戰火重燃
康熙三十六年（1697年），噶爾丹慘敗於昭莫多之戰之後病死，其侄策妄阿拉布坦藉助清王朝的力量打擊噶爾丹，統一整個準部的目的達到，1698年，策妄阿拉布坦成為整個準噶爾的大汗。
從康熙三十六年起，雙方維持了十八年的和平，直到康熙五十四年（1715年），策妄阿拉布坦終於按捺不住，決定繼續挑戰清王朝的霸權，派兵襲擊哈密北境五寨。按噶爾丹敗亡後，哈密即被清王朝所佔領。策妄阿拉布坦攻擊哈密，讓康熙立刻決定還擊。康熙派兵3萬，駐紮於青海、哈密、喀爾喀，對準噶爾西境發起進攻（實際進攻的戰兵在兩萬以上）。
康熙五十五年（1716年）清軍佔領巴里坤。然後，分兩路進攻策妄阿喇布坦，佔領了吐魯番，雖然清軍在局部戰役中有過勝利，但是未能站穩腳跟，只是在吐魯番設立了一個軍屯區。要看到，這一時期吐魯番的穆斯林反對準噶爾人統治的起義，客觀上對清朝的進攻起到了支持的作用。康熙五十四年至五十六年(1715—1717年)，清廷的用兵注意力集中在哈密方面。策妄阿喇布坦見已將清朝兵力吸引至漠北和漠西了，乃“治辦器械，預備行糧”，說要向哈薩克出兵，實際上後來是轉而染指西藏。也就是說，康熙完全中了策妄阿拉布坦的調虎離山、聲東擊西之計，而且準部顯然用一支偏師就抵擋住了清軍的入侵（即便清軍得到了土著的幫助）。
康熙
奇兵入藏
當時控制西藏的，是同屬於衛拉特的和碩特部拉藏汗。
為了達到奇襲的目的，策妄阿喇布坦先娶拉藏汗之姊為妻，後又將女兒博洛托克嫁給拉藏汗長子噶爾丹丹衷。康熙五十五年(1716年)十月，策妄阿喇布坦以送噶爾丹丹衷夫婦返藏為名，派大將大策凌敦多布、都噶爾、參都克、託布齊等率兵6000名，徒步繞戈壁，“逾和闐南大雪山，涉險冒瘴，晝伏夜行，次年七月，始達藏界。
由北疆入藏，需要越過平均海拔四千米，最高處海拔七千多米的天山繞過五百公里縱深的塔克拉瑪干沙漠，還要攀登最高處海拔七千米的崑崙山，才能爬上世界屋頂的西藏境內，然後又要在一千二百公里不見人煙的冰天雪谷中秘密行軍。其艱難，可以自行想象。且，準噶爾軍開始時因“自遠路衝雪而來，士卒凍餒，馬駝倒斃，沿途食人犬，俱徒步而行”。還因不服水土，普遍患了水腫病。而準軍到達阿里時，藏軍也發現了他們不懷好意，發起奇襲，準軍被擊殺200餘人。
但是準噶爾軍有進無退，從淨科爾庭山夜間越過山嶺，經騰格里湖(今納木錯湖)直指達木，拉藏汗調衛藏軍隊至藏北佈防。雖然藏軍將領頗羅鼐及崩塘巴臺吉等奮力抵抗了兩個月，防線仍然被攻破。實際上，策妄阿拉布坦已經派了一支援軍前往青海西寧的塔爾寺，準備由青海入藏夾擊。然而這支兵馬中途被清軍擊潰。
但大策凌敦多布僅僅靠著手上疲憊缺糧的6000人，大破數萬和碩特-西藏聯軍。隨後，準噶爾人開始對藏人進行調略以分化瓦解，拉藏汗失去一部分藏人的支持，準噶爾軍得以攻入拉薩，將拉藏汗擊殺，和碩特汗國滅亡。
須知和碩特汗國在西藏經營百年，已得當地民心。大策凌敦多布萬里奔襲，以寡擊眾，連摧險阻，攻破強敵，一戰獲勝，不愧當時的東亞頭號名將。
清軍的進擊
得到準軍入藏消息，康熙坐不住了。
