舞，作詩一首：“手握乾坤殺伐權，斬邪留正解民懸。手持三尺定山河，太平一統樂何如”。這首平仄都不對的偽打油詩足以證明當初各屆廣州考官對洪秀全並不存在什麼偏見。
道光二十七年（1847年），洪秀全和洪仁玕到廣州跟隨美國美南浸信會傳教士羅孝全學習《聖經》，並要求受洗，但傳教士羅孝全不同意洪秀全對以前其大病時所見“異象”的見解，認為那是生理幻覺，並認為他對基督教理解錯誤。洗禮不成，洪秀全便要求羅孝全按月付工資給他以便他能留下來幫忙宣傳基督教，被羅孝全拒絕。洪秀全失望至極，再次離開傷心地廣州，前往廣西桂平與在那裡宣傳拜上帝教的好兄弟馮雲山會合。
洪秀全與馮雲山在廣西后以私塾教師為職業餬口，並進行傳教。理想堅定的洪秀全負責理論，極欲成功的馮雲山負責執行。強強聯合的結果是拜上帝會在廣西成績頗大，至多人信教，甚至有全家全族來領受禮拜者，未幾，遠近馳名，眾多人口成為拜上帝會會員。
拜上帝會將基督教聖經的《舊約》、《新約》分別修改為《舊遺詔聖書》、《新遺詔聖書》作為教條。拜上帝教會實行政教合一。拜上帝教的宗教規範還有《原道救世歌》、《原道覺世訓》、《原道醒世訓》、《天父詩》等，號召人們信仰“皇上帝”（上帝耶和華），擊滅“閻羅妖”（滿族皇帝），為實現“天下一家，共享太平”的理想而奮鬥。
因為廣西傳教範圍逐漸擴大，事實上清朝軍機處甚至道光帝本人都清楚地知道拜上帝會的存在，但聽之任之，總體意思就是朝廷無暇把山野村夫們神神叨叨的胡鬧放在眼裡。
道光二十八年（1848年）初，洪秀全與馮雲山兩兄弟遭遇第一次創業失敗。負責執行的馮雲山被廣西紫荊山蒙衝鄉石人村地方士紳王作新以“聚眾謀反”罪名逮捕，送往廣西桂平知縣衙門囚禁。洪秀全則機敏逃亡外地，自稱“找兩廣總督徐廣縉營救”。隨後還是靠馮雲山的死忠粉們集資賄賂清朝官員，才令馮雲山最終得到釋放。
獲釋後的馮雲山與洪秀全再次整裝出發，以獲釋經歷為賣點，拜上帝教會員呈指數式增長。
兩年後的道光三十年（1850年）夏，業績瘋狂增長的洪秀全發佈團營令，要求拜上帝教會員到廣西桂平縣金田村團營編伍，同年年底，太平軍先後在思旺和蔡村江與清軍展開戰鬥，由此開始了與清廷的武裝對立，初以“太平”為號，後建國號“太平天國”，並實行公有財產製。
道光三十年十二月十日（1851年1月11日），洪秀全生日，拜上帝會眾萬人在金田村“恭祝萬壽”，後世人將這一天定為金田起義紀念日。3月23日，洪秀全在廣西武宣登基稱太平王，後改稱天王。
道光駕崩，咸豐繼位，1851年12月，太平軍12月在廣西永安城分封諸王，封楊秀清為東王，蕭朝貴為“西王，創業元老馮雲山混了個南王，稱七千歲， 韋昌輝為北王， 石達開不好使用犯上的中王稱號，為翼王。洪秀全詔令諸王皆受東王節制。 至此整體上洪秀全負責理論，楊秀清負責執行。無冕秀才馮雲山則建立了太平天國初期的官制、禮制、軍制，推行自創的歷法——“太平天曆”。
咸豐二年（1852年），清廷終於開始大規模圍剿太平軍。4月5日太平軍自廣西永安突圍，北上圍攻省城桂林，不果，太平軍無奈繼續北上，在全州蓑衣渡遭遇清軍楚勇江忠源部攔截，創業元老馮雲山被清軍炮火擊中，後傷重不治，至此太平天國失去真正的定海神針。
