一切總要有個結局，趙治勳與小林光一聯手壟斷棋聖十六年，他們的勝負神經也許已經有些麻木，最初的激情不再。2000年，新的千年開端，已經錘鍊成棋界大豪的王立誠迎風而上，4比2從鬥志與往昔無法相比的趙治勳手中接過了棋聖金冠。趙治勳的遺憾是沒有達成棋聖五連霸，不能獲得六十歲後被尊為“名譽棋聖”的榮耀。但他一共八奪棋聖，只要以後能再奪兩屆，一共十次在位，一樣可以有此榮譽。只是現在的治勳已經年過六旬，雖仍奮戰在第一線，但要想重登棋聖位，恐怕也是鏡花水月了。
王立誠獲得棋聖頭銜後，棋聖戰給人的感覺突然降了一個檔次——以後幾年登上決戰舞臺的都算不上當時的最強者。2001年挑戰的趙善津雖有一期本因坊的實績，事實上只能算是中堅棋士。他給王立誠造成了一定麻煩，卻不能撼動他的地位，2比4的比分合情合理。
王立誠
2002年的棋聖挑戰賽上演了極富戲劇性的一幕：挑戰者柳時燻在與王立誠戰成2比2後的關鍵第五局中勝勢已定，但王立誠在目數走完後仍繼續收單官。有些不知所措的柳時燻沒有注意自己的一串棋子被打吃，王立誠不客氣地一提——嘩啦！一個關於勝負和風度的話題爭論至今。依靠這不甚光彩的一勝，王立誠涉過險灘，4比2再次衛冕，但他的好運顯然也到頭了，第二年日本棋壇新貴山下敬吾衝殺過來，4比1，棋聖戰徹底換了時代。
隨後就是中日擂臺賽上終結聶衛平十一連勝的羽根泰正之子羽根直樹閃亮登場了。他先是2004年在棋聖挑戰賽上三連勝後三連敗再取下決勝局，以創造歷史的“制止大逆轉”方式將山下敬吾打下擂臺，又在次年苦鬥七局，4比3涉險擊敗結城聰，成功衛冕。
羽根直樹
2006年山下敬吾捲土重來，4比0順利攻克羽根直樹，復仇成功。次年，山下敬吾4比0再勝小林覺，棋聖兩連霸。2008年，趙治勳捲土重來挑戰山下，在1比3落後的絕境中頑強連追兩局扳平比分，可惜決勝局功虧一簣，未能上演新的大逆轉，令人扼腕。
山下敬吾擊退趙治勳
2009年，老虎依田紀基第二次挑戰棋聖，苦戰六局，2比4敗退，未能一圓“日本第一人”之夢。
不知不覺，山下敬吾達成了棋聖四連霸（共五次登頂），距離獲得名譽棋聖資格一步之遙。可是在他與羽根直樹把持棋聖位期間，隨著國際棋戰分量愈來愈重，風光無限的棋聖戰漸漸被人漠視。羽根直樹、山下敬吾在國際賽場上戰績平平，羽根好歹有過一次春蘭杯亞軍，山下則連世界大賽四強都未進過。他們的不振使得棋聖這頂王冠蒙塵。與日漸衰老的日本圍棋一樣，日本的棋聖榮銜逐漸淪為中韓棋迷的笑柄……
還會有趙治勳、小林光一那樣的強力日本棋聖出現嗎？
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