子午流注針法是一種以時間條件為主的配穴法，是在五輸穴的基礎上發展起來的，所以運用此法須熟練運用五輸穴和時間對應的關係。
此法產生於宋金之際,早期著作為金代閻明廣編著的《子午流注針經》。書中首載何若愚所撰《流注指微賦》。據述,何氏先寫《流注指微論》三卷,後改寫成《賦》,閻氏於1153年得此,加以註解,並編集有關資料成書。《子午流注針經》將子午流注配穴法畫成圓圖及編成歌訣介紹,後來醫家在此基礎上又有所補充修改。明代徐鳳在《針灸大全》中把它改寫成《子午流注逐日按時定穴歌》十首,每日一歌,十日一週轉,配穴法趨於周密,臨床運用多以此為據。徐風於歌訣後有說:“餘今將流注按時定穴,編成歌括一十首,使後之學者易為記誦。”以後《針灸聚英》、《醫學入門》、《針灸大成》等書加以轉載,多稱“徐氏”。近人著述,有誤指為南北朝時徐文伯者(承淡安等《子午流注針法》),不可為據。子午流注針法之外,又有靈龜八法、飛騰八法等,則屬“八脈八穴”的按時配穴法。
關於按時配穴法的理論淵源,可以追溯到《內經》。在《內經》中多處闡述了“人與天地相應”思想,還從營衛氣血的運行說明針刺應當與時相應。《靈樞·衛氣行》篇說:“謹候氣之所在而刺之,是謂逢時。”子午流注就是以這一理論為指導,以五輸穴為基礎,結合日時干支的運算,創立了具體的按時配穴法。“子午流注”的名稱,子午是十二地支中陰支與陽支的代表,《靈樞·衛氣行》篇已有說:“子午為經,卯酉為緯”。流注一名則是從“所溜(《難經》作流)為滎、所注為輸”的用語而來,可知其理論導源於《內經》、《難經》。靈龜八法和飛騰八法,則是以八脈八穴為基礎的按時配穴法,前者較為多用。關於八脈八穴,最早見於金元時期竇漢卿的《針經指南》。由於八穴能主治有關八脈的病症,適應面很廣,後來將八穴配合九宮、八卦、日時干支,成為又一種按時配穴法。飛騰八法的配合關係略有不同,兩法均載於徐風的《針灸大全》。
從上述可知,幾種按時配穴法都是始於宋金之際,而完成於明代。其中以子午流注法最受注重。李極在《醫學入門》中曾說:“寧守子午而舍靈龜”,近人的臨床應用亦大多如此。
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