1994～1995賽季，公牛的主場搬到了新建的芝加哥聯合中心球館，喬丹還沒有回來，球隊依然在沒有喬丹的日子繼續開始新賽季的征程。在1995年3月18日，喬丹向全世界所有鍾愛他的球迷宣佈：“I'm back.”（我回來了）。公牛以47勝35負的戰績結束了這個賽季，季後賽的公牛顯然沒有做好準備，首輪輕鬆擊敗黃蜂之後，次輪被魔術六場解決，連續第二年無緣東部決賽。
積攢了近兩年力量的喬丹，在1995～1996賽季徹底爆發。休賽期的公牛繼續加強陣容，他們通過交易獲得了籃板王“大蟲”丹尼斯·羅德曼，喬丹、皮蓬和羅德曼的“鐵三角”構成了公牛第二個三連冠的基石。1995～1996賽季，公牛在常規賽中所向披靡，以72勝10負創歷史的戰績結束常規賽。季後賽中，前三輪面對邁阿密熱火、紐約尼克斯和奧蘭多魔術，公牛也只輸掉一場比賽，輕鬆打進總決賽。面對“雨人”坎普和“手套”佩頓組成的超音速，公牛也毫不留情，4∶2戰勝對手第四次獲得總冠軍。1996～1997賽季和1997～1998賽季，公牛分別拿下了69勝和62勝。總決賽中，兩次面對猶他爵士，雙方創造了一系列的經典場面和進球。但馬龍和斯托克頓的“猶他雙煞”也無力阻止喬丹和皮蓬，兩個4∶2讓公牛第二次實現了三連冠。
再次奪得三連冠之後，已經35歲的喬丹第二次宣佈退役，而隨後皮蓬也遠走休斯敦，羅德曼自由離隊，盧克·朗利和史蒂夫·科爾等重要球員被交易出去，“禪師”傑克遜則馬放南山，宣佈休假一年，公牛王朝的頂樑柱徹底坍塌。從此，後喬丹時代的公牛陷入了沉淪和掙扎，進入了漫長的重建階段。進入了漫長的重建階段
1998～1999賽季，是NBA因為勞資糾紛而導致的縮水賽季，公牛在庫克奇的勉強支撐之下只取得了13勝37負成績，無緣季後賽。此後的幾個賽季，戰績極差的公牛連續獲得了高順位的選秀，並不斷地尋求交易，試圖儘快重建球隊。1999年選中了埃爾頓·布蘭德和羅恩·阿泰斯特，2001年則通過選秀權換來了
賈瑪爾·克勞福德，換來了布拉德·米勒，2001年選中了埃迪·庫裡，並選中了泰森·錢德勒，2002年換來了“密歇根五虎”之一的賈倫·羅斯，2002年第二順位選中了傑·威廉姆斯。但是，不斷的選中新秀，不斷的交易球員，並沒有換來公牛戰績的提升，從1998賽季到2002～2003賽季，公牛的勝場數分別為13、17、15、21和30。
2002～2003賽季中段，曾經選中喬丹並一手打造了王朝的公牛總經理克勞斯因為這幾年糟糕的選秀和交易，而被老闆炒了魷魚，曾在總決賽中投中過制勝一球的前公牛神投手約翰·帕克森出任總經理。更換了總經理，公牛開始向重建之路邁進。2003年公牛用第7順位選中了科克·辛裡奇，皮蓬也再次重返公牛。2004年，
公牛再次拿到了3號籤，這次他們選擇了與喬丹有相似的“殺手”本·戈登，在第7順位通過選秀交易選中了羅爾·鄧。兩人和辛裡奇一起，幫助公牛在2004～2007連續三個賽季打入季後賽。值得一提的是，在2007年季後賽首輪中，公牛面對2006年總冠軍邁阿密熱火，4∶0直接將對手橫掃出局，這也讓熱火成為歷史上第一支首輪被橫掃出局的衛冕冠軍。
2007～2008賽季因為傷病和其他因素的影響，剛剛看到重建希望的公牛再次無緣季後賽。不過，這也為他們2008年的好運播下了種子。2008年選秀大會上，僅有1.7％幾率的公牛隊幸運的拿到了狀元籤，他們選擇了芝加哥當地人德里克·羅斯。而羅斯也不負狀元之名，在2009年拿到了最佳新秀，並幫助公牛打入季後賽。在季後賽首輪，羅斯率領公牛頑強地與衛冕冠軍凱爾特人大戰7場，最終3∶4不敵落敗。雖然沒能將衛冕冠軍挑下馬，但是羅斯的表現讓我們看到了他未來成為超級巨星的潛質，而公牛隊則再次讓我們看到了崛起的希望。
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