由於繼位以來面對國內外各種反對密謀，英國伊麗莎白一世女王特別重視情報戰，她手下的精兵強將除了威廉·塞西爾男爵，還有一位後起之秀——弗朗西斯·沃爾辛厄姆爵士（1532-1592，人稱“間諜大師”）。他是個嚴謹的新教徒，受過高等教育，聰明機智，善於把握人的心理。他曾給塞西爾秘密寫過一封自薦信，對英國面臨的挑戰和應對戰略瞭然於胸，給塞西爾和女王留下了良好印象。1570年，他被任命為英國駐法國（法國是天主教大國，也是反對伊麗莎白的另一個基地）大使，期間挫敗了一系列針對伊麗莎白的陰謀。1573年他接替塞西爾出任伊麗莎白的首席秘書。沃爾辛厄姆的主要職責是保護女王，摧毀一切女王敵人的密謀。而在女王的諸多對手中，他認為最最危險的非瑪麗·斯圖亞特莫屬。他甚至說過，只要瑪麗一日不除，女王就永無安寧之日。為了維護女王的利益，沃爾辛厄姆建立了一個擁有龐大情報來源的保密局，他的密探滲透到各個大使館和國內外港口，這個傳奇的組織專門成立了密碼破譯小組（日後獲悉西班牙“無敵艦隊”準備進攻英國的絕密情報是它的一大偉績），他還讓手下人嚴密監視著瑪麗的住宅。
伊麗莎白的另一情報主管弗朗西斯·沃爾辛厄姆爵士
1583年，弗朗西斯·沃爾辛厄姆主政時期，英國情報部門又破獲了一樁驚天逆謀。是年4月，沃爾辛厄姆派出的間諜潛入法國駐英國大使館後，弗倫西斯·斯羅克莫頓被抓獲，他被懷疑是瑪麗手下的情報人員。在他身上搜出了陰謀團體的名單和完整的入侵計劃。嚴刑逼供下，斯羅克莫頓招供出瑪麗·斯圖亞特和西班牙大使門多薩計劃由西班牙出兵進攻英國，擁護瑪麗為新任女王。之後斯羅克莫頓被處死，外交官門多薩則被驅逐出英格蘭。
就在斯羅克莫頓一案結束沒多久，1584年，又發生了一場刺殺未遂事件。主謀是威廉·帕裡醫生。此人先後兩次和富孀結婚，但很快花光了她們的財產，並負債累累。走投無路之下，他寫信給塞西爾，請求參與情報工作，因此做了英格蘭政府的間諜。在1582和1584年間，他多次往返歐洲大陸和英國，執行機密人物。但此外，他和瑪麗的盟友交情也頗深，甚至有時還參與他們計劃的討論。很快，他的雙重間諜身份就沃爾辛厄姆察覺了。1584年1月，伊麗莎白將他召回宮中，並接見了帕裡。這個機靈的醫生巧舌如簧，他向女王解釋，之所以參加反叛者的陰謀是為了更好地打入敵人內部，放長線釣大魚，日後才能將亂黨一網打盡，他甚至還把同羅馬教廷往來的絕密書信呈獻給女王。於是，伊麗莎白寬恕了他的罪行，並給予了一筆可觀的獎金。1584年11月，帕裡還當選為肯特郡昆斯博羅的地方議員。但伊麗莎白給予的津貼並不能償還帕裡的所有債務，他也沒有得到理想中的好處，於是這名議員又動搖了，他回到了瑪麗·斯圖亞特特盟友的陣營中，這一次是死心塌地。1584年，他制定計劃打算在伊麗莎白外出騎馬時槍殺她，後又有潛入王宮花園刺殺伊麗莎白的企圖。但這些計劃被他的心腹內維爾知曉並向沃爾辛厄姆告密。帕裡很快就被捕了，在獄中他還寫可一篇悔過書，但悔過書裡滿紙虛情假意，他再也得不到女王的赦免了。1585年3月2日，帕裡以叛國罪被當眾處死。
伊麗莎白女王和她的左膀右臂威廉·塞西爾與弗朗西斯·沃爾辛厄姆