5月19日太平軍被迫離開廣西逃往湖南省，克道州、郴州。6月楊秀清與蕭朝貴發佈了《奉天誅妖救世安民諭》、 《奉天討胡檄布四方諭》、 《救一切天生天養中國人民諭》，在當地展開猛烈的廣告攻勢。結果“湖南南部加入天地會的人數有五萬多人”。與此同時楊秀清制定了“專意金陵，據為根本，然後遣將四出，紛擾南北”的作戰方針。
咸豐二年七月（1852年8月），西王蕭朝貴聞清廷在長沙的兵力空虛，率偏師進攻，9月12日“辰刻進兵，殺死大小妖官數十員，妖兵死者兩千有餘，屍堆如山，不料妖兵炮打著西王胸膛乳上穿身”，陣亡。
楊秀清聞訊後急率主力來到長沙城下，但此時清方已重兵雲集，太平軍攻長沙近三個月仍未能成功，太平軍轉而撤圍北上攻克洞庭湖附近的嶽州。傳聞太平軍在當地獲得吳三桂秘密埋藏的大量兵器，得以獲勝。
1852年11月，太平軍進逼湖北武昌城，湖北巡撫常大淳貼出告示：“兵法以清野為先，且廣西湖南等省，皆因民房毀除未盡，致賊藏身，潛掘地道，前車可鑑。” 下令燒燬附近市鎮，拆除城外民房，採用焦土政策。此舉燒滅老百姓的民心，紛紛支持太平軍起義。
1852年12月23日，太平軍攻下漢陽，知府董振鐸被殺；六天後，太平軍攻下漢口，俘獲1萬首江船，裝備其水師。
1853年1月17日，太平軍另一軍事天才石達開率領太平軍攻克武昌，湖北巡撫常大淳舉家自盡。頻頻報捷的太平軍在武漢嘗試建立“太平一統”的平等社會，早期吸引了一些貧苦大眾。獲勝的太平軍血洗當地清兵、地主鄉紳和一切反對者，並且破壞衙門、寺廟、學校和藏書樓，沒收一切財產，存入設於武昌原絲綢貨棧的“聖庫”。太平軍把貧苦大眾編入25人為一組的軍營，男女分營，又強迫其作苦役。 隨後當地有流氓假冒太平軍劫掠。很快太平軍的民心漸失。當地人反對男女隔離分居的政策，也開始反對各種大型的公開佈道洗腦。見勢，太平軍放棄將漢陽和武昌立為首都，大部分太平軍沿江而下。清提督向榮於2月下旬奪回武漢三鎮。
3月19日， 血洗武昌後的太平軍軍備充足，人數增加，一舉攻克江寧（今南京），兩江總督陸建瀛及副都統霍隆武陣亡。洪秀全下令全城屠殺滿清旗人，並發動老百姓， “有擒得旗人者，賞銀五兩”。 南京城內兩萬多旗人全部被殺。洪秀全決定定都南京，改名天京。
紅色為太平天國勢力範圍
洪秀全的龍袍
清廷欽差大臣向榮奉命圍剿南京的太平軍，向榮領兵一萬人，在南京城東孝陵衛駐紮，號稱江南大營試圖不攻而圍困天京，向榮以孝陵衛的江南大營為中心，在堯化門、黃馬群、孝陵衛、高橋門、秣陵關、溧水一帶建立防線。然而當時大營紀律敗壞，甚至攔路行劫，殺人越貨。
天京被圍困三年後，咸豐六年（1856年）4月，軍事天才石達開經皖南入江蘇，采聲東擊西策略，先遣一部佔領溧水，向榮中計，連續派軍爭奪溧水，造成江南大營兵力空虛。秦日綱部於5月26日至瓜洲，並自瓜洲渡江，攻打黃泥洲。向榮急令張國樑由溧水星夜趕回。吉爾杭阿率軍來救，被包圍於煙礅山。6月8日，張國樑在丹徒遭到大敗。太平軍大破江南大營，6月19日破曉，石達開、秦日綱二部人馬即猛攻仙鶴門，“抄斷大營後路”，6月20日，石達開自統大軍猛攻青馬群，“各營火藥、鉛彈俱已打完”，7月初，向榮退守丹陽，與秦日綱激戰月餘，太平軍始終未能突破丹陽城防。咸豐六年六月初一日（7月2日），向榮被革去湖北提督職，留任欽差大臣，繼續督辦軍務。咸豐六年七月初九日（8月9日），向榮以年老多病，腿足患疾，又遭此慘敗，憂忿而死。又一說咸豐六年七月（8月9日）向榮在營帳自盡身亡。卒諡忠武。