如果讓準噶爾穩固地控制了西藏，不同於對清友好的和碩特汗國，準噶爾可以自西藏向雲南、四川、青海、甘肅等各個方向攻擊清朝，清朝的防禦壓力將激增。
一開始，康熙還很樂觀地判斷——【第一，西藏達賴喇嘛所蓄糧餉頗多，器械也充足，而且西藏人都很守法。第二，策妄阿喇布坦“無故欲毀教佔藏，眾人豈肯容伊!且策凌敦多布等之兵疲敞已極，除陣亡病死外，未必滿二千，又安能取得拉藏城池?”第三，關於策凌敦多布的結局只能是，要麼攻西藏，但他兵力不支，只能撤兵而回，回頭也無生路，要麼因情急，恣行侵掠，也有可能。】
考慮到青海親王羅卜藏丹津向康熙的報告，也是說策妄阿喇布坦屬下策凌敦多布等，領兵3000人來西藏，想滅拉藏汗；我們可以推測，準噶爾軍入藏雖有6000人，但戰兵不過3000而已，剩下的都是負責輜重補給的輔兵。但拉藏汗戰死，西藏全境淪陷的消息，給了樂觀的康熙帝一記狠狠的耳光。
這時候，在哈密一帶的清軍已經增兵到6萬人（戰兵3萬，輔兵3萬）。如此多的兵力，卻根本無從發力。康熙很快發出命令，於二月十三日“以西安將軍額倫特以軍數千赴援，而遣侍衛色稜宣諭青海蒙古備兵”。同時，駐守阿爾泰山的大將，振武將軍傅爾丹上書，請求趁準噶爾腹地空虛，直搗伊犁，以收圍魏救趙之效。這也是個搞笑的意見，準部總共就6000人入藏，留守的兵力多達數萬。清軍連烏魯木齊都打不下，說什麼直搗伊犁圍魏救趙。而負責率軍入藏的額倫特和色楞也發生了爭論，額倫特提出另一個搞笑的意見，引誘大策凌敦多布從西藏出來，然後與青海蒙古王公察罕丹津聯兵，圍而殲之。
得到康熙要求直取西藏命令後，色楞率領2400名陝西八旗綠營精兵，由青海湖方向向西藏向輕騎疾馳，額倫特則率領4000餘人隨後進發。需要強調的是，康熙朝經過三藩之亂的磨礪，八旗綠營可戰者仍多，西安又是屯兵重地，由此調兵，選精銳六千餘人，戰鬥力當不可低估。
額倫特的意見繼續與色楞相左，建議等待青海蒙古的援兵。但色楞認為青海蒙古人戰鬥力低下，且缺乏作戰意志，要他們援助反而空耗糧草，毫無意義，憑藉六千多八旗、綠營精銳，足以摧毀大策凌敦多布的兵力。按大策凌敦多布的6000人，戰兵僅3000，則理論上說，色楞的說法也沒錯。何況，四川方向，還有四川提督康泰率領2000多人從打箭爐進發，牽制準軍。兩面夾擊之下，大策凌敦多布似乎毫無勝算。
強勢逆轉
大策凌敦多布深知準噶爾在西藏毫無根基，背水一戰，置之死地而後生。他唯有將手上所有的蒙古兵拿去迎擊青海方向的清軍，而四川方向交給藏軍應付。無疑，只要大策凌敦多布這一路稍有不利，川西方向的藏人就會熱情地將清軍迎接進來，夾擊準軍。
大策凌敦多布率領4000多準軍（戰兵2000-3000人）迎擊清軍，又動員了上萬藏兵輔助，但藏兵戰鬥力低下，不能作為倚仗。清軍抵達那曲之後，兩軍夾喀喇烏蘇河對峙。這時候，大策凌敦多布反而悠閒了起來。河南北岸各有一小山，南山高出北山約五十米。
準噶爾軍紮營南山之上，用槍炮與北山的清軍對射。清軍擁有子母炮等重型火器，雖然火器質量不如準噶爾（準噶爾引進了沙俄和印度的火器），但數量有優勢。不過，準軍居高臨下射擊，不但削減了清軍的火力密度優勢，更使得準軍的火器射程優勢更好發揮出來，對射之下，清軍損失反而更大。大策凌敦多布也能節省彈藥，控制其使用。由戰場的選擇，就可知道大策凌敦多布料敵機先，廟算之高明。
