奧義奇談
人是有意識的，所以會思考，就像題主能思考並提出這道題目，而手邊的手機，電腦還不會自己提出這樣的問題。
對於生命體和非生命體來講，這些物質都是由原子以及電子等基本粒子組成，但生命體就有一定的意識。從非生命物質具有的反應特性到低等生物的刺激性感應，在到高等生物的感受和思考。再到萬物之靈人類的意識和靈魂，這些都是長期演化而來的。
但意識究竟來源於哪裡，還一直是個謎，也有著不同的學說和理論。在量子物理一些詮釋中，意識也被視為是影響結果的一種來源，例如典型的觀察者效應，對於微觀現象的觀察會對測量結果造成影響，連愛因斯坦也無法接受，難道月亮只在我們看它的時候才存在。還像薛定諤假想的對玻爾等的諷刺實驗-薛定諤的貓那樣，觀察直接決定了貓的生死狀態。
後來的一些物理學家例如彭羅斯等也提出意識和量子力學有某種聯繫。當然這些只是個人的假說，主流的科學家大多對大腦中存在量子效應都保持質疑的態度。
量子實驗室
你陷入了機械唯物論的怪圈了。當然你這個問題是很有水平的，這涉及到我們認識論上缺少的一個訓練，那就是：衍生論。
世界上所有的東西都是原子構成的，類似你提出的問題可以提很多，比如鐵原子與硅原子是不能做計算的，為什麼它們做成的電腦（計算機）能看電影玩遊戲呢？
人確實也是由原子構成的，這種說法是典型的“還原論”，我們除了要有“還原論”的思維，還要有“衍生論”的思維，所謂“衍生論”其實是基於統計物理與固體物理學，這個觀點認為多原子的相互作用能衍生出新的物理規律。比如單個原子不可能是超導體，但一桶水銀在低溫下就可以有超導性，而且這個超導的物理規律是衍生出來的——不是那種基本規律。人的思維與超導現象其實也是一樣的，人的神經網絡有大量的原子構成，這些原子的相互作用衍生出一種現象，這種現象就是思維現象。所以，在衍生論種，一切現象都是多體原子的相互作用激發出來的。
瀟軒
有種東西叫場，電磁場，力場，能量場，氣場；但是，萬物都是由更本源的磁引力場構成——故名思義，就是產生引力和磁力的本源場；太極圖就是這兩種立體球形場在平面的投影。人的靈魂是種特殊的場，佛家叫心；道家叫元神；西方心理學叫潛意識等等。但近代有位高人集各家精華稱之為意元體，即意識產生的本體，就是靈魂，思想，由肉身提供能量。
再回首己百年身
原子沒有意識，可是由原子組成的人卻有意識。聽起來就讓人覺得不可思議，一堆物質就這麼排列組合一下就會思考了？這是很多人的疑問，很多人也因此認為人會思考主要是有靈魂存在。
我們都知道，生命最基本的單位是細胞，細胞往下是亞細胞器，然後是分子、原子。由原子分子組成的亞細胞器和細胞，都沒有意識，但是它們去可以做出反應。特別是細胞，它就像一個複雜的電腦一樣，可以應對各種刺激，做出各種反應，有序地產生各種生命物質。比如我們的免疫細胞，它雖然沒有意識但是卻可以自動地所搜外來有害物質並消滅掉，而控制細胞如此做的就是細胞內各種分子機制。
既然細胞可以對外部環境做出相應，那麼由上百萬腦細胞組成的大腦能夠產生意識就顯得理所應當了。就像人工智能一樣，通過各種邏輯門就可以實現簡單的思維反應，甚至谷歌研製的人工智能機器人AlphaGo已經打敗了多數世界圍棋冠軍。而人的意識，則是以細胞為基本單元，並通過它們之間的邏輯配合產生的，並不是由單獨的靈魂存在。
假如有一天人類可以穿造一個完全具有思考能力、自主意識的機器人，那就是完全證明靈魂不存在的時候。
科學探秘頻道
不論所有的物質，如果細分到微觀層次，都會來到這個原子層面上。簡而言之，萬事萬物都是由不同的原子構成。原子與原子之間也是不同的，元素週期表上有著眾多的不同的原子。
為什麼單個原子沒有什麼特別，但一堆原子組合起來，就可以產生思維意識呢？原因其實很簡單，就是足夠複雜。不同且多種多樣的原子以很複雜的形式排列起來，然後相互作用，就產生了複雜的思維意識。
就像人的神經網絡一樣，億萬個神經細胞，生物電信號、化學信號來回傳遞，不同的結構承擔著不同的功能。
從另一個角度想，如果連單個原子都會思考，那麼就不會組成其它事物了。因為每個原子都可成為獨立的意識體，怎麼會“心甘情願”的與別的原子組合在一起，產生另一個獨立的意識體呢？
原子排列的方式足夠複雜，才更有機會誕生出意識，而石頭、木頭原子排列的方式相對的簡單一些，所以沒有思維意識。
一枚遊戲科幻迷
說原子不會思考是愚昧的，得到醫學心理學上的啟發，發表一下個人的見解。
