新一輪黨政機構改革，組建成立了新的行政部門——醫療保障局。國家醫療保障局為國務院直屬機構，省級《黨政機構改革方案》成立的醫療保障局為政府直屬機構，多數為副廳級。市縣根據黨政機構限額規定，設立單獨的醫療保障局，或者在衛健委成立掛牌機構。
根據今年四月份“兩會”結束後公佈實施的《黨政機構改革方案》，規定為完善統一的城鄉居民基本醫療保險制度和大病保險制度，不斷提高醫療保障水平，確保醫保資金合理使用、安全可控，統籌推進醫療、醫保、醫藥"三醫聯動"改革，更好保障病有所醫，國務院機構改革方案提出，將人力資源和社會保障部的城鎮職工和城鎮居民基本醫療保險、生育保險職責，國家衛生和計劃生育委員會的新型農村合作醫療職責，國家發展和改革委員會的藥品和醫療服務價格管理職責，民政部的醫療救助職責整合，組建國家醫療保障局，作為國務院直屬機構。
2018年10月份，各省《黨政機構改革方案》陸續獲批執行，省級的醫療保障局基本上都是單獨設立為政府直屬行政機關，為副廳級機構。市縣由於受黨政機構限額限制，又不能設立“事業局”和部門管理機關。因此，大多數市縣都對應設置了醫療保障局，統一為政府直屬機構，或者隸屬衛健委管理，部分直接在衛健委設立了掛牌機構，統一由衛健委機關行使醫療保障監督管理職能。
不管是單獨設立，還是掛牌機構，醫療保障局的性質是行政機構，這一點是明確的。作為新組建成立的機構，無論是原來衛計部門的新農辦，還是人社部門的醫保、社保單位，基本上在市縣一級都是參公事業單位。
在組建過程中，市縣都是按照“編隨事走、人隨編走”的原則，以新農辦為主，整合人社局下屬社保局具體承擔醫保工作的人員，連人帶編一起劃轉，新組建成立醫療保障局。發改部門由於業務量小，劃轉的數量極少，或者只劃轉職能不劃轉人員編制。劃轉後，以原參公人員為主組成醫保局機關工作力量，事業人員無法全部轉換身份的，進一步深化改革為醫保局下屬事業單位，承擔醫保工作具體業務和服務職能，包括原來的經辦機構及業務，都在整合之列。局機關負責監督管理職能，以及行政審批職能及業務，下屬事業單位負責具體經辦事宜，以及服務職能。
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