蘇丹政變僅過去三天不到，在當地民眾的強烈抗議下，軍政府不得不採取行動平息眾怒。4月12日，上任一天的蘇丹過渡軍事委員會主席阿瓦德·伊本·奧夫（Awad Ibn Auf）宣佈辭職。13日，委員會宣佈解除宵禁，並將組建新的文官政府，“保護人民需求”。
12日，原蘇丹國防部長伊本·奧夫在國家電視臺發表電視講話，宣佈“為了國家利益”辭職，由阿卜杜勒·法塔赫·布爾漢（Abdel Fattah Abdelrahman Burhan）接任主席一職。伊本·奧夫表示，辭職是為了維護武裝部隊的團結。但抗議者領袖提出，直到軍方將國家統治權交給民選政府之前，他們都不會停止抗議示威活動。
11日，伊本·奧夫發表電視講話稱，軍方已經逮捕總統巴希爾並推翻他領導的政府，過渡軍事委員會將代為管理國家，2年後舉行總統選舉。當天晚些時候他宣誓就任過渡軍事委員會主席。
現年62歲的伊本·奧夫自2003年達爾富爾戰爭後開始擔任軍事情報機構的領導人，2009年2月起擔任蘇丹第一副總統。2007年，美國對伊本·奧夫發動制裁。新上任的布爾汗也是蘇丹軍方的重要人物，但美聯社稱他的履歷比蘇丹其他軍方高官要乾淨得多。
同一天，蘇丹國家情報與安全局局長薩拉赫·阿卜杜拉（Salah Abdallah Gosh）也提出辭職申請，並獲得布爾漢批准。《紐約時報》報道稱，薩拉赫·阿卜杜拉是蘇丹國內除巴希爾外權力最大的人物，也和巴希爾一樣不得民心，很多示威者要求解散國家情報與安全局。
伊本·奧夫宣佈辭職的消息公佈後，蘇丹首都喀土穆的街頭爆發出一片歡呼聲，但抗議活動仍繼續進行，並有數十萬人參加。他們反對軍方奪取政權，並要求建立一個平民過渡政府。
13日，蘇丹過渡軍事委員會下屬政治委員會主席奧馬爾·扎因·阿卜丁（Omar Zein Alabedin）在記者會上說，將與蘇丹各政黨協商後組建過渡文職政府，過渡軍事委員會今後不會干預文官政府，但國防部長和內政部長兩個職位將由過渡軍事委員會掌控。阿卜丁表示，軍隊”沒有牢牢掌握權力的野心"，目的只是為過渡階段提供安全保障。按照他的說法，如果沒有出現混亂局面，至多2年的政治過渡期可能大大縮短。
阿卜丁還表示，過渡軍事委員會不會向國際刑事法院引渡巴希爾；他可能在國內接受審理。伊本·奧夫11日說，巴希爾現在接受拘押，身處一個“安全地點”。
國際刑事法院2009年3月以涉嫌戰爭罪、反人類罪等罪名對巴希爾發出通緝令，遭到一些非洲國家譴責。2015年，國際刑事法院要求東道國南非在巴希爾出席第25屆非州聯盟峰會期間實施抓捕，遭到南非政府拒絕。
此外，布爾漢13日在蘇丹官方電視臺直播節目中發表聲明，宣佈解除宵禁，釋放所有根據前巴希爾政權緊急狀態法所審判和關押的人。他同時宣佈解除蘇丹所有州的軍政府州長的職務，由各軍區指揮官代替主持工作。
11日，伊本·奧夫宣佈實行一個月的宵禁，但並無成效，遊行示威者們依舊在喀士穆的軍隊總部大樓靜坐示威。另據蘇丹通訊社報道，蘇丹國家情報與安全局11日宣佈釋放該國所有政治犯。
美聯社報道稱，委員會最新聲明旨在安撫一些擔心軍方將組建軍政府的示威者。已經持續了四個月的蘇丹遊行示威活動並沒有因為軍方政變而消停，且伊本·奧夫宣佈組建過渡軍事委員會並擔任主席後愈加升溫。
《紐約時報》稱，這是蘇丹近30年來對民主變革最強有力的呼聲。蘇丹警方發言人哈希姆週六（13日）表示，蘇丹軍隊在11日、12日對示威者使用流彈，造成16人死亡20人受傷。
此外，布爾汗還呼籲反對派協助軍方恢復國家正常生活，並承諾將審判所有試圖殺害示威者的軍方成員，著手打擊腐敗現象。
據英國廣播公司（BBC）報道，反對派團體已經與軍方進行會晤，商討“過渡期安排”。抗議者發言人穆斯塔法（Mohammad Youssef al-Mustafa）表示，他們要求馬上建立平民政府，但軍方將會保留其中的一些職務。
而作為抗議活動先鋒的蘇丹職業者協會（SPA）則表示，過渡軍事委員會的回應“沒有滿足人民的任何要求”，並呼籲抗議示威活動繼續進行。職業者協會要求重建國家安全力量，逮捕腐敗的領導人並解散前總統巴希爾領導的國民軍。
SPA認為，軍方發動政變只是為了重新包裝遭到人民反對的軍政府內核。
蘇丹政變推翻前總統巴希爾，加上此前阿爾及利亞總統布特弗利卡被迫宣佈辭職，令外界關注中東是否正迎來第二次“阿拉伯之春”。
英國《泰晤士報》11日報道稱，將兩國領導人趕下臺的最後一擊都來自軍方，而這兩位領導人都嚴重依賴軍隊的忠誠與支持來保住執政地位。但是蘇丹和阿爾及利亞軍隊對街頭群眾的情緒感同身受，他們不願冒進一步流血的風險。而且由於自己的家人也遭到鎮壓，他們對示威者深感同情。
“阿拉伯之春”始於2010年的一場自發性示威活動，抗議突尼斯一名街頭小販遭到粗暴對待。隨著整個阿拉伯世界對本國統治者的傲慢和疏離民眾感到憤怒，大批民眾走上街頭，這場浪潮也迅速升級。
報道稱，人們現在的態度可能更加現實。“阿拉伯之春”令人們對許多永遠不可能實現的東西燃起了希望：結束腐敗，增加就業，降低物價，以及給人民帶來新的尊嚴感。但是這一切並沒有發生。反對派不成熟，組織混亂。而舊政權，特別是軍隊，卻能夠在社會結構開始崩潰和幻想破滅時等待時機，保住權力。
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