解除了天京三年之圍繞的太平軍，短暫性的失去鬥爭目標，內部矛盾開始破繭而出。
在定都天京後，在體制內的科舉考試中受盡折磨的洪秀全主張把四書五經列為禁書，東王楊秀清不同意。洪秀全只好同意四書五經在修改後可以刊印流傳，然而直至太平天國滅亡仍未曾刊行。後來洪秀全又修改《聖經》，按照政治上的需要及個人喜惡改動內容，在太平天國內頒行。天王洪秀全與東王楊秀清的矛盾日漸加深。
東王與其他諸王的關係也日趨緊張。北王曾因下屬犯錯而被東王下令杖責，北王韋昌輝的族兄因為跟東王的妾兄發生財產爭執而惹怒東王，東王叫北王議罪，北王被迫把族兄五馬分屍。翼王石達開的岳父黃玉昆因公事開罪東王，被杖刑三百，革去爵位及降職，同一事件亦令燕王秦日綱及另一高官陳承瑢被東王杖刑。即使是天王，也多次被東王假借“天父下凡”以杖刑威嚇。由於東王權大，眾人往往敢怒而不敢言。
1856年8月，東王楊秀清假稱“天父下凡”又來了，召天王洪秀全到東王府。這也是洪秀全住進天王府總共11年驕奢淫逸的時間裡唯一的一次走出天王府。 著名錶演藝術家楊秀清以前就憑藉表演“天父下凡”得以進入太平軍領導層，這一次他故技重施。
天京“天王府”模型, 號稱容納2300名妃子
“天父上身”的東王對天王說：“爾與東王均為我子，東王有咁（客語，意為“這麼”）大功勞，何止稱九千歲？” 洪秀全回答：“東王打江山，亦當是萬歲。”
楊秀清版“天父”又問：“東世子豈止是千歲?”洪說：“東王既萬歲，世子亦便是萬歲，且世代皆萬歲。”
“天父”大喜說：“我回天矣。”
“天父”要求洪秀全把東王楊秀清由“九千歲”封為“萬歲”，洪秀全當時假裝同意，為表示慶賀推延至楊秀清生日（公曆當年9月23日）時正式封萬歲。洪秀全其後密詔，要領兵在外的北王韋昌輝、翼王石達開等人誅殺楊秀清。還有一說，此時北王韋昌輝請求天王誅殺東王，天王不肯。及陳承瑢後來向天王告密，謂楊秀清有弒君篡位之企圖，天王密詔韋昌輝、石達開及燕王剷除楊秀清。
領兵在外的韋昌輝率三千精兵趕回天京，9月1日夜在城外與秦日綱會合，陳承瑢開南門接應。眾軍在凌晨突襲東王府，東王楊秀清被殺，東王府內數千男女，包括東王妻妾五十四人同被殺盡。
其後天王洪秀全下詔佯裝斥責韋昌輝、秦日綱，佯稱韋昌輝擅殺有罪，宣佈他們每人將被廷杖五百下，誘使東王楊秀清屬下臨觀，約有六千名東王部屬在棄械後被騙入天王府遭到殺害。隨後韋昌輝以搜捕“東黨”為名，大殺異己，平民也不能倖免。總計被殺的軍民約有兩萬餘人。
