王敦順利地進入了帝國都城之後，很清楚自己為什麼能夠如此順利地完成既定目標。所以他進入都城之後的第一件事，就是履行自己的諾言：清君側。
王敦為什麼會造反？就是因為晉元帝司馬睿的集權行為侵犯了眾貴族的既得利益，所以王敦把焦點放在了出身普通的劉隗和刁協身上。
現在劉隗已經逃往後趙，刁協被殺。王敦立刻以司馬睿的名義發表赦令，宣佈“清君側”行動圓滿結束。
王敦進入帝國都城之後，晉元帝司馬睿問周顗：“王敦進城後，皇宮什麼事也沒有發生，他真的只是來清理劉隗和刁協嗎？”
從這番對話中我們可以肯定一點：王敦最初的動機並不是造反，他就是想教訓一下晉元帝司馬睿。他希望司馬睿懂得如何尊重眾貴族的利益，不要吃飽了沒事玩什麼集權。
但王敦進入都城之後，似乎有了更多的想法。於是他打算廢掉太子，試探眾貴族的反應。眾貴族對此表示反對，王敦只得順應民意，放棄了廢太子的想法。
敦以太子有勇略，為朝野所向，欲誣以不孝而廢之。大會百官，問溫嶠曰：“皇太子以何德稱？”聲色俱厲。嶠曰：“鉤深致遠，蓋非淺局所量。以禮觀之，可謂孝矣。”眾皆以為信然，敦謀遂沮。——《資治通鑑》·晉紀十四
史書在說起這段歷史的時候，總會刻意誇大溫嶠的勇敢與能言擅辯，好象沒有溫嶠，太子肯定就被王敦廢掉了。真實情況顯然不是如此，王敦之所以不敢廢太子，絕不是因為溫嶠有多勇敢，而是因為“眾皆以為信然”。眾貴族都支持溫嶠的行為和觀點，王敦立刻放棄了廢太子的打算。
王敦一直想殺周顗和戴淵，但王敦也知道，自己的實力不足以殺死這二人。但當王敦獲得了王導的默許之後，事情立刻就變得不一樣了。
王導非常恨周顗，一心想殺死他。在王導沒有對周顗流露出殺機之前，王敦迫於形勢，只得一直表示：要在皇帝面前推薦周顗和戴淵，讓他們出任要職。但當他得知王導的真實想法後，立刻表示要殺死周顗和戴淵。而且王敦殺周顗和戴淵之前，更是得到了王導的默許。
王敦準備殺周顗和戴淵的時候，曾經探過王導的口風。王敦先說：“周顗和戴淵很有名望，可以位列三司。”王導不說話。王敦又問：“就算不列三司，也得作個僕射吧？”，王導依然不說話。王敦最後說：“要不然，宰了他們？”王導還是不說話。
敦既得志，問導曰：“周顗、戴若思南北之望，當登三司，無所疑也。”導不答。又曰：“若不三司，便應令僕邪？”又不答。敦曰：“若不爾，正當誅爾！”導又無言。——《晉書》·卷六十九·列傳第三十九
不久之後，周顗和戴淵就被王敦逮捕並處決。
從這個角度來看，周顗和戴淵的死亡完全是王導一手促成的，如果王導開口為周顗和戴淵說句話，事情也未必會發展到這個地步。
周顗與王導的關係非常複雜：他們本來是朋友，但在王敦第一次叛亂之後，晉元帝司馬睿曾想殺掉王導全家。就在這種危機關頭，王導找周顗求救，周顗卻拒絕了王導。
後來王導緩過勁來，因此怨恨周顗，其實是王導冤枉了周顗。周顗一直在勸皇帝不要殺王導，之所以拒絕了王導的求救，是因為周顗有不得已的苦衷。
當時，王敦大軍隨時可能威脅帝國，如果周顗一方面勸晉元帝司馬睿信任王導，另一方面又與王導套近乎，司馬睿肯定會認為周顗是一個不值得依賴的小人，因為這種做法很像是周顗在司馬睿和王氏之間搞政治投機。就因為這個原因，使得周顗在面對王導的求救時，只能硬著頭皮拒絕。
等到王敦勝利之後，周顗依然與王導保持距離，因為他知道自己此時更不能與王導套近乎，否則只會更加危險。
如果周顗對王導說：“在皇帝要殺你全家之時，我曾竭盡全力幫助過你。不信你看我當時寫給皇帝的奏章！當時我拒絕你的求救，是有不得已的苦衷。”
周顗要是敢這麼做，肯定會死得更慘。因為這種做法只會讓人認為周顗腳踏兩隻船。到了那個時候，周顗必然會身敗名裂，所以周顗依然只能與王導保持距離。
此時的周顗，恐怕只能默默祈禱：趕快讓王導看到我為他寫的求情奏章吧，別讓他再誤會我了！
但當王導看到周顗為自己寫的求情奏章時，周顗已經死去多時了。對此，王導只能哭著說道：“我不殺伯仁，伯仁卻因我而死。”伯仁是周顗的字，王導一句話就可以令伯仁不死，但他就是一句話也不說。
至於譙王司馬氶的死，則是貴族與皇權之爭的外延。司馬氶出任地方軍政中心長官，代表了司馬家族擴張的開始。如果司馬家族的這種行為得到認可，那麼江南的經濟、政治和軍事資源恐怕就會逐漸成為司馬家族的囊中物，東晉帝國也會逐漸成為真正的大一統帝國。理所當然地，這種做法與貴族的既得利益有根本性衝突，不可能得到認可。