不單人是由原子組成的，動物，植物等等的物體都由原子或分子或光子組成（生物學我是外行）。
那麼原子到底會不會思考呢？
我們的古人早就說了，萬物皆有靈，原子是會思考的，要說明白有點難。只好打個比喻。
我現在在寫文章，文字表面上是來自大腦，但是組成部分來自於原子，包括我們說話的時候，語言反應如此之快，這些都是原子的功勞。
天冷天熱的時候，身體快速的反應，人生病哪兒不舒服等等，它都會快速的反應，這些都是原子的反應傳輸給大腦。
個人認為，原子是會思考的，只是不會說話而已。
現代人的大腦處於退化階段了，人們已經被物質綁架，年輕人都像機器一樣，除了工作就是遊戲，已經沒有時間去思考了。
不要做一個沒有靈魂的人，那樣比原子強不了多少。
人會思考是自然賦予我們的，同樣也會賦予萬物思考能力。
只是我們發現不了它們而已。
有待科學去發現它們。一旦科學可以求證了，將是醫學上的重大突破。
黃帝內經裡也有說，人的喜怒憂思恐來自於五臟。
玄學心靈導師春年
原子不會思考，原子組成的人能思考，還有一條，需要考慮，死掉的人不會再思考。
問題出來了，形成思考的第一條件是需要人活著，第二條件是由原子構成。
嗯，活著的原子堆才會思考，這樣會導出所有活著的原子堆成的物體都能思考，例如植物，小動物，大動物。事實，確實有科學家研究發現植物也會有感情，這簡單的可以認為是植物的思考，動物的思考就無需贅述了，連狗狗都會做的。
問題從而轉為活著的原子堆與死著的原子堆有什麼不同。是不是所有活著的原子堆都可能會有思考的能力。例如每天使用的手機，會不會就有獨立思考的能力，而它沒有表現出來，只是沒有被激活。
活著的原子堆與死去的原子堆本質上有什麼區別呢？這可能就與能量的分配流向有關了。
人體的器官結構可能對攝入的能量起到分
配導向作用，而且細胞中有DNA身體器官構建藍圖。這樣就可以從兩個細胞，慢慢調動能量組成一個有能量充盈的原子堆，即一個新的生命。
當支撐生命體的能量耗盡，或者分配控制能量流向的細胞或能量機構的遭到破壞，損壞，大腦部位能量耗盡，思考便會終止。大腦部具有邏輯推理的功能，它的功能分區，生物解剖學上有明確說明，身體的各個部位，器官的功能也不再贅述。
同樣，人工智能的研發是基於能量控制的，其中的控制芯片，線路組成，能量電源都是人工智能的重要部分，缺一不可。
那麼，現在需要搞明白的是能量是什麼，能量有什麼特性，就可以弄清楚人類的思考難題，這可能是下一個世紀性難題。
快樂剪影
生命的最本質研究，就是研究意識。
可以想見，意識的來源，一旦被研究出來，有可能會顛覆現有一切的認知，不僅唯物主義的科學會被顛覆，現有的唯心主義學說也將會被顛覆。
至於，主流學說關於意識是由非意識演化而來的結論，那完全是猜測和假說，不能叫結論 。因為你不能證明，或者說不能直接證明，只能旁證、間接證明。
為什麼這麼說呢？研究過心理學的人都知道，意識或者說心理為什麼難以研究？因為意識和心理是主觀現象，而科學研究觀測的對象只能是客觀現象。比如說一個人A吃了糖，感覺到是甜的，然後告訴另外一個人B，假如B從來沒有吃過糖，不知道甜味，現在B雖然知道了糖是甜的，但是他如果不吃糖的話，永遠感覺不到這種甜，接下來繼續說，如果B也吃了這個糖，他就能真正的知道這種甜味，但是A知道的甜味和B知道的甜味是不是完全一樣的呢，這是第三人無法瞭解，無法證明的。再比如，一個視力正常的人能看到赤橙黃綠青藍紫，一個只能看到黑和白的人，他也有赤橙黃綠青藍紫，只不過他的和你的不一樣，色盲的赤橙黃綠青藍紫是灰度的不同，但是他也有，那麼我們也繼續往下說，兩個不是色盲，視力都正常的人都能看到紅色，他們看到的是一樣的紅色嗎，有沒有區別呢，我們也無法驗證。還比如說，A告訴B說我愛你，B知道了A愛自己，但B不是A，永遠無法如臨其境地體會A說的愛是什麼意思。 “知道某個現象或事物”是客觀，“自己知道某個現象或事物”是主觀。主觀不能代替客觀，客觀也不能代替主觀。上述例子告訴我們，第三人稱的測量永遠也代替不了第一人稱的感受，這就決定了，科學不可能成為研究意識的工具。
可是現實很尷尬：首先，
