結算風險泛指不能在預定時間進行結算的風險。這類風險既包括信用風險，又包括流動性風險。如果交易對手不能在到期日進行全額支付結算，而只能在將來某個不確定的時間進行結算，這種風險就稱為流動性風險。流動性問題產生的原因包括在某段時間內從其他來源獲取資金的交易成本、機會成本，同時還存在其他償付義務違約的情況，如其他參與者違約造成該參與者出現流動性問題。
此外，由於操作失誤導致支付不能在預定時間內結算，也可能是流動性風險的一個來源。如果交易對手既不能在到期日，也不能在此以後的任何時間進行全額支付結算，我們稱這種風險為信用風險。如果交易對手進入了破產程序，則不能進行結算。如果支付系統的某個參與者或支付系統本身資不抵債，剩下的這些參與者可能就會遭受損失，損失大小與它們在破產方的頭寸相關。然而在實際操作中，很難明確辨別流動性風險與信用風險。
系統性風險是指由於支付系統的某個參與者不能履行其義務而造成其他參與者不能在到期日履行義務的風險。如果這種風險足夠大，可能產生危及金融市場穩定性的信用問題或流動性問題。原則上說，參與軋差系統的機構及其客戶可能面臨系統性風險，原因在於這種系統將一組金融機構的多次支付結算一次性連接在一起。[3]系統風險還可能存在於範圍更廣的安排中，包括雙邊清算及代理行安排。
儘管零售支付的結算失敗會給一個經濟體造成諸多不便，但是零售支付的清算結算系統並不是產生系統風險的主要來源。這主要是因為，與大額系統處理的支付總額相比，零售支付系統處理的支付總額較小。對零售支付系統而言，操作風險與造假（偽造）風險比結算風險更值得關注。
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