翼王石達開9月26日（一說楊秀清被殺的六星期後）到天京，在天王府會晤韋昌輝，韋昌輝和秦日綱給翼王石達開看了他們誅殺楊秀清的行動過程記錄。因韋昌輝大開殺戒，石達開亦有部屬在亂中被殺，責備韋昌輝濫殺之事，說：“你們殺了東王和他們的主要將領還不滿足？為何還要殺這麼多為我們打仗的弟兄？”……石達開說：“你們既然已經走到這個地步，你們自己可以了結這件事，我就不管了。” 兩人不歡而散，石達開認為韋昌輝會報復，當天晚上悄悄集合部隊來到西門，但不經韋昌輝許可是不得出城的。他就殺死守門者，與他的大部分部眾出了城。韋昌輝未能捉拿石達開，盡殺石達開家屬及其王府部屬。石達開從安慶起兵討伐韋昌輝，求天王殺韋昌輝以謝天下。天京以外的太平軍大多支持石達開。
由於害怕再起兵變，天王洪秀全派人當眾譴責韋昌輝：“你跟我，若不是東王，就沒有今天，我本來沒有殺他之意，現在既然已經捕殺了東王，東王部下們又有什麼錯？又要把他們全部殺掉！應該以天父好生之德為念，放了他們才對！”把罪責全然推給韋昌輝，假惺惺地自當“好人”。韋昌輝聞言大怒：“我為他除掉了大害，如今反責備我，是想沽名釣譽嗎？” 隨後韋昌輝狗急跳牆，帶領部下攻打天王府，但最終敗於效忠天王的將士，北王韋昌輝於11月2日被殺，其首級被函送安徽石達開營中驗收；其幫兇燕王秦日綱及陳承瑢不久亦被處死，天京之變告一段落。
天京事變後，太平天國內人心開始渙散，軍事形勢逆轉，清軍陸續在各戰場得勝，太平天國的控制區大為縮小，即使後來太平軍攻下江浙一帶，形勢上也一直處於下風。
北王韋昌輝死後，翼王石達開獲邀返回天京執政，但天王洪秀全開始重用其洪氏兄弟以牽制石達開，導致石達開在1857年帶領部隊出走安慶。出走的石達開以“通軍主將”身份繼續為太平天國作戰。洪秀全則宣傳石達開此後的作戰是太平天國的遠征活動。此後，石達開先後轉戰於天京外圍的閩、浙、贛等省，牽制大量清軍，緩解了天京、安徽兩地的軍事壓力。
後來天王撤銷了楊秀清的圖謀篡位罪名。一八五九年，洪秀全接受堂弟洪仁玕的建議，為進一步安撫楊秀清的舊部，彌補信仰危機，挽回人心，平反了楊秀清，將九月二日（‘天曆’七月二十七日）楊被殺之日定為“東王昇天節”。洪秀全的上諭：“七月念七東昇節，天國代代莫些忘。謝爺降託贖病主，乃僉世人轉天堂。天國代代遵三重，天情真道福無窮。妄為推測有何益？可憐叛爺成臭蟲。”即教導臣民千萬不要推測構成冤案的原因，“叛爺”指韋昌輝、秦日綱和陳承鎔三人。洪秀全在給英國公使額爾金的《賜額爾金詔》中談到楊秀清的死因時說東王是被“陷害”的，相當於太平天國官方公佈的東王被殺原因。
咸豐八年（1858年），清軍乘太平天國內訌之後，重建江北、江南大營。清軍開始進迫天京，在陳玉成和李秀成等人支撐下，太平軍在數年間擋住了清軍的多次攻勢。
在太平天國忽起的時代，比洪秀全大三歲的晚清名臣曾國藩依靠師徒、親戚、好友等複雜的人際關係，以湖南同鄉為主，仿效已經成軍的楚勇，建立了一支地方團練，並整合湖南各地武裝，稱湘軍。
咸豐四年（1854年），發佈《討粵匪檄》，曾國藩率師出征，不久在靖港水戰中被太平軍石祥禎部擊敗，投水自盡，被部下所救。休整後，重整旗鼓，當年攻佔嶽州、武昌。咸豐帝大喜過望，令曾國藩署理湖北巡撫。然而，大學士祁雋藻進言，稱“曾國藩以侍郎在籍，猶匹夫耳，匹夫居閭里，一呼，蹶起從之者萬餘人，恐非國家福也。”咸豐帝收回成命，僅賞曾國藩兵部侍郎頭銜。