從1568年蘇格蘭女王瑪麗·斯圖亞特特被英格蘭軟禁以來，五花八門的陰謀就層出不窮，屢禁不止。北方貴族叛亂、利道爾菲陰謀、斯羅克莫頓陰謀、帕裡陰謀只是其中滄海一粟。沃爾辛厄姆深知，不管對瑪麗的監控多嚴格，她總能找到突破藩籬的方法，何況國外還有大量的不犯分子唯其馬首是瞻。與其留著她擺弄陰謀詭計，不如給她羅織罪名以求“徹底解決”。雖然伊麗莎白一直對瑪麗心存憐憫，但沃爾辛厄姆還是暗自策劃了一個能置瑪麗於死地的反間計。
沃爾辛厄姆的計劃是，利用一個雙面間諜打入瑪麗·斯圖亞特特集團的內部，與那些反叛者制定一個暗殺伊麗莎白的計劃書並誘使瑪麗在上面簽字。這樣一來，他就能拿到瑪麗弒君叛國的確鑿證據，即使女王有意寬大，但鑑於國會已通過《女王陛下人身安全法》，只要他遞交罪證，依照法律，瑪麗·斯圖亞特特就將被合法地明正典刑。
伊麗莎白一世
沃爾辛厄姆手下有個名叫朱福特的間諜，是一位天主教紳士。他表面上擁護瑪麗登基，瑪麗的支持者對他也完全信任的。朱福特出生在斯塔福德郡的一個天主教貴族家庭，他的父親因信奉天主教而入獄。朱福特在年輕的時候就被送往法國蘭斯的耶穌會神學院接受教育，這個地方是專為英國的反宗教改革計劃培養的傳教士和間諜的。他的家世、教育都無可挑剔，隱藏得如此之深，無人能想到他竟是忠於伊麗莎白的間諜。1585年，朱福特在巴黎住了幾個月，與瑪麗·斯圖亞特一派的主要的領袖彼哲特大主教和托馬斯·摩根見了幾次面，朱福特向他們吹噓他有辦法解救被囚禁的瑪麗·斯圖亞特。於是，信以為真的彼哲特大主教和托馬斯·摩根將朱福特派往倫敦，推薦給了法國大使沙特涅夫。沙特涅夫一開始對朱福特半信半疑，但後來朱福特出神入化的表演使他也完全放鬆了警惕。法國大使館作為瑪麗·斯圖亞特特的間諜中心之一，存放著許多給瑪麗的密函，沙特涅夫因此把一封寫給瑪麗·斯圖亞特特的信交給朱福特，讓他想辦法送到瑪麗手裡。
朱福特懷揣密信回到了故鄉斯塔福德郡，住在離囚禁瑪麗·斯圖亞特特的恰爾特利城堡只有幾英里的叔叔的宅邸裡。不過當時瑪麗受到了最嚴密的監視和看護，私下傳遞信件可謂難於登天。朱福特在充分觀察了禁錮地的情況後，決定開始行動。當地有一個出名的啤酒釀造商每星期都要送一桶啤酒到恰爾特利城堡，人們把該釀造商叫作“老實人”，頗為信任。朱福特利用這個機會在送往城堡的酒桶裡動了手腳，他在一個雙層底的酒桶裡放置一個隱藏信件的水壺，城堡的管家在拿到酒桶並將啤酒倒出來後就會把看似是空的酒桶交給瑪麗·斯圖亞特特的秘書，秘書再從其中取出文件送至給瑪麗·斯圖亞特處。等第二次再送啤酒時，瑪麗·斯圖亞特特就能以同樣的方式將回信發出。但斯圖亞特黨人始料未及的是，這些密信最終都會落到朱福特的手中，再星夜送往倫敦，交由沃爾辛海姆的破譯密碼小組（其中的領軍人物是破譯高手托馬斯·費列普斯）將信件翻譯出來。事實上，“老實人”曾提醒過瑪麗·斯圖亞特特不可掉以輕心，應對朱福特保持戒心。但彼哲特和摩根都拍胸脯保證朱福特十分可靠，也就打消了瑪麗·斯圖亞特的一絲懷疑。連法國大使沙特涅夫也對朱福特深信不疑，將所有私密信件都給他轉遞至瑪麗手中。這樣一來，沃爾辛海姆對於瑪麗一黨的核心信息就瞭如指掌了。他驚訝地發現，前蘇格蘭女王居然有一個龐大健全的間諜情報系統，從不列顛島、尼德蘭、巴黎，到馬德里、羅馬，隨處都有她的間諜身影。而西班牙國王腓力二世、尼德蘭總督也與瑪麗有著緊密聯繫。這些信件坐實了他之前的懷疑，他感覺一勞永逸地拔掉瑪麗這顆釘子更加迫在眉睫了。
