對於現代戰機來說，載彈量在相當程度上決定著其空中作戰能力的強弱。如果載彈量過小，則不足以支持高強度空中作戰，而且需要起飛更多架次，作戰效率會大大降低。尤其是對於第五代隱身戰鬥機來說，由於其必須將彈藥掛載於內部彈艙，載彈量都要小於第四代戰鬥機。因此，第五代隱身戰鬥機在設計上更應該重視載彈量問題。
FC-31作為一款中型雙發第五代隱身戰鬥機，其本身在設計定位上就不利於提高載彈量。從中航工業在多次國內外航展和防務展上展出的大比例模型來看，其機腹下的內部彈艙只能掛載4枚霹靂-15中距空空導彈，沒有側面彈艙。因此，FC-31在執行空戰任務時，只能攜帶4枚霹靂-15中距空空導彈，或者2枚霹靂-15中距空空導彈+2枚霹靂-10近距格鬥空空導彈。
如果是執行對地對海攻擊任務時，FC-31的機腹彈艙應該可以掛載2枚小型空地導彈或者2枚500千克級制導炸彈。在對空導彈武器和對地對海攻擊武器混合掛載時，應該可以採用2枚霹靂-15中距空空導彈+4枚小直徑制導炸彈的模式。但是，不管採用哪一種掛載模式，FC-31內部載彈量過小都是不爭的事實。
不過，在中航工業的公開宣傳片中，對於FC-31載彈量的描述與模型完全不同。根據視頻上的介紹，FC-31機腹彈艙可以掛載6枚霹靂-15中距空空導彈，或者6枚霹靂-10近距格鬥空空導彈，或者4枚超遠距空空導彈，或者8枚小直徑制導炸彈，或者2枚鷹擊-12超音速空艦/空地導彈等。但是，相比宣傳視頻來說，還是大比例模型和實機的設計特點更為可信。
FC-31定位於中型戰鬥機，外形尺寸較小，其機身內部空間就更為有限。加之該機還採用了雙發設計，更進一步擠佔了內部空間。此外，作為一款先進戰鬥機，FC-31還要有足夠的內部載油量，以便滿足對較遠航程的要求。這些不利條件加起來，就使得FC-31的機腹彈艙不可能做得太大。因此，4枚霹靂-15中距空空導彈應該就是FC-31機腹彈艙的真實掛載能力。
從FC-31目前的設計狀態來看，只要還是定位在中型戰鬥機，就很難在載彈量、飛行性能、航程以及作戰效能上求得較為滿意的平衡。這也是該機最為尷尬之處，其總體作戰效能介於第四代戰鬥機和重型第五代戰鬥機之間，高不成、低不就。因此，從31001號機首飛到現在，一直沒有出現任何一個對該機感興趣的潛在用戶，也自然在情理之中了。
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