咸豐六年（1856年）曾國藩的湘軍坐困南昌。9月2日，趁天京事變，南昌解圍。
咸豐八年（1858年）5月，湘軍攻佔九江，氣勢頗盛。咸豐十年（1860年），湘軍圍困安慶，次年9月破城。
1862年英王陳玉成在安徽戰敗被殺後，形勢急轉直下，天京附近據點逐一陷落。李秀成知道天京難以久守，向洪秀全建議放棄天京，轉戰中原，被洪秀全斥責。
湘軍順江而下，1862年攻破蕪湖。1863年11月25日，曾國荃進扎城天京東孝陵衛。
同治三年（1864年）7月19日，湘軍攻破太平天國首都天京，對無辜平民展開屠殺與搶掠，當時的南京城被燒燬，平民死傷無數，南京人鹹恨湘軍，稱曾國藩、曾國荃兄弟為“曾剃頭”、“曾屠戶”。湘軍在天京屠城的情景：“湘軍‘貪掠奪，頗亂伍。中軍各勇留營者皆去搜括’，……‘沿街死屍十之九皆老者。其幼孩未滿二、三歲者亦被戳以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無（均被虜），老者負傷或十餘刀，數十刀，哀號之聲達於四方。’ 凡此均為曾國荃幕友趙烈文目睹所記，總計死者約二、三十萬人。”是為湘軍版的“南京大屠殺”，屠殺漢人亦成全了曾國藩為報滿洲朝廷知遇之恩的忠臣美名。
南京附近的太平軍海戰
曾國荃湘軍克復金陵圖
7月，朝廷加曾國藩太子太保、一等侯爵。曾國荃賞太子少保、一等伯爵，此起曾與平定太平天國戰功居次之湖廣總督官文雙方形成集團政爭白熱化。8月，奏準裁撤湘軍25000人。
1864年3月，天京遭到包圍後，城內糧食不足，洪秀全帶頭吃“甜露”（草團）充飢，因而致病。1864年6月1日（同治三年四月二十七日），洪秀全病逝天京。湘軍領袖曾國藩卻向清廷報稱洪秀全服毒自盡。洪秀全死後屍體被秘密葬在天王府的後花園內。
1864年7月30日，天京陷落之後，湘軍總兵熊登武得到一個天王府黃姓宮女告密，在她的指引下，曾國藩九弟曾國荃派人從天王府的大殿內挖出了洪秀全的屍體。8月1日，曾國藩斷然下達了最嚴厲的懲處方式：“戮屍，烈火而焚之！”於是洪秀全的屍體再次被拖了出來，被刀戮、火焚。焚屍後，曾國藩根據湘軍將領李臣典的建議，命人把骨灰和以火藥，裝入炮彈，然後接連發射出去，目的是要讓洪秀全徹底灰飛煙滅，屍骨無存，陰魂無歸，更可以使太平軍的舊部失去了精神象徵。
洪秀全在1851年建立太平天國時，立洪天貴福為王世子，尊稱為幼主萬歲。
洪秀全死後，洪天貴福在1864年（同治三年）6月6日在天京（今江蘇南京）即位，成為“幼天王”。
1864年7月天京失陷，洪天貴福逃出天京，到達浙江湖州。8月末洪天貴福與當地太平軍從湖州出走，打算會合江西的太平軍後北上中原。部隊沿途被清軍緊追，10月9日部隊在江西被擊潰，洪天貴福在附近地區流浪多日，10月25日在江西石城荒山之中被清軍俘獲，11月18日在南昌被沈葆禎下令凌遲處死，年僅實歲十四歲。
至此太平天國之亂終結。
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