科學或者唯物主義，是站在客觀立場上的，用客觀的手段，研究客觀的對象，測量客觀的特徵，得出客觀的結論，從頭到尾從裡到外都是客觀，所以我們說科學是研究客觀世界的工具，不是研究主觀世界的工具，甚至完全排斥主觀世界，甚至認為主觀世界也是客觀世界的一種表現而已。那這意味著什麼呢？這就意味著科學必須是站在第三人稱的立場上看待事情研究問題，科學研究的所有事物，都必須是能夠從第三者旁觀者視角能被觀測到的，並且能夠將被觀測到的事物信息準確地告知所有人，同時被告知者也能準確明白這個信息。比如說，一個人測量到現在室溫是25度，那麼他可以將這個溫度值準確的向所有人告知，而別人也能夠完全明白他的意思，不會有理解上的偏差。而意識或者心理，是完完全全的主觀世界，只能從第一人稱角度去體驗到，不能完全準確地告知其他人，就算告知其他人，別人也不能完全準確的理解，這種第一人稱的感覺體驗是無法替代的，可以說是“孤獨的” ，永遠無法與人分享，只有自己心裡知道，第三人稱旁觀者只能盡最大能力去體會。
一個第三人旁觀者是永遠無法代替第一人稱的自我，而去體會、感覺和理解第一人稱的內心真實世界，正所謂“紙上得來終覺淺，絕知此事要躬行”。主觀世界和客觀世界是完完全全不同的兩個世界，不能用主觀世界的方法研究客觀世界，也不能用客觀世界的方法研究主觀世界。
如果說是由原子構成的客觀世界的物質結構演化產生了產生主觀意識，那是非常可笑的，原子結構不可能決定內心感受。原子是客觀事物，不可能產生主觀世界，不可能進入主觀世界，不可能產生“我知道”的自我意識。無論多複雜的客觀世界物理化學反應都無法產生“我知道”的自我意識，因為這些現象都屬於客觀世界，都屬於第三人稱世界。
當然，主客觀世界可以相互影響的，但是不可替代。 這就決定了，我們的意識雖然還不知道來自於哪裡，但可以肯定不是來自於客觀世界，也不是來自於原子。
最後再多說一點，如果說客觀世界的最大極限是宇宙，那麼可以說意識就是主觀世界的宇宙；這兩個宇宙的特徵都是無限大。我想說，研究客觀世界的宇宙難度有多大，那麼研究主觀世界的意識難度就有多大。宇宙無邊，意識無際。一個人，不管混的好與壞，都可以懷有夢想，懷有主觀世界的夢想，都可以在自己的意識世界中縱橫馳騁，天馬行空，意識是屬於每一個人的小宇宙，而你就是這個宇宙之王！
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tshinogne
這個問題也是我最近思考的一個問題，生命的初動力到底來自哪裡？舉個栗子，一個生雞蛋是有生命的，換一種說法就是活的，一旦你把生雞蛋煮熟了之後它就死了，但是，這個過程非常有意思，蛋白質還是原來的蛋白質，它怎麼就死了？這個過程到底能不能說成是化學變化呢？如果是，那它沒有生成新的物質，如果不是，那它又是什麼變化？好糾結！想來想去，只有一種解釋，生雞蛋中的蛋白質分子不是靜止的，它們一直在動，注意，這裡的動不僅僅是分子層面的動，還包括分子內部的動，這種動就是生命（有呼吸，有參與與外界物質和能量交換等等生命跡象），一旦這種動停止了，也就沒有生命了，那麼為什麼煮熟之後的蛋白質就動不起來了呢？一旦人類有辦法讓這種狀態下的蛋白質動起來，那是不是熟雞蛋也能復活，又變回生雞蛋呢？從這裡，我們可以看出，人類對生命的理解目前還只停留在物質層面，而對於物質怎麼產生生命還是知之甚少啊！好了，講到這裡，可以回答問題本身了，人是由原子組成的沒有錯，但這些原子組成一定的結構（大腦）之後，再在生命初動力的激活下，它就變成活的了，而這種活體（活的大腦）就會出現生命的現象之一——思考！至於這個過程是怎麼發生的，恐怕還得再研究很多很多年！一旦這個密碼破解了，也許人類就可以永生了！
有點意思20635214
發現全回答不到正點上，因為回答者都不懂編程，不能怪他們。我來回答吧。首先所有程序本質就是0和1的排列組合，而0和1本質代表開關和關。這個原理和人的大腦中的神經信息傳遞的原理是一致的，都是通過通過生物電的開關傳播信息的。那麼0和1不會思考，為什麼能夠有蘋果手機裡的siri?或者能夠回答一些你的簡單問題呢，比如你向電腦輸入1+1等多少，他會告訴你是2。比如你搜百度今天天氣，他會告訴你答案。要知道所有程序本質就只是0和1的排列組合而已，包括百度搜索也是0和1的組合。答案還是在0和1上，它代表開和關，無數個0和1組合就代表無數個開關組合，你向電腦輸入1+1等多少的時候，等於你觸發了一個開關組合，就像古代墓穴的機關一樣，你推門就會觸發向你射毒箭的開關，你跺腳就會觸發放毒煙的開關。所以電腦會回答你問題，是因為你觸發了0和1組合的開關。人會思考也是因為某個動力推動觸發了腦部0和1組成的機關也就是開關。多想想我剛才說的墓穴機關你就明白為什麼了。
