科幻船塢
先說量子顯微鏡。
另一個觀察原子最普遍的一種顯微鏡叫STM顯微鏡。
它的工作原理利用的是量子隧穿效應。
這是個非常神奇的現象。
舉個栗子，一個人站在一座山下，如果他想到山那邊，他就必須爬過這座山。但到了量子領域，神奇的事情發生了，這個小小的量子（比如電子）竟然不用爬山，而是神奇地找到並穿過了“山體隧道”，到達了另一邊。這就是量子隧穿效應。
一句話說明白，量子可以穿牆而過，而你卻只能頭上撞個大包。
STM正是利用這一原理，用一根很細的探針，針頭上只有一個原子，然後在針尖上施加一個電流，然後讓這個原子去接觸被測量的物質，根據電流和距離的關係，我們就能知道原子長啥樣和怎麼排列了。
利用STM，科學家終於可以看到物質的原子層面是如何構成的了：
如上，科學家們可以利用那根探針，隨意地移動原子，並且可以利用這一技術進行原子層面的工程搭建，當然了，這裡《三體》小說中，質子的高維度展開和蝕刻還是差太遠了。
原子都能隨便擺弄了，分子就更不成問題了。比如，我們可以利用STM，對一些DNA進行重新編輯等。
曾經人們認為STM就是人類的觀測極限，但隨著量子技術的不斷進步，未來讓我們一睹電子、質子，甚至夸克的真實面貌，也不是不可能。
科學重口味
顯微鏡（電子顯微鏡或質子顯微鏡）看到的應該是‘’電子雲‘’。原子的模型，即：原子物理學，是量子力學的原子物理學，即是量子力學在原子中的運用，具體一點說：就是定態薛定諤方程運用於原子中的電子。所謂定態就是有向心力作用的束縛態；在原子中，向心力是由帶正電荷的原子核提供的靜電吸引力。原子的具體模樣：應該呈球體！為什麼呢？答：這是因為體積相同的同一種純物質（或物體），以球體的表面積為最小！而表面積最小可以保證其表面自由能最低，這符合原子體系的能量最低原理的要求！所以單個的原子的具體模樣是球形狀。
藍色基調9
你說的是哪種顯微鏡，普通光學顯微鏡根本看不到原子！看得到原子的是電子顯微鏡，利用的是高速電子束掃過, 再分析電子的反彈和通過現象，成像！所以電子顯微鏡觀察的最小程度也就是原子，和分析出原子核存在！電子的發現是靠雲室和理論物理！
依然那長風
我想每種材料都有DNA 吧，也就是每種材料都有分子、原子、中子、質子、電子……的DNA 序列，這才有了每種材料的屬性，不知道是不是這樣的，
