新京報快訊(記者嶽清秀)10月24日晚，馬應龍發佈澄清公告，就有關媒體在《馬應龍的資金黑洞》報道中提到的多元化成績不理想、炒股鉅額虧損、亂投資等相關內容進行說明，但對控股股東高比例質押風險沒有回應。
多地肛腸醫院擴建改造導致毛利率大幅下降
10月23日，證券市場週刊在《馬應龍的資金黑洞》一文中稱，馬應龍是一家有著400多年經營歷史的中華老字號企業，主營業務是醫藥製造，其治痔類藥品一直在國內市場同類藥品中居領先地位。然而，馬應龍並未滿足於此，而是選擇不斷多元化，進軍醫院診療和醫藥流通領域，但是經營成績卻不盡理想，毛利潤不斷下降。
對此，馬應龍回應稱，公司一直以來堅持肛腸及下消化道領域的核心定位，積極拓展立體化的產業結構，促進醫藥工業、醫療服務、醫藥流通、大健康產業的協同發展。由於公司持續加大醫療服務板塊投入，尤其是2016年起，北京馬應龍長青肛腸醫院、西安馬應龍肛腸醫院等陸續開展擴建改造，營業面積和病床數量增加，房租、長期待攤費用的攤銷、固定資產折舊、人工成本等營業成本大幅上升，因而造成毛利率大幅下降。
同時，醫藥流通板塊為公司依託區域品牌優勢的延伸板塊，主營藥品批發和零售業務，毛利率相對較低，但處於行業平均水平。
投資華大基因虧損，正在合作推進專項研究
《馬應龍的資金黑洞》稱，馬應龍在2018年上半年財報中披露，截至2018年上半年末，上市公司共持有100萬股華大基因，期末賬面值為9681萬元，報告期損益是虧損1.1億元，這是造成馬應龍2018年上半年業績大幅下滑的根本原因。根據財報，馬應龍當初買入這些股票的單位成本是158元/股，而華大基因在10月15日的收盤價只有56.11元/股，相比初始投資成本下跌了64.49%。
對此，馬應龍在澄清公告中稱，截至2017年12月31日，公司證券投資僅投資了華大基因股票，前期持有的其他股票已全部賣出;截至2018年6月30日，公司尚持有華大基因股票100萬股，佔華大基因總股本的 0.25%。馬應龍表示，投資華大基因是嚴格按照公司投資管理規定，經過相關市場調研，並履行了公司投資決策程序，目的是以二級市場投資為契機，開展與華大基因的深度戰略合作。2018年5月，公司已與華大基因簽訂了《戰略合作框架協議》，目前雙方正在積極推進直腸癌篩查、糞菌移植、腸道微生物等專項研究項目。
投資小額貸款公司累計收益率達32.02%
《馬應龍的資金黑洞》還一文提到，長期股權投資構成上來看，馬應龍共有五家聯營企業，既有風險較大的小額貸款公司，也有歷史經營很差、前景不明的藥企，還有處於盈虧邊緣的科技公司，甚至還有被吊銷營業執照的保健品公司等，這些企業的經營業績均不理想。
馬應龍解釋稱，公司於2002年參股投資中國寶安集團創新科技園有限公司，為提高公司資金使用效率，與中國寶安集團股份有限公司共同出資成立深圳市寶利通小額貸款公司。截至2018年6月30日，公司累計投資收益率達到32.02%。
此外，公司在1999年投資深圳大佛藥業股份有限公司，目前該公司已是新三板掛牌企業，專業從事藥品的研發、生產和銷售，專注於耳鼻喉和呼吸系統領域。2018年上半年營業收入和淨利潤均實現增長，實現營業收入8830.14萬元，同比增長143.12%;實現淨利潤596.17萬元，同比增長386.91%。
對於已被工商吊銷營業執照的武漢東泰醫藥保健品有限公司，馬應龍表示，該公司尚未註銷，已於本公司上市前全額計提減值準備。
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