盆景樹的樹幹部分就是上面連接樹冠頂部，下面連接樹樁根部的主幹部分，這部位是整個盆景最重要最有表現力的部分。樹幹就好比是人體的身材，它的美與醜直接影響到整天的形態，甚至會影響整個盆景作品的成功與否。
怎麼才能判斷樹幹形態的理想與否呢？這個會因為每個人的審美觀念的不同而出現差異。但是對於形態理想的樹幹還是有幾個可以辨識的地方的，比如以下幾方面。
一、完美的樹幹從樹頭到樹冠部分的線條相當流暢，而且與根連著的部分非常自然，基部要比上面的部分稍粗一點，形態變化較大，也沒有任何腐爛的痕跡。還有一些樹幹奇特的異性樹，形態十分怪異，有另一種大自然的美。
二、完美的樹幹形態雖變化多端，或曲或折，或彎或斜，但是整體的層次依舊分明，自然而生動。
三、完美的樹幹從根部到枝託都渾然天成，絕對不能有人工切割的疤痕。如果是人為的傷口那要經過數十年的培育，將傷口癒合得像自然生長的一般，傷口處逐漸鈣化，看上去就像是自然生長的馬眼，幾乎看不出人工雕琢的痕跡。
四、完美的樹幹皮色鮮亮潤澤，更顯生機，特別是管理妥當的盆景其樹幹更是新鮮水潤，樹皮上不能留有灰塵、泥土等雜質，一定要清爽乾淨。
只要符合以上的幾點就可以稱為是完美的樹幹，但是現實生活中沒有這麼完美的樹幹。因此在面對有瑕疵的樹幹之時，就需要盆景創作者開動腦筋，運用一切的製作技藝來彌補和改造先天的不足。
盆景樹幹的清理技術：
1、鋸切通暢法
由於一些樹幹上會長出許多不優美的枝幹，例如徒長枝、交叉枝、對生枝等，這些枝既會分散植株的養分，也不利於盆景的造型，因此要進行鋸切。邊切邊比較，然後留下最符合主幹造型的枝幹，使整體線條流暢。
2、挖除去腫法
有些盆景的樹幹因為雙枝較粗或者有其中的枝幹不太優美，而顯得十分臃腫、生硬，還有些主幹的某些部分生長得十分突兀，使主幹與側枝十分不協調，外形線條不流暢，因此需要挖除去腫法。挖去過於臃腫的部分，再加以雕飾，使之與自然形態相融合。
3、優存劣汰法
盆景中有些樹枝相互纏繞，分不清楚主次，也難以確定哪根是主枝哪根是側枝，因此要運用優存劣汰法。先找出形態最好、最健壯也沒有病害的枝幹作為主幹，確定主幹後再來挑選與之協調的側枝，然後將其他沒用的枝幹都修剪掉。凸顯出主次分明、疏密有致的形態，從而完成造型的目的。
4、樹身清潔法
許多盆景由於年數久遠，因此樹身上會積留很多灰塵和煙垢等雜質，這使樹皮的顏色變得暗淡，從而影響了整體造型的美觀性，因此要適當地清潔樹幹。用專門洗樹幹的銅毛刷輕輕地刷洗樹幹，不要太用力就行。還可以用高壓水槍噴刷樹幹以達到清潔的目的，使樹皮恢復鮮活。
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