3、剝奪軍事指揮權
第一，逐漸改變親王節制將帥的格局。在洪武時期，諸王帶兵打仗，節制公侯，乃軍事統帥。朱棣即位後，為改變這一格局，開始逐步削弱諸王的軍事權力。早在建文四年七月，朱棣在給岷王朱楩的信中便流露此意，要求岷王凡事要與朝廷所遣都督商議：“今遣都督袁宇赴雲南整肅兵備，鎮撫一方，凡事可與計議而行。夫藩屏至重，賢弟宜慎出入，謹言節飲，庶諸夷有所瞻仰，而不負兄之所望。”改變過去太祖時期親王節制將帥的格局。
第二，永樂一朝，諸王已經不再參與任何軍事戰鬥，原先的軍事指揮權也不復存早。這表現在，凡有徵戰，朝廷不再派遣親王出征，而是僅命令王府派出護衛聽朝廷調遣。如永樂四年，朝廷遣西平侯沐晟興師安南，朱棣敕蜀王於成都三護衛選步軍 5 千，聽沐晟操練聽徵。永樂七年，交阯叛寇，朝廷派遣英國公張輔征剿，除了全國各都指揮使司發兵外，楚、遼、寧三王府也共發兵 7 千人隨徵。同年九月，又命寧陽伯陳懋選練陝西屬衛及慶秦二王府護衛步騎萬 9 千，江陰侯吳高選練山西及晉王府護衛步騎萬 5 千，命中周楚二王府護衛選步騎兵，各賜鈔給行糧，明年二月至北京隨徵。此外，親王也不再負責操練本府軍士，一切由朝廷負責安排。永樂十三年十一月，朱棣命周王朱橚、肅王朱楧、晉王朱濟熿、秦王志堩各於護衛選步騎兵五千，明年正月赴真定，有朝廷派人統一操練。
4、禮儀上規範諸王
禮儀秩序體現了上下尊卑關係，因此朱棣也十分注意規範諸王禮儀，防止諸王僭越。永樂六年，秦王朱尚炳令僧人修齋薦悼秦愍王朱樉和秦愍王妃，文字稱皇考皇妣，且稱秦愍王妃為愍烈妃。朱棣得知後，賜書訓斥朱尚炳僭越，命其立即改正
：皇考皇妣，是朝廷尊稱，藩國豈得僭用，既於禮有違，且爾於冥冥之中，亦不自安；況愍烈之諡，果朝廷所賜乎，抑爾自加之乎；爾年少寡學，未諳大體，此必俗學腐儒所為，陷爾於僭妄，而爾不能察也，自但據實書之，庶不貽譏有識之人。
類似禮儀僭越的情況在周府也發生過，永樂八年，周王朱橚在國中作殿奉祀太祖高皇帝；朱棣賜書曰：“禮，支子不祭。王國廟祀，則肇於始封之王，若太祖高皇帝之祀，朝廷自有宗廟，王今祀於國中，過矣。孔子曰：‘祭之以禮，若不得為而為之，不可為孝，王其審禮而行，毋貽物議。”
明成祖削藩主要是以解除兄弟諸王的軍事權力為核心展開，經過朱棣的推行，諸王權力一落千丈，但仍是一次不徹底的削藩，主要表現在：
第一，漢王與趙王仍設立三護衛。永樂二年，朱棣冊封第二子朱高煦和第三子朱高燧分別為漢王和趙王，永樂三年，朱棣便為漢趙二府設立三護衛，“改大寧前衛、濟州衛、天策衛為漢府三護衛，改設趙府三護衛以彭城衛為常山中護衛，永清左衛為常山左護衛，永清右衛為常山右護衛，置經歷司，經歷一員，設常山郡牧千戶所，隸趙府”。由於漢趙二王常年駐守邊地，節制諸將，手握重兵，王府護衛人數超員，朱棣曾於永樂十一年，削減趙府護衛，但也僅針對指額外者：“
命兵部革趙府群牧千戶所，其三護衛官止存正員，額外者皆調別衛，凡以罪充軍者，不得隸王府。第二，漢王與趙王皆參與軍事戰鬥，擁有軍事指揮權。整個永樂一朝，朱元璋所分封的諸王已經不再參與軍事戰鬥，相形而下，朱棣之子漢王朱高煦和趙王朱高燧卻活躍在永樂朝的軍事舞臺，大致情形如下：永樂元年，朱高煦率兵往開平操備防虜，武安侯鄭亨、安平侯李遠、武城侯王聰皆聽其統帥。期間，朱棣多次遣書朱高煦令其小心應對。永樂二年，趙王高燧居守北京，負責北京一切事務。永樂三年，西北屢有火，朱棣命趙王朱高燧選漢韃六十人，令的當指揮二人，率往西北，以覘虜情，降者招之，若其入寇，趙王可與邊將籌議，相機攻襲，也多次致書朱高燧嚴固守備，勿輕出兵。趙王也可直接節制公侯大將，永樂四年，鬼力赤阿魯臺也孫臺南行，朱棣書諭朱高燧，再由朱高燧馳報武安侯鄭享等，進行防禦；永樂八年，朱棣命朱高燧整理北京城池軍馬，令廣平侯袁容、泰寧侯陳圭輔之，可見趙王顯然一方軍事統帥。趙王還全權負責北京夜巡，朱棣置北京兵馬指揮司夜巡銅牌，由朱高燧掌管，一如京師之例。
第三，許多王府保留了一定數量的護衛。明成祖削藩，奪爵者有齊谷二王，削護衛者有周、代、遼、寧、岷五王，其他諸藩所受影響較小，仍保留數量多寡不等的護衛，直到宣宗年間，依然如此。徵調王府護衛進行軍事鬥爭在宣德時期依然很常見，表明王府護衛數量不少且具備戰鬥力。宣德元年五月，宣宗貽書晉王，令遣護衛官軍 4 千餘人赴大同備禦，表明晉府護衛在此時至少還有 4 千人。蜀府護衛人數更多，不少於 7 千人，曾於宣德二年先後兩次助討松潘叛寇，為此宣宗還特別賜書獎勵蜀王朱友堉。與此同時，慶府和肅府也各發軍士 1 千人，富平郡王發 300 人，剿捕松潘叛蠻。宣德元年三月，楚王和蜀王各奉命發護衛步兵 1 千赴交阯討叛寇。楚府在宣德五年之前，一直保留三護衛，人數過萬。
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