對瑪麗·斯圖亞特的審判
1586年5月，沃爾辛海姆又發現了密謀集團的另一重要人物，他就是耶穌會牧師約翰·巴拉德。他在法國完成學業後，來到英國為瑪麗·斯圖亞特特展開間諜生涯。這次他去到巴黎，秘密會晤了西班牙駐法大使門多薩。巴拉德向他說明了英國天主教徒正預謀暗殺伊麗莎白並扶持瑪麗·斯圖亞特特登上王位的計劃，門多薩聽完後十分高興，他表示西班牙將會給予鼎力支持。
而與此同時，朱福特正在為這個計劃物色刺客人選，他找到了一個名叫巴賓頓的天主教徒，此人曾公開表示將永遠效忠於蘇格蘭女王，死而後已。但巴賓頓只同意參與解救瑪麗·斯圖亞特特的計劃，拒絕暗殺伊麗莎白，他懷疑這樣做會違背了天主教教義。朱福特於是找來巴拉德來勸服他。巴拉德很快就與巴賓頓取得了聯繫，他逐步打消了後者的顧慮，還告訴巴賓頓，已經找到了一個自願的刺客，此人名叫約翰.薩維吉。但他認為只有薩維吉去執行這項任務太過冒險，希望巴賓頓能提供幫助和支持。巴賓頓同意了，他聯繫了幾個志同道合的朋友相約前往倫敦暗殺伊麗莎白，之後又召集了一百多名死士，準備前去營救瑪麗·斯圖亞特。
1586年6月，巴賓頓的計劃逐漸成熟，他開始與瑪麗·斯圖亞特特通信，信上提出了暗殺伊麗莎白、引西班牙入侵、擁護瑪麗·斯圖亞特特登基的方略。朱福特還誘使巴賓頓相信如此偉大的計劃應該獲得瑪麗·斯圖亞特的明確支持。先前，托馬斯·摩根曾寫了兩封信給瑪麗·斯圖亞特，提醒她要謹慎行事，不能輕易在有損名譽的文件上簽名。但很快她又收到了第三封信，信上一改之前的說辭，建議瑪麗·斯圖亞特應與密謀者們取得直接聯繫。而這第三封信恰恰就是沃爾辛厄姆手下的偽造筆跡高手費列普斯的傑作。7月12日，“老實人”把這封偽造的信函交給了瑪麗·斯圖亞特。蘇格蘭女王看到信上所提及的計劃十分欣喜，她認為復辟的機會終於來了，考慮再三，她終究留下了那致命的一筆。7月17日，瑪麗·斯圖亞特特給巴賓頓回信，信上說：她極其讚賞這個計劃，紳士們可以期待她力所能及的一切獎賞。但信上只有對計劃的讚許，並沒有對暗殺伊麗莎白直接態度。費列普斯於是又在這封密信上添上了暗殺伊麗莎白女王的具體內容，並在信件的後面附加了一句話，要求巴賓頓告訴她所有密謀者的名字。巴賓頓的輕率地照辦了，沃爾辛厄姆獲得了夢寐以求的破案線索。
在這段時間裡，巴賓頓為了獲得外援，讓巴拉德去了一趟法國，而自己則向沃爾辛海姆申請巴拉德用於出國的假名護照。他偽裝自己是愛戴伊麗莎白的，聲稱出國目的是利用天主教對其的信任，隨後揭發他們的陰謀。沃爾辛海姆心知肚明，“稱讚”他的堅忠，並答應將為其提供幫助。然而，就在巴賓頓苦苦等待護照時，竟傳來了巴拉德被捕的消息。他嚇得驚慌失措，連忙聯繫沃爾辛海姆。沃爾辛海姆給他的解釋是這只是平常情報人員按慣例搜尋一些天主教徒和神學院教士而已。但巴賓頓已經嗅到了一股危險的氣息，他立馬找到薩維吉，為他提供資金購買行頭以便接近女王。可為時已晚，就在他們準備行動時，門外響起了皇家騎警隊的馬蹄聲，他們急忙逃竄開來。1586年8月15日，巴賓頓等同夥皆被捕入獄。與此同時，恰爾特利城堡也被包圍，就在瑪麗·斯圖亞特特企圖趕到書房燒燬那些密信時，警察們已奪門而入對她進行了逮捕，她的城堡也被徹查，所有的密信都被搜查出來。瑪麗·斯圖亞特旋即被關押進另一個戒備極為森嚴的監獄中。
