從計算機軟件著作權登記證書最原始的作用來說，企業將軟件、各類系統、APP進行軟件著作權登記可以明確軟件作品的完成時間、權力關係，尤其是委託作品、職務作品等進行軟件著作權登記可以很好的明確作品的發表權、開發者身份權、使用權和獲得報酬權等權利.
企業通過軟件著作權登記，軟件可以更好向社會宣傳自己的產品，同時在發生著作權爭議時可以作為主張權利的有力武器，同時也是提起訴訟請求司法保護的前提。軟件產品登記可以作為企業自主知識產權的證明材料，可以幫助企業在我國境內內經營或者銷售其產品，並出版發行。
根據財政部、國家稅務總局相關規定，對經過國家版權局註冊登記，在銷售時一併轉讓著作權權、所有權的計算機軟件徵收營業稅，不徵收增值稅。
企業進行軟件著作權登記可以作為企業融資的工具，在申請科研項目或者專項資金時可以作為證明材料，同時在企業經營過程中、與客戶交易過程中，可以增強客戶的企業實力的直觀印象和判斷。
上面談到的幾點都是計算機軟件著作權對企業本身最基本的作用，目前對於企業來說，進行軟件著作權登記最重要的是可以作為雙軟企業、高新企業認證的證明材料，從而獲得稅收減免、資金獎勵等政府的優惠政策。可以說，企業進行計算機軟件著作權登記主要是奔著這些“增值福利”去的，根據各地不同的政策，不僅國家對於這類申請有鼓勵政策、優惠政策，各地政府還有不同程度額補貼。
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