王敦起兵之時，甘卓一直在觀望，江南貴族周札和沈充更是公開支持王敦，陶侃等人則是動口不動手，坐山觀虎鬥，只有譙王司馬氶全力以赴地投入了平定王敦的戰爭中，在帝國都城被攻破之後，司馬氶依然在與王敦鬥爭。
譙王司馬氶為什麼不願意服軟？因為他很清楚：皇帝已經服軟了，如果自己再服軟，司馬家族以後就再也沒有任何強硬的可能了，司馬家族必須得有一個帶種的人站出來，和這幫操蛋的貴族抗爭到底！
從這層意義上講，譙王司馬氶的死，是皇權與貴族相爭的結果。
說實話，儘管司馬家族出現過司馬乂和司馬遹這樣的豪傑，但總體來說，我對司馬家族並無好感。因為他們的內鬥耗盡了中華民族的元氣，致使中原大地進入了將近三百年的亂世。
但當我看到譙王司馬氶的堅持時，卻情不自禁地想為他喊一聲好！
皇帝為了不被制衡，任用了幾個出身普通的官員，貴族們立刻用武力收拾皇帝。司馬家族當然不是啥好東西，但這幫壟斷仕途的貴族更不是啥好東西。
後世很多人說：王敦第一次叛亂成功以後，已經大權獨攬，成為了司馬懿一樣的人物。
這種說法就是在給王敦的臉上貼金，把他打扁捏圓左看右看，我也沒發現他有哪裡比得上司馬懿。
表面上看，王敦就像司馬懿那樣無所不能。可事實上，他連親自朝見皇帝的勇氣都沒有。在都城待了沒多久，王敦覺得實在是沒意思，就決定回武昌。
在王敦決定離開都城時，謝鯤（謝安的伯父）勸他應該親自向皇帝告別：“您當初起兵的口號是“清君側”，現在您已經為皇帝完成了這個任務，當然應該親自面見皇帝並接受表彰，怎麼能這樣一聲不吭地回武昌呢？”
王敦問謝鯤：“你敢保證我去見皇帝沒有危險嗎？”
謝鯤說：“我看是沒有危險的，如果您認為有危險，我可以陪著您一塊去，我可以用我的性命擔保您沒有危險。”
王敦氣得大罵：“你那條賤命值幾個錢？你這種人死上幾百個，對時局也不會有什麼影響的！”
說完以後，直接帶著部隊回武昌了。
敦既誅害忠賢，而稱疾不朝，將還武昌。鯤喻敦曰：“公大存社稷，建不世之勳，然天下之心實有未達。若能朝天子，使君臣釋然，萬物之心於是乃服。杖眾望以順群情，盡衝退以奉主上，如斯則勳侔一匡，名垂千載矣。”敦曰：“君能保無變乎？”對曰：“鯤近日入覲，主上側席，遲得見公，宮省穆然，必無虞矣。公若入朝，鯤請侍從。”敦勃然曰：“正復殺君等數百人，亦復何損於時！”竟不朝而去。——《晉書》·卷四十九·列傳第十九
就這幅熊樣，還有人說他像司馬懿？司馬懿雖然在後世經常被黑，但是司馬懿本人的實力還是值得肯定的。拿王敦這種貨色和司馬懿相比，我替司馬懿感到憋屈！
這也說明了一點：王敦的第一次叛亂雖然輕鬆獲勝，但他並沒有控制東晉帝國的力量。
雖然離開了都城，但王敦並不甘心。他很清楚：東晉依然是眾貴族共同執政的格局，但他認為自己實力強大，或許努力一把就能當皇帝了。
在這種矛盾心理的驅使下，王敦做出了試圖廢太子的舉動，也因為忌憚周顗和戴淵的影響力，所以最終在王導的默許下殺了二人。隨後，王敦又殺死了周札和甘卓。
種種跡象表明：王敦已經按捺不住了。他認為自己不管是朝前走還是往後退，都要面臨種種艱難險阻，既然如此，還不如博一把。
但王敦最終還是沒能走到最後一步，他病重了。
當王敦感受到死神的召喚之後，他似乎清醒了許多，立下了上中下三條計策。
我死之後，莫若釋兵散眾，歸身朝廷，保全門戶，上計也；退還武昌，收兵自守，貢獻不廢，中計也；及吾尚存，悉眾而下，萬一僥倖，下計也。——《資治通鑑》·晉紀十五
在王敦看來，他的繼任者首選是向皇帝表示臣服，其次是向皇帝表示妥協和退讓，最壞的選擇才是做一個亂臣賊子。
但王敦的繼任者卻選擇了下計，所以在王敦去世後不久，王敦一系就遭受了滅頂之災。
王敦被起出屍身，燒燬衣冠，並擺成長跪的姿勢戮屍，頭顱被斬下後與其繼任者的頭顱一同被掛在城南朱雀桁上，向平民展示。
王敦的屍首沒有人敢收葬，最後還是在尚書令郗鑑的建議下，才讓王敦家屬收葬。
王敦覆亡後，王敦各黨羽都被追捕，但琅琊王氏並未被牽連，王導等人更是加官晉爵。
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