同年9月18日，特別審判委員會審訊了巴賓頓及他的同夥們。在法庭上，他們皆承認有罪。9月20日，這些叛逆者被施以最嚴酷的刑罰。
10月下旬，特別審判委員會以上一年度專門通過的法案為依據，一致認為瑪麗·斯圖亞特特涉嫌暗殺伊麗莎白女王，議會同意這一指控並請求對瑪麗執行死刑。執行書需要得到伊麗莎白的簽字同意，然而伊麗莎白感到極為不安，她宣稱甘願一死也不願目睹這一有辱斯文的場面，她並不願意對和自己王族親屬行刑，何況瑪麗也同樣貴為女王。
1587年新年即將到來，而伊麗莎白還沒有要簽字的意願。於是民間開始謠言四起，有人說瑪麗·斯圖亞特已成功越獄，有人說西班牙軍隊將要登陸英國本土，甚至還有人說伊麗莎白其實已經被謀殺了。這些謠言給伊麗莎白施加了巨大壓力，不過也有後來的史學家懷疑這都是沃爾辛海姆和塞西爾逼破伊麗莎白簽字處死瑪麗的計謀。
對瑪麗·斯圖亞特的死刑判決書，右下角為伊麗莎白的簽字
當下，只要有處死瑪麗·斯圖亞特才能平息以上流言蜚語，穩定民心。1587年2月1 日，伊麗莎白終於簽署了行刑令，並同意國務大臣戴維森交予塞西爾蓋章。然而到了2月2日，伊麗莎白卻派人去找到戴維森，囑咐他暫時不要將行刑令送去蓋章。戴維森連忙向女王回報辦完手續，伊麗莎白看上去有些鳳顏不悅，她責備戴維森行事魯莽。但木已成舟了，當瑪麗·斯圖亞特特將於2月8日上午被處以極刑的消息傳到伊麗莎白耳裡時，她大為震驚，把過錯都推到了戴維森身上，並將他關進了倫敦塔，若干年後才歸還其自由。
瑪麗·斯圖亞特被押赴刑場
影視作品中瑪麗女王被處決的一幕
1587年2月8日，這是英國曆史上第一位君主經審判而判以死刑的特殊日子。瑪麗·斯圖亞特在萬人矚目中被送上了斷頭臺，終結了她充滿悲劇與陰謀的一生。隨著瑪麗·斯圖亞特之死，英格蘭獲得了暫時的安寧。伊麗莎白一世即位時英格蘭本處於宗教分裂的混亂狀態，但她不但成功地保持了英格蘭的統一，而且在經過近半個世紀的統治後，使英格蘭成為歐洲最強大和最富有的國家之一，成功擊敗了腓力二世的無敵艦隊，並將亨利四世送上了法蘭西的王座。英格蘭文化也在此期間達到了一個頂峰，湧現出了諸如威廉·莎士比亞、弗蘭西斯·培根等著名人物，她統治的時期被稱作英格蘭歷史的“黃金時代”。2002年，在由BBC主持民眾公選的“最偉大的100名英國人”中，伊麗莎白名列第七，超過了英國曆代所有君主。不僅如此，伊麗莎白高度重視情報戰的作用，她麾下塞西爾、沃爾辛海姆等人，成功打造了當時歐洲最專業、最高效的情報機構，有力保障了女王的統治，並使她在於國內外政敵的鬥爭中，立於不敗之地。因此，伊麗莎白的時期也是英國間諜的一個黃金時代。
伊麗莎白一世的葬禮
伊麗莎白一世之墓
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