之前額倫特建議色楞紮營在對面山上，但那時候大策凌敦多布已經抵達戰場附近，如果清軍倉促渡河，就會被埋伏在一邊的準軍殺出，半渡而擊。色楞過度謹慎，實際上是使得清軍多堅持了一段時間。對峙期間，大策凌敦多布更是發揮出準噶爾遊牧騎兵機動力的優勢，派出遊騎劫奪清軍馬匹，削弱清軍戰力，擾亂其軍心。
如果四川方向入藏的清軍行進速度足夠快，可能還能讓準噶爾後方起火。但是康泰因為運糧不濟，行進緩慢，而嚴厲督責運餉士兵，導致譁變，反而更加耽誤了行程。而清方物資糧草消耗既速，坐鎮後方的內大臣策旺諾爾布便派出糧隊，向額倫特、色楞部運送補給物資。但糧隊運送到半路上，就遭到大策凌敦多布派出的奇兵襲擊，全軍覆沒。
團滅巴圖魯
1718年閏八月初一到初七，計算清軍糧草將盡，士氣低落的大策凌敦多布，決意轉守為攻。
他率領準軍和藏族武裝，大舉渡河，將清軍紮營的小山團團包圍。據額倫特最後的奏報——“賊眾大至，築壘放槍以犯我軍”，大策凌敦多布採取了非常謹慎的進攻方式，修築工事壕溝，用火力掩護，不斷向山上推進，壓縮包圍圈，消耗清軍，令清軍無路可逃。清軍多次出擊，試圖擊退準軍，皆告失敗，陷入殺馬而食的窘境，許多士兵死於飢寒疾病。
九月二十八日，額倫特率領數百精兵先行突圍，但滿清鐵血巴圖魯們經過長期的對峙，早已銳氣盡喪，被準噶爾騎兵追殺之後，一陣馳射，全部被殲，額倫特亦戰死。此時困守那曲營地的清軍因為與準噶爾軍連番鏖戰及凍餓疾病，僅剩千餘人。他們看到額倫特的屍體之後，士氣完全崩潰。色楞不得已之下，進入準噶爾軍營談判，遭到扣押，剩下的清軍不得不全體投降，淪為戰俘。其中除了428人後來經過班禪的斡旋，得以返回清朝之外，色楞在內的大多數人都因為凍餓和虐待，死在西藏雪原。
鐵血的大清巴圖魯精銳部隊，就在西藏的門口遭到團滅。而準噶爾軍的傷亡，不過區區數百人。 大策凌敦多布巧妙運用工事壓縮敵人生存空間，以騎兵機動力優勢斷敵糧道，一舉全殲，恰似一場微縮版本的長平之戰。
準噶爾軍隊
大捷背後的危機
川西一帶的藏族武裝得到大策凌敦多布大勝的消息，做出決定，派喇嘛與四川提督康泰交涉，將其誘殺，而後在狹窄地形奇襲清軍，清軍很快全軍崩潰，四散而逃。
大策凌敦多布靠著5000多準軍（戰兵僅3000左右），及萬餘藏族武裝的支持，全殲了青海方向僅戰兵就多達6000人的清軍精銳部隊，四川方向的清軍也遭到了致命打擊。如此徹底的勝利，足以讓大策凌敦多布在歷代名將的排行上有一席之地。然而，與清軍的連番鏖戰，消耗了西藏喇嘛、貴族們儲存的大量物資。
準噶爾在西藏可謂毫無根基，並不像和碩特汗國百年經營。雖然大策凌敦多布竭力維持軍紀，但仍然發生零星的暴行，而在貧瘠的西藏大量徵收錢糧物資進行作戰，更使得藏人極為不滿，蠢蠢欲動。隨著更多清軍即將趕到，西藏高原上也暗潮洶湧，藏人貴族們覺得，他們需要一個能給他們和平的宗主了……
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